转运RNA衍生的小RNA在乳腺癌中的作用及研究进展

乳腺癌是女性最常见恶性肿瘤之一,严重威胁患者的生命安全,探索乳腺癌的发病机制对乳腺癌的诊治至关重要。转运RNA衍生的小RNA(tRNA-derived small RNAs,tsRNAs)是近年来发现的由成熟tRNA或tRNA前体通过特殊的作用机制衍生而来的一类非编码RNA。tsRNAs发挥生物学作用的主要途径为与蛋白质或信使RNA相互作用来抑制翻译,调控基因表达、细胞周期、染色质和表观遗传修饰等。tsRNAs与多种恶性肿瘤的发生、发展密切相关,基于此,本文将对tsRNAs在乳腺癌发生、发展中的作用及研究进展进行综述,以期为临床乳腺癌的诊断与治疗提供新方向。

基于GEO数据库的小细胞肺癌lncRNA-miRNA-mRNA网络的构建与潜在的诊治靶点分析

目的 筛选参与小细胞肺癌(SCLC)发生发展的ncRNAs,预测其诊治的潜在靶点。方法 对人类肿瘤相关基因表达汇编(Gene Expression Omnibus, GEO)数据库中获得的表达谱芯片数据进行差异基因分析,构建了ceRNA网络,并进行功能富集分析、PPI网络构建。收集7例手术治疗的小细胞肺癌患者,采用实时定量PCR(qPCR)对部分差异基因(lncRNA、mRNA和miRNA)进行临床样本验证。结果 共有99个lncRNA、46个miRNA和73个mRNA分子参与调控网络的构建。GO和KEGG分析表明失调的mRNA主要参与小细胞肺癌的细胞癌变、增殖以及转移。PPI网络分析提示46个基因被认为是中心基因。qPCR结果显示,与癌旁组织比较,小细胞肺癌组织中lnc-ENST00000430027.3呈相对高表达(P<0.001),hsa-miR-143-5p呈相对低表达(P<0.01),FANCA呈相对高表达(P<0.01)。结论 构建“lncRNA-miRNA-mRNA”的ceRNA调控网络,可为小细胞肺癌诊治提供新的依据和靶点,为小细胞肺癌诊断和治疗的分子生物学研究提供新的依据。

肉瘤组织中COL6A 1基因的表达水平及其意义

目的基于生物信息学方法分析和探讨肉瘤组织中COL6A 1基因的表达水平及其意义。方法首先使用GEO数据库下载GSE16088、GSE21122和GSE49972数据集并分析COL6A 1~3基因的表达水平。通过Kaplan-Meier生存曲线分析COL6A 1~3基因的表达水平对肉瘤患者预后的影响。采用GSVA包对肉瘤组织当中COL6A 1基因的表达水平与免疫细胞浸润的相关性进行Spearman分析。采用LinkedOmics数据库分析与COL6A 1共表达的基因,R软件的ggstatsplot包分析COL6A 1和COL6A 2基因的相关性。使用R软件的ClusterProfiler包对COL6A 1共表达基因进行GO功能富集分析和KEGG通路分析。采用GSEA分析肉瘤组织中COL6A 1共表达基因的激酶、miRNA及转录因子靶标。结果与正常组织相比,COL6A 1基因在骨肉瘤、软组织肉瘤和肾透明细胞肉瘤等组织中的表达水平均显著升高。生存分析显示COL6A 1基因的高表达与较差的总体生存率和疾病特异生存率有关(χ^(2)=6.37、4.57,P<0.05)。免疫细胞浸润分析显示COL6A 1基因与中性粒细胞浸润水平之间存在显著正相关(r=0.280,P<0.05)。共表达分析结果显示与COL6A 1表达水平显著正相关的基因有2444个,与COL6A 1表达水平显著负相关的基因3711个(FDR<0.05)。相关性分析显示COL6A 1和COL6A 2基因之间存在显著正相关(r=0.830,P<0.05)。GO功能富集分析结果显示肉瘤组织中COL6A 1共表达基因主要参与免疫细胞浸润等生物学过程。GSEA分析结果显示与COL6A 1共表达基因相互作用的5个最重要的激酶靶标是PRKCA、SRC、LYN、PRKAA1和PAK1;重要的miRNA靶标是miR-506、miR-200B、miR-200C、miR-429和miR-330;重要转录因子靶标是V$ETS2_B、V$AP1_C、V$PU1_Q6、V$RORA1_01和V$AP1_Q2。结论COL6A 1基因在肉瘤组织中显著高表达,其高表达与肉瘤患者的不良预后密切相关。COL6A 1基因有可能作为肉瘤的一个有价值的预后指标和潜在的治疗靶点。

基于解旋酶等温扩增技术的新型冠状病毒核酸可视化检测方法的建立

目的运用逆转录解旋酶等温扩增(RT-tHDA)和侧流层析技术,建立新型冠状病毒(2019-nCoV)核酸检测新方法。方法收集2020年1至4月东部战区总医院基础医学实验室共143份2019-nCoV PCR阴性核酸标本和20份PCR阳性核酸标本。针对2019-nCoV N基因和E基因保守区序列各设计5对引物,扩增产物进行凝胶电泳分析,筛选出RT-tHDA最佳引物。分别扩增高浓度(5×10^(5)拷贝/ml)、低浓度(5×10^(2)拷贝/ml)模拟标本,利用侧流层析试纸条(LFD)检测RT-tHDA扩增产物,使结果可视化。优化显色和扩增时间,建立tHDA-LFD最佳反应体系。该方法检测各低、中、高3种浓度的模拟标本15次,以阳性符合率来评估方法学精密度。制备模拟标本评价方法学检测限。分别检测甲型流感病毒、乙型流感病毒、呼吸道合胞病毒、腺病毒、副流感病毒、冠状病毒229E,评价tHDA-LFD法的交叉反应性。采用tHDA-LFD法检测本实验室收集保存的163份标本,进行临床诊断效能评价。结果采用一步法RT-tHDA结合LFD,建立扩增时间为60 min的2019-nCoV核酸检测方法。该方法检测3种浓度的模拟标本,阳性符合率为100%,精密度和重复性较好,且与其他6种呼吸道病原体均未出现交叉反应。该方法检测N基因、E基因的最低检测限均为5×10^(2)拷贝/ml。诊断效能评价结果显示,该法敏感度为95.00%(19/20),特异度为100.00%(143/143),阳性预测值为100.00%(19/19),阴性预测值为99.31%(143/144)。和金标准qPCR法相比,两种方法的Kappa值为0.971(P<0.0001),一致性较好。结论本研究成功建立了基于tHDA-LFD法的2019-nCoV可视化检测方法。