白羽肉鸡小肠内容物中致病性大肠杆菌的鉴定及基因组分析

旨在分析死亡白羽肉鸡肠道中的致病微生物,明确白羽肉鸡的死因,为白羽肉鸡的科学防病和治病提供新思路。采集养鸡场病死白羽肉鸡的肠道内容物,利用宏基因组测序、序列拼接、分箱技术、进化树分析、物种注释鉴定白羽肉鸡肠道中的致病微生物,通过基因组毒力基因和耐药基因的注释,阐述病原微生物的致病和耐药机制。结果显示:病死白羽肉鸡肠道内容物样品中检出的致病微生物为禽类致病性大肠杆菌(avian pathogenic Escherichia coli),经序列拼接和分箱技术得到病原菌全基因组序列,大小为4 998 208 bp,完整度为99.23%。该菌含有毒力基因192种,主要编码鞭毛、纤毛合成相关蛋白、定植相关蛋白、菌素合成相关蛋白,含有耐药基因88种,主要涉及28类抗生素的耐药,表明上述种类抗生素对感染禽类致病性大肠杆菌的白羽肉鸡无治疗作用,最终导致白玉肉鸡死亡。本研究利用宏基因测序技术可有效分析白羽肉鸡的致病微生物及致病、耐药机制,可在白羽肉鸡发病早期帮助养殖者了解病因,并有针对性地指导科学用药,减少经济损失。

基于宏基因测序的微生物饲料添加剂菌群结构及质量分析

随着饲料端全面禁抗,养殖端进入减抗、限抗时代,微生物饲料添加剂行业迎来了新的机遇。然而,如果在生产过程中控制不严,会造成产品的微生物污染,因此,需要对产品中的菌群结构进行分析,以保证产品质量。本文以4年采集的113个市售微生物饲料添加剂产品为研究对象,利用宏基因组测序、物种注释和统计学分析,研究微生物饲料添加剂产品的菌群结构和分布规律。结果表明:64.60%的微生物饲料添加剂样品存在非标识菌污染,主要表现在副地衣芽孢杆菌被误用为地衣芽孢杆菌、含有具有抑菌作用的贝莱斯芽孢杆菌和解淀粉芽孢杆菌;污染菌中非致病菌主要是贝莱斯芽孢芽孢杆菌、苏云金芽孢杆菌、副地衣芽孢杆菌、大肠杆菌、解淀粉芽孢杆菌、卷曲乳杆菌;致病菌主要是肺炎克雷伯菌,检出比例为5.98%;其次是蜡样芽孢杆菌,检出比例为12.82%。综上,宏基因测序技术可有效监测微生物饲料添加剂产品的菌群结构,非靶向检测产品中的污染菌。目前,产品存在检测菌种与标识不符、标识菌含量偏低、部分产品存在杂菌甚至致病菌的问题。本研究使用的非靶向研究方法和统计学得到的高频污染菌信息对微生物饲料添加剂产品的质量控制和行业监管具有重要参考意义。