影响H9N2亚型禽流感病毒生物学特性的关键氨基酸位点分析

H9N2亚型禽流感病毒是在我国家禽中流行最为广泛的亚型,严重影响养禽业健康发展,具有感染哺乳动物的能力。可感染人类的H5N1、H7N9、H10N8和H3N8等新型流感病毒中多次发现H9N2亚型禽流感病毒的内部基因,而这些感染人类的新型流感病毒对公共卫生安全造成了巨大威胁。文章围绕H9N2亚型禽流感病毒,总结了影响该亚型病毒致病性、受体结合、复制能力以及在家禽或哺乳动物中与传播有关的关键功能氨基酸位点突变的研究进展,以期进一步解析H9N2亚型禽流感病毒及其内部基因在新型流感病毒产生过程中的机制和作用。

跨境动物疫病传入定量风险评估研究简析

跨境动物疫病传入定量风险评估是描述动物疫病传入某一特定环境的生物学途径,并对传入发生概率采用数值进行定量推定的过程。跨境动物疫病传入定量风险评估可以带来准确直观的结果,有助于提高动物疫病防控政策的科学性和口岸检疫的针对性。国内外学者采用定量风险评估方法,分析了非洲猪瘟、非洲马瘟等跨境动物疫病传入后带来的影响及制定的相应措施,并提出了合理化建议。本文通过梳理分析跨境动物疫病传入定量风险评估的国内外研究进展,以期为做好跨境动物疫病的监测预警和防控奠定基础。

赤羽病的流行与防控研究进展

赤羽病是由赤羽病病毒感染牛、羊引起的一种以流产、早产、死胎和胎儿先天性畸形为典型病理特征的虫媒传染病,蚊虫和库蠓是其主要传播媒介。赤羽病传播和流行具有明显地域性、周期性和季节性特征,可对流行地区的畜牧业造成较大经济损失。牛赤羽病被我国列为三类动物疫病,也被列入《中华人民共和国进境动物检疫疫病名录》,属于我国口岸检疫需重点防范的二类传染病。通过对赤羽病病原学、检测诊断技术、传播与流行病学特点、传播媒介、综合防控措施等流行和防控的研究进展进行综述,为探索建立赤羽病新型快速诊断方法,从而实现赤羽病的综合防控建立基础。

2021—2022年赤羽病通过牛羊调运传入山东省的定量风险评估研究

为分析评估赤羽病通过牛羊调运传入山东省的风险,收集、整理2021—2022年活牛和活羊调入山东省的途径、调出省份、调入数量和批次等信息,利用“情景树”法建立传入风险随机模型进行仿真分析。结果显示:从外省调入感染赤羽病羊的风险值为0.0155(95%CI:0.0118~0.0228);从外省调入感染赤羽病牛的风险值为0.0338(95%CI:0.0225~0.0493)。提示:在进行牛羊调运时,做好启运前的产地检疫和到达后的隔离检疫可降低赤羽病传入的风险。本研究为降低赤羽病传入山东省的风险策略制定提供了参考。

赤羽病通过云南边境地区活牛走私传入我国的定量风险评估

为分析评估云南边境地区活牛走私传入赤羽病的可能性,收集整理云南边境地区活牛非法调入数量等信息,利用“情景树”法建立传入风险随机模型并进行仿真分析。结果显示:每走私调入1头境外活牛,赤羽病传入我国的概率为50.37%(95%CI:41.64%~60.29%),每年约有76头感染赤羽病的活牛自云南边境走私进入我国,境外活牛走私导致赤羽病传入我国的风险仍不容忽视,赤羽病通过境外活牛走私传入我国的风险取决于境外活牛被我国海关查获并无害化处理的可能性,建议加强边境的管控力度和海关的查获力度。本研究对赤羽病通过云南边境地区活牛走私传入我国的风险进行了定量评估研究,为我国防范赤羽病的境外传入提供了重要的数据支撑。

从“One Health”视角应对抗微生物药物耐药性

作为一场席卷全球的卫生危机,抗生素长期使用所带来的抗微生物药物耐药性(antimicrobial resistance,AMR)日趋严重,耐药病原菌、多重耐药菌、“超级细菌”等问题逐步成为公共卫生、畜牧兽医、环境卫生等领域共同面对的严峻挑战。近年来,随着“One Health”理念的兴起和探索实践,该理念逐步成为应对AMR挑战、实现人-动物-环境共同健康的共识。本文从“One Health”视角看待AMR问题,综述了“One Health”及AMR的发展历程,总结了国内外应用“One Health”理念遏制AMR问题的方法策略,提出了应对AMR问题的未来发展方向,为共同应对AMR挑战提供了参考。

