2004年SARS-CoV毒株S基因分子进化特征

目的通过对2004年SARS-CoV毒株S基因序列的变异分析,揭示SARS-CoV毒株S基因进化与SARS流行的关系。方法对广东地区2004年2株SARS-CoV毒株S基因进行序列分析,其余15株毒株S基因序列从GenBank检索,采用DNAStar5.0软件,对检索的SARS-CoV的S基因核苷酸序列进行比对和分析;并结合临床资料对变异毒株进行进化速度分析。结果17株毒株中,S基因7个氨基酸位点全部置换,35个氨基酸位点在不同毒株中置换;所有SARS-CoV均通过氨基酸227位点的置换,增加一个糖基化位点。同义进化中,S基因置换速度为1.46×10-6个核苷酸,进化线性回归方程为Y=1.46×10-6X+0.000736,同时通过Ka计算显示S基因进化明显存在选择性压力。2004年17株SARS-CoV毒株可以分为两条进化途径,其中广东地区的人类的GZ0401毒株与果子狸的PC4-115毒株核苷酸同源性达到99.97%,氨基酸同源性为100%。结论冠状病毒S基因的1个糖蛋白位点增加,可能导致人类SARS-CoV毒株出现并SARS流行;2004年果子狸冠状病毒与人类SARS-CoV毒株分子结构类似,可能存在交叉宿主。S基因同义进化速度较流感HA1基因慢4.2倍,但基因进化明显存在选择性压力。

一先天性秃发家系HR和CDSN基因突变的筛查

目的:对山东省一5代30人的先天性秃发家系进行HR、CDSN基因的突变筛查,以期寻找致病基因。方法:收集家系成员的临床资料及血液样本,抽提外周血基因组DNA,进行PCR扩增,采用虾碱性磷酸酶及核酸外切酶对扩增产物进行纯化,然后用ABIPRISM3700自动测序仪进行测序,最后用Autoassembler软件与基因组序列对比,查找有无突变。结果:未发现突变,但找到12个多态位点,其中11个是首次发现。结论:HR、CDSN基因可能与本先天性秃发家系无关。

一家系先天性秃发的基因定位

目的:通过定位克隆或定位后选克隆技术识别先天性秃发的致病基因。方法:将家系成员外周血基因组DNA,利用微卫星标记技术,对文献报道过的与毛发和外胚层发育有关的5,6,7,8,17,18号染色体进行基因组扫描,采用Genescan和Genotyper软件进行基因分型,采用Linkage软件包进行连锁分析,初步确定致病基因所在的染色体的位置。结果:未发现与5,6,7,8,17,18号染色体连锁的微卫星标记。结论:先天性秃发可能具有基因异质性。

促纤维化细胞因子在纤维化胰腺组织中的表达

目的 揭示转化生长因子 (TGF) β1、结缔组织生长因子 (CTGF)在慢性胰腺炎的动物模型中的表达情况及其与胰腺纤维化的相关性。方法 采用Puig Divi等方法制备慢性胰腺炎大鼠模型 (模型组 ) ,制模后的 3、4、5和 6周取胰腺组织 ,对照组则在 4周取材。分别作苏木精 伊红染色、免疫组织化学 [纤维连接蛋白(FN)、Ⅰ型胶原 (COL Ⅰ )、TGF β1、CTGF]和原位杂交染色 (TGF β1、CTGF)。结果 模型组于 3周后可见局部胰管扩张、胰腺间质纤维组织轻度增生、炎症细胞浸润和腺泡细胞空泡样变 ,小叶内腺泡细胞有局限性纤维化或无变化。 4周时胰管显著增生 ,胰管周围及小叶间和小叶内纤维化伴炎症细胞浸润 ,局部腺体萎缩代之以纤维瘢痕组织。而 5、6周时胰腺纤维化程度与 4周时比较并未见明显增强。免疫组织化学结果显示 ,TGF β1主要分布于间质区成纤维细胞细胞质、间质基质区和炎性细胞浸润区。CTGF分布于腺上皮细胞的细胞质和部分间质成纤维细胞中。原位杂交显示TGF β1mRNA及CTGFmRNA分布部位与免疫组织化学结果相吻合。此外 ,TGF β1、CTGF与代表纤维化严重程度的FN、COL Ⅰ的分布及表达基本相同并成正相关 (P <0 .0 5 )。对照组在4周时仅见脂肪组织浸润。所有结果 3、4两周的差异有显著性 (P <0 .0 1) ,4、

CPP-SOM整合cDNA基因芯片平台的建立

目的 在转录组水平全面迅速地了解疾病发生和药物作用的分子机理 ,以及寻找潜在的治疗靶标。方法 通过建立基因芯片平台 ,用全反式维甲酸诱导急性早幼粒细胞白血病来源的 NB4细胞分化作为模型 ,并应用自主开发的自组织图结合成分平面展示 (componentplane presentation integrated self-organizing map,CPP- SOM)的方法对数据进行初步分析。结果 建立的 c DNA芯片共有 12 6 30条克隆 ,其中已知基因 94 36条。应用该芯片进行实验 ,结果重复性好、准确性高。CPP- SOM不仅可以将功能相关的基因进行聚类 ,而且可以动态性地从全基因组水平观察药物作用过程中基因的表达变化。结论 我们建立的芯片平台是稳定、可靠的技术平台 ,CPP- SOM是一种新型有效的芯片数据的处理方法。

基因芯片技术及其应用现状的浅思

基因芯片技术是一种新近发展的新技术 ,在许多不同领域里都有广泛的应用 ,用基因芯片作为基本技术进行内分泌临床与基础研究的论文也日益增多 ,但基因芯片应用的本身仍存在一些问题 ,如样品的制备和处理 ,芯片结果的分析等。本文主要就芯片的应用及其局限性等方面进行分析 ,并进一步探讨如何解决这些问题。