一种快速检测含tst基因的金黄色葡萄球菌的纳米生物 传感器

基于荧光能量共振转移(Fluorescence energy resonance transfer,FRET)原理利用单壁碳纳米管(Single-walled carbon nanotubes,SWCNTs)构建一种操作简单、成本低、灵敏度高和选择性强的纳米生物传感器快速检测含有tst基因金黄色葡萄球菌。将tst基因互补序列设计为探针,利用单壁碳纳米管联合羧基荧光素(FAM)标记的DNA分子探针(FAM-P)构建出FAM-P/SWCNTs复合检测体系。考察该体系对靶标序列和靶标菌的灵敏度和特异性。结果表明,该生物传感器对靶标序列的检测下限低至10 nmol/L,并在10-100 nmol/L范围内具有较好的线性关系(R2=0.994),对靶标菌的检测下限低至102,且在102-107CFU/m L范围内均呈现良好的线性关系(R2=0.999)。此外,在错配实验和对非靶标菌检测时,该传感器呈现了较高的特异性。本研究构建的FAM-P/SWCNTs体系能快速检测含tst基因金黄色葡萄球菌,并具有操作简单、灵敏度高、特异性强等优点,为食品检测、临床诊断等领域开辟了新途径。

SRSF2基因的生物信息学分析与蛋白质预测

目的:分析富含丝氨酸和精氨酸的剪接因子2(SRSF2)基因序列和表达产物的特征。方法:运用生物信息学相关软件分析和预测人类和小鼠SRSF2基因的同源区段、开放读框、启动子区域、转录因子结合位点、CpG岛分布情况,分析预测小鼠SRSF2基因蛋白产物的功能结构域以及与其他蛋白的相互作用。结果:人类和小鼠SRSF2基因共有3个同源区段、19个开放读框、4个相同的转录因子结合位点,2个基因的CpG岛各项参数基本一致;小鼠SRSF2蛋白会与至少10种其他蛋白因子发生相互作用。结论:SRSF2基因及其蛋白产物的生物信息学分析,为相关研究提供了重要的信息基础。

EB病毒再激活后鼻咽癌细胞系中基因表达差异分析

目的:利用生物信息学方法从EB病毒再激活的鼻咽癌细胞系基因表达谱中筛选差异表达基因,并分析它们之间的互相作用关系。方法:利用edg R包等相关软件从基因表达谱中筛选差异表达的基因,分析它们之间的互相作用关系,并对其进行在线GO分析、KEGG富集分析及蛋白互作分析。结果:共筛选出4496个差异表达基因,包括1954个上调基因和2542个下调基因。GO分析结果显示,差异表达基因在生物过程(BP)中显著富集,包括病毒应答、Ⅰ型干扰素信号通路、γ干扰素介导的信号传导途径、病毒防御反应、胆固醇生物合成过程、氧化还原过程、类异戊二烯生物合成过程、类固醇代谢过程、脂质代谢过程和花生四烯酸代谢过程;在分子功能(MF)中,包括丝氨酸型内肽酶活性、蛋白同二聚化活性、醛脱氢酶(NAD)活性、氧气结合、3-氯烯丙基醛脱氢酶活性、血红素结合、谷胱甘肽转移酶活性、氧化还原酶活性、铁离子结合和药物结合;在细胞组分(CC)中,包括胞外体、细胞质、细胞器膜、基底外侧质膜、胞外空间、内质网膜、内质网、过氧化物酶体、线粒体、顶端质膜。KEGG通路分析显示,差异表达基因在代谢途径、抗生素生物合成、萜类骨架生物合成、化学致癌作用、丙型肝炎、胆汁分泌、细胞色素P450代谢外源性物质、氨基酸生物合成、类固醇生物合成、精氨酸和脯氨酸代谢等信号通路中显著富集。在蛋白互作分析网络中筛选出10个节点度最高的核心基因MAPK3、IRF7、IRF9、IFI6、TRIM22、IFI27、OAS2、TRIM31、HLA-F和MX1。结论:通过基因芯片对比筛选,EB病毒经化学物质再激活后引起宿主细胞多个基因表达发生变化,为相关临床研究提供了重要的信息基础。