2024年美国奶牛H5N1亚型高致病性禽流感疫情分析

2024年3月以来,美国报告了多例奶牛H5N1亚型高致病性禽流感病例,引发全球广泛关注。本文对本次疫情进行了系统梳理,分析了疫情流行情况和分布规律,提出了风险防范建议。现有数据表明,引发奶牛感染的H5N1亚型高致病性禽流感病毒属于2.3.4.4b分支,与美国同期在家禽和野禽中流行的毒株高度同源。初步分析表明,感染奶牛的病毒可能来源于野生候鸟。疫情发生后,美国采取了限制移动、调运检测等综合防控措施。本次疫情可能对美国奶牛产业造成一定程度的负面影响,但从目前来看对我国影响较小。建议持续进行国外疫情监视,国内加强野禽风险监测,强化家禽强制免疫,积极宣传引导,做好应急储备等,降低本次疫情对我国的影响。

禽源大肠埃希菌氟喹诺酮类药物耐药研究进展

氟喹诺酮类药物是家禽养殖中常用的抗菌药物之一。近年来,氟喹诺酮类药物在禽养殖业中的广泛过度使用导致大肠埃希菌耐药菌株出现,且该细菌对此类药物的耐药性愈发严重,耐药谱不断扩大;耐药机制越来越复杂,主要通过染色体介导、外排系统介导、膜通透性降低和质粒介导4种作用机制;耐药检测技术得到不断发展,目前已有药物敏感试验以及基因芯片、PCR、荧光原位杂交、全基因组测序、宏基因组测序等多种检测方法。针对当前日趋严峻的大肠埃希菌耐药形势,需要大力开展细菌耐药性监测,开发中药、喹诺酮类杂化物等新型药物;通过加强宣传教育,完善监测预警体系,指导合理用药;采取“减抗替抗”等综合防控措施,积极应对细菌耐药性问题。本文以4种常见的氟喹诺酮类代表药物恩诺沙星、环丙沙星、氧氟沙星、萘啶酸为例,综述了该类药物在禽源大肠埃希菌中的耐药进展状况,及其耐药作用机制、检测方法及防控措施研究进展,以期为保障食品动物安全和公共卫生安全提供依据。

猫冠状病毒病诊断技术研究进展

猫冠状病毒病是由猫冠状病毒(feline coronavirus,FCoV)感染引起的一种以上呼吸道、肠道和胸腹膜炎症为主的猫传染性疾病,主要通过粪口途径传播,在全世界均有流行,目前无有效疫苗和特效治疗药物。其中由猫传染性腹膜炎病毒引发的猫传染性腹膜炎致死率极高,且不易诊断和预防,已成为病死率最高的猫病毒性疾病之一。猫冠状病毒病的临床诊断和大部分实验室检测技术均不具有特异性,对于区分猫肠道冠状病毒和猫传染性腹膜炎病毒感染还存在一些困难。目前,基于PCR技术的RT-PCR和RT-qPCR特异性相对较高,RT-LAMP和RT-RAA等新技术的开发和应用可逐步填补临床快速检测的空白。本文通过对猫冠状病毒病诊断技术研究进展进行综述,以期为建立猫冠状病毒病快速诊断方法和制定诊断技术标准奠定基础。

赤羽病病毒荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用

为建立一种快速、灵敏的赤羽病病毒(Akabanediseasevirus,AKAV)核酸检测方法,以AKAV S基因为靶基因,设计特异性引物和Taq Man探针,通过优化反应体系和条件,建立了AKAV荧光定量RT-PCR检测方法,随后开展了敏感性、特异性及重复性评估,并利用该方法与AKAV检疫行业标准推荐方法同时对临床采集的80份牛羊血液样品进行检测,以检验方法的临床应用效果。结果显示:本研究建立的检测方法敏感性较高,最低检测限为13.4 copies/μL;特异性良好,与口蹄疫病毒、牛冠状病毒、牛结节性皮肤病病毒、牛病毒性腹泻病毒、传染性牛鼻气管炎病毒、蓝舌病病毒、牛白血病病毒等均无交叉反应;组内试验变异系数为0.93%~2.47%,组间试验为1.25%~2.76%,重复性良好;利用建立的方法从80份临床样品中检出AKAV阳性样品21份,该检测结果与AKAV检疫行业标准推荐方法的符合率为98.75%。结果表明,本研究建立的AKAV荧光定量RT-PCR检测方法敏感性高,特异性及重复性好,适用于赤羽病临床检测,为赤羽病病原学监测和诊断技术标准开发提供了技术支撑。

