利用宏基因组纳米孔测序方法检测模拟临床样本中的基孔肯雅病毒和辛德毕斯病毒

基于二代测序的宏基因组测序方法(m-NGS)在理论上可以无偏性地检测样品中的所有生物,在感染性疾病的分子诊断领域彰显了突出的作用。但其实验流程复杂,需要操作者具备足够的知识和经验才能获得准确而丰富的诊断信息。因此,需要建立更简单,更快速而且更低成本的宏基因组测序方法,以满足公共卫生实验室的需求。本研究基于MinION建立了宏基因组纳米孔测序(m-NanoS)方法,并成功用于基孔肯雅病毒(CHIKV)和辛德毕斯病毒(SINV)模拟临床样本的检测。将CHIKV和SINV培养物与发热病人咽拭子混合,灭活后提取核酸用于构建m-NanoS文库。MinION共产生了25147条reads,平均质量得分为10.20,平均读长为1334 bp。来自CHIKV和SINV的reads分别有47条和1371条,占总数据量的0.19%和5.45%。CHIKV和SINV的基因组覆盖度分别为99.45%和99.34%,经过拼接获得一致性序列,与参考序列比对的一致性分别为95%和90%。在公共卫生领域,快速地对样本中潜在的全部病原体进行准确鉴定是一个重要又困难的工作,而m-NanoS方法的成功建立无疑为该工作提供了一个有力的诊断工具。