为了挖掘陆地棉可能与耐盐性相关的功能SNP,本实验以耐盐陆地棉品种中9409为材料,从对照和盐胁迫材料的叶片转录组数据检测SNP,并进行GO和Pathway注释。从对照(ck,c)和处理(salt-treated,s)中分别检测到SNPc(对照中的SNP)12 659个、SNPs...为了挖掘陆地棉可能与耐盐性相关的功能SNP,本实验以耐盐陆地棉品种中9409为材料,从对照和盐胁迫材料的叶片转录组数据检测SNP,并进行GO和Pathway注释。从对照(ck,c)和处理(salt-treated,s)中分别检测到SNPc(对照中的SNP)12 659个、SNPs(处理材料的SNP)16 871个,其中对照特有SNP(SNPc-only)2 102个,盐胁迫后样品特有SNP(SNPs-only)4 547个。GO注释分析发现gene^(SNPc),gene^(SNPs),gene^(SNPc-onl)y在分子功能、细胞组分、生物进程富集的比例基本一致,而gene SNPs-only在每个分类中的基因比例都明显大于前三个。Pathway分析表明,gene^(SNPc),gene^(SNPs),gene^(SNPc-only),gene^(SNPs-only)显著富集的通路也不完全相同。以磷酸肌醇代谢途径和茉莉酸信号途径为重点,qRT-PCR(Quantitative Real Time PCR)验证通路中的差异表达基因,并初步分析这些基因上SNP的位置、酶切效应以及是否会导致氨基酸变异。展开更多
文摘为了挖掘陆地棉可能与耐盐性相关的功能SNP,本实验以耐盐陆地棉品种中9409为材料,从对照和盐胁迫材料的叶片转录组数据检测SNP,并进行GO和Pathway注释。从对照(ck,c)和处理(salt-treated,s)中分别检测到SNPc(对照中的SNP)12 659个、SNPs(处理材料的SNP)16 871个,其中对照特有SNP(SNPc-only)2 102个,盐胁迫后样品特有SNP(SNPs-only)4 547个。GO注释分析发现gene^(SNPc),gene^(SNPs),gene^(SNPc-onl)y在分子功能、细胞组分、生物进程富集的比例基本一致,而gene SNPs-only在每个分类中的基因比例都明显大于前三个。Pathway分析表明,gene^(SNPc),gene^(SNPs),gene^(SNPc-only),gene^(SNPs-only)显著富集的通路也不完全相同。以磷酸肌醇代谢途径和茉莉酸信号途径为重点,qRT-PCR(Quantitative Real Time PCR)验证通路中的差异表达基因,并初步分析这些基因上SNP的位置、酶切效应以及是否会导致氨基酸变异。