2022年美国H5亚型高致病性禽流感流行特点分析

2022年2月以来,美国持续暴发由2.3.4.4b分支引发的H5N1亚型高致病性禽流感疫情,累计扑杀家禽近4 800万只,给当地家禽产业造成巨大损失,引起全球广泛关注。遗传演化关系表明美国流行毒株与欧洲同期流行毒株亲缘关系较近,但又相对独立。北美和欧洲流行的毒株与我国Re-14疫苗株属于同一分支,其相互间的HA基因氨基酸同源性较高(98.6%~99.5%);在美国,H5N1亚型毒株还导致赤狐等多种哺乳动物感染。美国疫情的暴发给我国禽流感防控带来了诸多警示和影响。本文结合我国情况,提出了加强疫情信息分析,强化野生动物和病原变异情况监测等针对性的防控措施建议。

H7亚型禽流感病毒微滴式数字PCR检测方法的建立及应用

为了建立灵敏、特异的H7亚型禽流感病毒(AIV)微滴式数字PCR(ddPCR)检测方法,本研究根据GenBank和GISAID中H7亚型AIV血凝素(HA)基因的核苷酸序列,设计合成H7亚型AIV的引物和探针,对反应条件进行优化,从而建立检测H7亚型AIV的ddPCR方法,并测定其特异性、敏感性和重复性。结果显示,最佳引物浓度和探针浓度分别为900 nmol/L和250 nmol/L,最佳退火温度为55℃,最佳升降温速率为2.0℃/s,最佳反转录时间为20 min。特异性试验结果显示,该方法仅对H7亚型AIV进行特异性检测,对H5亚型AIV、H9亚型AIV、新城疫病毒、鸡传染性支气管炎病毒、传染性法氏囊病毒均不能检出。敏感性试验结果显示,该方法对重组质粒标准品检测下限为0.8 copies/μL,比荧光定量PCR(qPCR)方法敏感性高10倍。组内和组间重复性试验结果显示,变异系数均小于3%。对60份临床样品检测显示,该方法与鸡胚分离方法的符合率为100%。结果表明,本研究建立的H7亚型AIV ddPCR检测方法具有较好的特异性、重复性和敏感性,可用于H7亚型AIV的早期诊断、流行病学调查、诊断方法评估、标准物质研制、免疫效果评估,为H7亚型AIV的科学防控和研究提供了有力的技术储备。

抗无乳链球菌天然产物的筛选

基于MedChemExpress天然产物库筛选对无乳链球菌有抗菌效果的天然产物,采用成药性预测工具Swisse-ADME分析其成药性,并测定抗菌天然产物对人源、奶牛源、鱼源等不同来源菌株的最小抑菌浓度、最小杀菌浓度和最小生物被膜清除浓度。结果表明:从2443个天然产物中共鉴定出104个对无乳链球菌有显著抗菌效果的天然产物,其中15个成药性前景较好的天然产物,其最小抑菌浓度介于4~256μg·mL^(-1)之间,藤黄酸、血根碱、白屈菜红碱、冬凌草甲素和积雪草酸等5个天然产物对无乳链球菌的最小杀菌浓度介于4~64μg·mL^(-1)之间,最小生物被膜清除浓度介于32~128μg·mL^(-1)之间,具有开发成新型无乳链球菌抗菌药物的潜力。

基于Web服务的禽流感病毒基因分析软件FluSoft的创建与应用

解读病毒基因组信息是探明病毒关键分子特性的重要步骤。然而,解码基因信息,需要在较强的生物信息学背景下,查阅大量文献、选择参考序列、开展序列比对、进行遗传进化分析、验证并集成数据信息等,其过程工作量大、耗时、技术含量高。为解决上述问题,采用Perl语言集成一系列软件和数据集,创建了禽流感病毒基因分析软件(FluSoft),实现了禽流感病毒基因组快速批量注释和分析。本软件通过Web网页对话框输入FASTA格式的禽流感病毒基因序列,可进行关键生物特性和遗传进化分析,实现了以下功能:(1)注释查询序列的基因片段/亚型(针对H5或H7亚型,增加展示其HA基因裂解位点氨基酸序列及碱性氨基酸个数)及基因突变的生物学意义,如耐药性、宿主受体特异性、毒力、糖基化位点及在家禽或哺乳动物中的传播能力等;(2)注释查询序列在命名系统中最密切相关的演化分支。综上所述,FluSoft软件(http://flusoft.hqhuitong.com)为禽流感流行病学调查监测、流行特征分析及风险预警提供了有力的技术支撑。

