2022年云南省柯萨奇B组5型病毒全基因组分析

目的分析2022年云南省4株柯萨奇B组5型病毒(CVB5)分离株的全基因组特征。方法设计CVB5全基因组扩增及测序引物,分段扩增CVB5分离株的全基因组,采用“引物移步法”测序,并进行序列拼接和组装。采用MEGA 7.0、Simplot 3.5.1和DNAStar 7.1等软件对CVB5毒株的全基因组序列进行遗传特征分析。结果基于VP1和全基因组系统进化分析发现,4株CVB5分离株均为C基因型。与原型株相比,4株毒株VP1区均发生多处氨基酸变异。P1、P2、P3系统进化分析和simplot重组分析显示,CVB5分离株可能与多种肠道病毒B群毒株发生重组。结论2022年云南省昆明地区手足口病(HFMD)患者临床样本中分离到的4株CVB5均属于C基因型。