基于PATRIC公共数据库不同标本来源的耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌基因组特征比较

目的了解不同标本来源的耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)在耐药基因、毒力基因和质粒携带数量等方面是否存在差异,为CRKP感染的预防控制提供参考。方法从Pathosystems Resource Integration Center(PATRIC)公共数据库中下载2011—2020年不同标本来源CRKP的全基因组测序数据,使用生物信息学分析软件进行耐药基因、毒力基因、质粒等鉴定分析,使用IBM SPSS 23.0和R v4.2.0软件进行比较。结果共纳入2356个CRKP全基因组数据,CRKP菌株携带耐药基因、质粒和毒力基因数量的中位数(四分位数间距)分别为18(16,20)、4(3,5)、60(57,68),不同标本来源的CRKP携带毒力基因、质粒以及关键毒力基因(iut A、iuc A、iuc B、iuc C、iuc D、rmp A、rmp A2、iro B、iro C、iro D、iro N)的数量差异均有统计学意义(均P<0.05)。粪便来源的CRKP菌株携带耐药基因、质粒和毒力基因的数量较多,其中位数(四分位数间距)分别为19(16,21)、5(3,6)、63(61,69);导管附着体液来源的CRKP携带iut A和iuc(iuc A、iuc B、iuc C、iuc D)的比率较高(19.0%,4/21);rmp A和rmp A2在肺泡灌洗液来源的CRKP中携带率最高,分别占7.9%(3/38)、15.8%(6/38);无菌体液来源的CRKP携带iro(iro B、iro C、iro D、iro N)基因的比率(6.5%,4/62)高于其他标本类型CRKP(比率范围:0~4.9%)。血标本来源的CRKP比其他标本来源CRKP携带更多的毒力基因(P=0.004)。结论血标本来源的CRKP菌株携带的毒力基因比其他标本类型来源的CRKP更多,可能与其临床高死亡率有关,建议高度关注血标本中CRKP菌株向高毒力菌株进化,通过加强医院感染控制措施,降低CRKP血流感染的发病率。

基于宏基因组的病毒识别生物信息学技术研究进展

当今,全球新型冠状病毒感染等传染病的暴发引起了人们对新发传染病的高度关注。随着下一代测序技术和病毒宏基因组生物信息技术的快速发展,环境和生物体内携带的各种已知和未知的病原微生物得以广泛检测和鉴定。同时,得益于机器学习方法的持续进步,多种快速且精准的病毒识别方法被广泛开发和应用。因此,本综述旨在全面概括病毒宏基因组领域中用于识别和预测病毒的主要方法、框架及适用范围。这将有助于更深入地理解病毒特征,发现潜在的新病原体,为传染病早期防控提供关键的技术支持。