2020—2022年我国部分地区牛赤羽病回溯性监测与分析

为了解赤羽病近几年在我国的流行状况和分布特征,采用竞争ELISA检测方法,对2020—2022年采集自我国12个省份150个场点的1327份牛血清样品进行赤羽病病毒抗体回溯性监测与分析。结果显示:赤羽病病毒抗体场群阳性率达67.3%,个体阳性率达41.5%;从空间上看,赤羽病流行呈现明显的“南高北低”特点,尤其以炎热、潮湿的广西和广东流行率最高,说明赤羽病在我国呈区域性流行态势;从时间上看,赤羽病流行没有规律的时间变化特点。本研究初步摸清了近几年赤羽病在我国部分地区的流行情况,并提出了针对性建议,为我国赤羽病防控提供了数据支撑和参考。

赤羽病诊断技术研究进展

赤羽病是由赤羽病病毒感染牛羊引起的一种以流产、早产、产死胎、胎儿先天性畸形为典型病理特征的虫媒传染病,蚊虫和库蠓是其主要传播媒介,其中牛赤羽病被我国列为三类动物疫病。对赤羽病进行及时和准确的诊断是控制赤羽病传播和流行的关键。赤羽病诊断技术可分为临床诊断以及依据实验室检测技术的病原学诊断和血清学诊断。通过对赤羽病诊断技术研究进展进行综述,以期为建立赤羽病速诊断方法和制定诊断技术标准奠定基础。

1株野鸟源H7N3亚型禽流感病毒的全基因组序列分析及其对小鼠感染性研究

旨在对2021年分离自我国宁夏回族自治区野鸟粪便中的1株低致病性H7N3禽流感病毒(AIV)A/mallard/Ningxia/Y37/2021(H7N3)株进行了全基因组测序、遗传进化分析及对小鼠致病性试验。全基因组序列分析表明,HA基因裂解位点仅有1个碱性氨基酸,符合低致病性AIV的分子特性。遗传进化分析结果表明,HA基因和韩国野鸭源H7N7亚型AIV同源性较高;NA基因与韩国野鸟源H5N3亚型AIV同源性较高;PB2、PA基因与H5N2亚型AIV有较高的同源性;PB1基因与H5N3亚型AIV有较高的同源性;NP基因与H3N2亚型有较高同源性;M、NS基因与H3N8亚型有较高同源性,具有明显的遗传多样性。血凝抑制(HI)试验结果表明,该毒株与H7N9-Re4疫苗株抗血清的HI效价比同源毒株低16倍,抗原性差异显著。小鼠感染性试验结果显示,该病毒能在小鼠的肺部与鼻甲中复制,并引起感染小鼠体重下降,表明该毒株有感染哺乳动物的风险。本试验通过对1株野鸟源H7N3亚型AIV部分生物学特性的分析,为H7N3亚型禽流感的预警和综合防控提供重要理论参考。

美国奶牛H5N1亚型高致病性禽流感疫情形势与研究进展

自2024年3月25日美国确认首例奶牛H5N1亚型高致病性禽流感病例以来,疫情不断蔓延,不但引发了大范围奶牛之间的传播,还跨物种传播到多种哺乳动物和奶牛从业人员,引发全球广泛关注。本文梳理总结了当前美国奶牛疫情的流行现状以及病毒来源、传播途径,病毒基因组和流行病学特征,人工感染试验以及巴氏杀菌对病毒的灭活效果等研究进展,以期为该病的风险防范提供重要参考。

H5亚型高致病性禽流感病毒微滴式数字PCR检测方法的建立与应用

为建立特异、灵敏的H5亚型高致病性禽流感病毒(high pathogenicity avian influenza virus,HPAIV)微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)检测方法,根据GISAID和GenBank公布的H5亚型HPAIVs HA基因的核苷酸序列,设计并合成引物和探针,对反应体系和条件进行优化,建立针对H5亚型HPAIVs的ddPCR检测方法,并对该方法的特异性、重复性以及敏感性进行评估。结果显示,引物探针浓度为900 nmol/L和250 nmol/L、退火温度为55℃、升降温速率为2.0℃/s时ddPCR反应效率最高。该方法可特异性检测H5亚型HPAIVs,对H9N2、H7N9等常见禽病病原均不能检出。该方法对标准品最低检测限为1.97拷贝/μL,敏感性比qPCR方法高10倍。组内和组间重复性试验的变异系数均小于5%。对80份临床样品检测结果显示,与金标准方法的符合率为100%。本研究建立的ddPCR方法特异性强、敏感性高、重复性好,为H5亚型HPAIVs的诊断和检测以及精准防控提供了重要技术支撑。