鼻咽癌组织中基因差异表达及蛋白互作网络分析

目的:利用生物信息学方法从鼻咽癌组织基因芯片中筛选差异表达基因,并分析它们之间的互相作用。方法:利用R语言程序包等相关软件分析鼻咽癌组织和正常组织中差异表达的基因,并对其进行在线GO分析、KEGG富集分析及蛋白互作分析。结果:从25例鼻咽癌组织样本和3例正常组织对照样本中共分析出1103个差异表达基因,包括600个上调基因和503个下调基因(P<0.05)。GO分析结果显示,差异表达基因在生物过程中显著富集,包括细胞分裂、DNA复制、G1/S有丝分裂细胞周期的转变和有丝分裂核分裂;在分子功能中,包括与蛋白质结合、与ATP结合、蛋白同二聚化活性、与DNA复制起点结合以及与受损的DNA结合;在细胞组分中,包括细胞质、核质、胞外体和船体中部。KEGG通路分析显示,差异表达基因在细胞周期、DNA复制、癌症途径、p53信号通路、错配修复、小细胞肺癌、卵母细胞减数分裂、氨基糖和核苷酸糖代谢、基部切除修复和人T淋巴细胞病毒(HTLV-Ⅰ)感染等信号通路中显著富集。在蛋白互作分析网络中筛选出10个节点度最高核心基因CDC45、MCM10、MCM3、MCM5、MCM2、CDC7、CDT1、CDC6、SMC2和NCAPG。结论:通过鼻咽癌组织和正常组织的对比筛选,发现多个基因表达发生变化,为相关临床研究提供了重要的信息基础。

肺癌中SOX4基因的调控网络分析验证和蛋白质预测

目的:分析SOX4基因的调控网络和蛋白产物特征,并进行验证。方法:利用生物信息学方法预测人SOX4基因的调控网络及其蛋白产物与其他蛋白的相互作用;在肺癌细胞系和肺癌临床样本中通过实时荧光定量PCR对mi RNA-30s进行定量分析。结果:人类SOX4蛋白可能与TP53、DICER1和SDCBP2等3种蛋白相互作用;SOX4基因可能受多种lnc RNA和mi RNA的调控;hsa-mi R30s在临床样本中表达模式不完全相同。与癌旁组织相比,hsami R30c-5p和hsa-mi R30d-5p在癌组织中显示低表达,hsa-mi R30d-5p则相反;与正常人胚肺成纤维细胞KMB17相比,肺癌细胞系A549和H1299中3个mi RNA-30成员的表达模式均为高表达。结论:SOX4基因及其蛋白产物的生物信息学分析为相关研究提供了重要信息基础,但尚须相关实验验证,以确定相关性。

阿帕替尼联合大剂量丹参酮IIA对肺腺癌A549细胞株凋亡及Bim异构体的影响

目的:观察阿帕替尼与丹参酮IIA单药及不同时序联合用药方案对人肺腺癌细胞A549凋亡的影响,并探究其作用机制。方法:培养肺癌A549细胞,用梯度浓度的阿帕替尼(0、5、10、20、40、80μmol/L)及丹参酮IIA(0、5、10、20、40、80μmol/L)分别处理A549细胞,应用CCK8法检测其对细胞增殖的抑制作用;流式细胞技术(Annexin V/PI双染法)检测不同用药组作用48 h后的细胞凋亡率;半定量RT-PCR检测凋亡相关基因Bim异构体的表达情况。结果:阿帕替尼及丹参酮IIA单药对A549细胞的增殖均有抑制作用,且呈现浓度依赖性。两种药物联合使用时,联合用药组增殖抑制和凋亡率优于单药组和改变药物顺序的序贯组。结论:阿帕替尼与丹参酮IIA单药以及联合用药均可抑制A549细胞的增殖并促进凋亡;最佳联合方案为阿帕替尼联合丹参酮IIA同时使用,细胞凋亡率最高;其作用机制之一可能是联合用药通过转录和mRNA选择性剪接来上调Bim L基因的表达,从而促进细胞凋亡。

