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两种方法对肾小球RNA测序数据均一化效果的研究
1
作者
郭满地
吕杨
+2 位作者
王旭
洪权
吴镝
《临床肾脏病杂志》
2021年第6期468-471,共4页
目的利用不同方法对人肾小球RNA测序数据均一化效果进行了研究,寻找一种能更好地均一化处理数据的方法。方法选取肾癌手术患者的癌旁组织,利用筛网技术提取肾小球。采用Trizol方法提取肾小球RNA,利用Ion Xpress平台进行测序。利用DESEQ...
目的利用不同方法对人肾小球RNA测序数据均一化效果进行了研究,寻找一种能更好地均一化处理数据的方法。方法选取肾癌手术患者的癌旁组织,利用筛网技术提取肾小球。采用Trizol方法提取肾小球RNA,利用Ion Xpress平台进行测序。利用DESEQ2软件中的rlog和median/ratio方法对测序数据结果进行均一化。采用R package软件中的PCA进行数据分析,Pheatmap和GGPLOT2程序进行绘图。结果Ion Xpress推荐的常规rlog方法不能很好的将数据均一化,Deseq2软件的median/ratio具有较好的数据均一化作用。通过选取8个看家基因进行了聚类分析,发现看家基因在kmeans的三个分类中未显示明显的差别,证明了数据均一化结果的可靠性。结论Deseq2软件的median/ratio方法能够用于肾小球的RNA测序结果的数据处理,具有较好的数据均一化作用。
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关键词
RNA测序
肾小球
数据均一化
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题名
两种方法对肾小球RNA测序数据均一化效果的研究
1
作者
郭满地
吕杨
王旭
洪权
吴镝
机构
中国人民解放军医学院中国人民解放军总医院肾脏病医学部国家慢性肾病临床医学研究中心暨肾脏疾病国家重点实验室
出处
《临床肾脏病杂志》
2021年第6期468-471,共4页
文摘
目的利用不同方法对人肾小球RNA测序数据均一化效果进行了研究,寻找一种能更好地均一化处理数据的方法。方法选取肾癌手术患者的癌旁组织,利用筛网技术提取肾小球。采用Trizol方法提取肾小球RNA,利用Ion Xpress平台进行测序。利用DESEQ2软件中的rlog和median/ratio方法对测序数据结果进行均一化。采用R package软件中的PCA进行数据分析,Pheatmap和GGPLOT2程序进行绘图。结果Ion Xpress推荐的常规rlog方法不能很好的将数据均一化,Deseq2软件的median/ratio具有较好的数据均一化作用。通过选取8个看家基因进行了聚类分析,发现看家基因在kmeans的三个分类中未显示明显的差别,证明了数据均一化结果的可靠性。结论Deseq2软件的median/ratio方法能够用于肾小球的RNA测序结果的数据处理,具有较好的数据均一化作用。
关键词
RNA测序
肾小球
数据均一化
Keywords
RNA-seq
Glomerulus
Data homogenization
分类号
R737.11 [医药卫生—肿瘤]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
两种方法对肾小球RNA测序数据均一化效果的研究
郭满地
吕杨
王旭
洪权
吴镝
《临床肾脏病杂志》
2021
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