A组轮状病毒非结构蛋白NSP2的研究进展

A组轮状病毒非结构蛋白NSP2在病毒复制过程中起重要作用。本文就NSP2蛋白编码基因和基因型、蛋白的表达、结构、功能及其免疫学性质的研究进展作一综述。

hsa-miR-22-3p和hsa-miR-671-5p靶标基因的预测及其与癌症患者生存率的相关性

目的通过生物信息学方法预测在m6A去甲基化酶FTO敲低处理后,存在m6A修饰并显著下调的mi RNA(hsa-mi R-22-3p和hsa-mi R-671-5p)的靶标基因,并分析它们与癌症患者生存率的相关性。方法利用在线数据库寻找目标mi RNAs的靶基因,并通过基因功能(gene ontology,GO)和信号通路数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)对这些靶基因的分子功能(molecular function,MF)、生物过程(biological processes,BP)、细胞组分(cell component,CC)定位以及参与的信号通路进行分析;通过蛋白质互作网络(protein-protein interaction,PPI)筛选出核心基因,并分析它们与癌症患者生存率之间的相关性。结果 hsa-mi R-22-3p和hsa-mi R-671-5p共有198个相同的靶标基因;GO分析结果表明,这些靶基因在生物过程中显著丰富,包括肌动蛋白细胞骨架组织、神经元干细胞群维持、对尼古丁的行为反应;对于分子功能,这些靶点富含锌离子结合、蛋白质结构域特异性结合、核心启动子序列特异性DNA结合;细胞成分定位分析还显示,这些靶标在高尔基体的早期内体,细胞连接和整体成分中显著丰富;KEGG通路分析显示,这些交叉基因靶点在非小细胞肺癌、癌症中的胆碱代谢和粘蛋白型聚糖生物合成途径中富集;基于网络的工具分析显示,hsa-mi R-22-3p和hsa-mi R-671-5p已经它们的核心靶标基因RHOU和UNC5B与肾透明细胞癌(kidney renal clear cell carcinoma,KIRC)、肝癌(liver hepatocellular carcinoma,LIHC)、肺鳞状细胞癌(lung squamous cell carcinoma,LUSC)、低级胶质瘤(low-grade gliomas,LGG)、胃癌(stomach adenocarcinoma,STAD)、卵巢癌(ovarian serous cystadenocarcinoma,OV)、肉瘤(sarcoma,SARC)、膀胱癌(bladder urothelial carcinoma,BLCA)、皮肤癌(skin cutaneous melanoma,SKCM)、乳头状肾细胞癌(kidney renal papillary cell carcinoma,KIRP)和乳腺癌(breast invasive carcinoma,BRCA)等11种癌症有关。结论当去甲基化酶FTO被敲低或处于低活动水平时,一些mi RNA和基因可能在癌症中发挥不同的作用,也有可能成为治疗癌症的新的核酸靶点。

过量人参皂苷对小鼠脑组织谷氨酸代谢的影响

目的:探讨过量人参皂苷对小鼠脑组织中谷氨酸代谢的影响。方法:常规饲养昆明小鼠,按照最终浓度低(8 mg/kg)、中(40mg/kg)、高(200 mg/kg)剂量连续灌胃人参皂苷24天,记录小鼠体重变化。第25天颈脱臼处死小鼠,取出全脑匀浆后测定谷氨酸水平,谷氨酰胺酶活力。结果:各实验组与对照组相比,体重明显下降;低、中、高实验组谷氨酸水平分别高与对照组13.66%、21.67%、39.83%,其中中剂量组和高剂量组显著高于空白组(P<0.05);谷氨酰胺酶活力较对照组分别增高2.06%、2.91%、10.11%,高剂量与空白组差异显著,有统计学意义(P<0.05)。结论:高剂量人参皂苷能使神经系统兴奋,可能与增高谷氨酰胺酶活力、从而提高脑组织中谷氨酸含量有关。

A组人轮状病毒VP7和VP4基因型在全球的分布

轮状病毒（rotavirus，RV）基因型研究是RV感染预防中的重要基础性工作。此文对发表自24个国家的56项针对RV基因型的研究结果进行了综述分析。1985-2008年共研究了18684份A组人RV样本。对这些RV的G（VP7）基因型和P（VP4）基因型在全球及各洲的分布所进行的统计分析结果表明，除了最常见的几种基因型（如G1P[8]、G2P[4]、G3P[8]和G4P[8]）外，以前不常见甚至未出现过的基因型也开始频繁出现，甚至有成为优势流行种群的趋势。这些分析结果对于今后RV疫苗研发及感染治疗具有重要指导意义。