转录因子HSF4的生物信息学分析

热休克转录因子4（heat shock transcription factor 4,HSF4）是热休克转录因子HSF家族成员,近年发现HSF4除发挥调控热休克蛋白（heat shock protein,HSP）表达的功能外,亦直接或间接调节许多非热休克基因的表达,参与细胞生长发育及多种生理病理过程。现对9个物种的HSF4蛋白序列进行了多序列对比、进化痕迹分析和蛋白质特定功能区域分析,发现两个保守区域：一个是75-119保守区域,其部分位于文献报道的HSF家族的DNA结合区域,该区域呈现锤子状颈环结构,中部富含亲水氨基酸,提示该颈环结构有嵌入DNA结构内部解开其双链结构起转录调控的作用;另一保守区域在176-230,呈现卷曲螺旋（coil）结构,可能跟HSF4与DNA识别、结合、固定功能相关。对HSF4的生物信息学分析可以为其功能研究奠定理论基础。

小鼠肝癌与肝正常细胞系ST3Gal和ST6Gal家族mRNA表达差异研究

探讨肝癌细胞系Hepa1-6与肝正常细胞系BNL CL.2唾液酸糖基转移酶ST3Gal和ST6Gal家族mRNA表达的差异以及与细胞膜唾液酸含量的关系,采用RT-PCR方法检测ST3Gal唾液酸转移酶家族6个成员以及ST6Gal唾液酸转移酶家族2个成员mRNA表达差异,用凝集素芯片检测细胞膜表面唾液酸表达情况,结果显示:与正常细胞系BNL CL.2相比,hepa1-6细胞内唾液酸转移酶ST3GalⅠ、ST3GalⅣ、ST3GalⅥ呈现高表达,ST3GalⅤ低表达,ST3GalⅡ、ST3GalⅢ表达无显著性差异,两细胞系内均为检测出ST6GalⅠ表达,ST6GalⅡ表达无显著差异;hepa1-6细胞膜α2-3和α2-6连接唾液酸含量均显著增加;提示ST3GalⅠ、ST3GalⅣ、ST3GalⅤ、ST3GalⅥ可能与肝癌发生过程相关,ST3GalⅠ、ST3GalⅣ、ST3GalⅥ可能与肝癌细胞膜α2-3唾液酸含量增加相关,ST6Gal家族对细胞膜α2-6连接唾液酸含量增加无贡献.

α-2，3-唾液酸糖基转移酶ST3家族分子序列生物信息学分析

目的比较探讨人类α-2,3-唾液酸糖基转移酶家族成员间的同源性,探讨其进化规律及其与功能相关性。方法利用网上数据库和生物信息学软件对核酸及蛋白质序列进行同源比较、结构域分析和进化树绘制。结果人类α-2,3-唾液酸糖基转移酶家族一级结构、二级结构均有较高的同源性,系统进化分析显示其各成员来源于同一祖先并在不同时期分野。结论各成员来自于同一祖先的同一家族,其进化方式属于趋异性进化,家族中各亚型底物特异性可能与其糖基化位点相关。

小鼠肝癌及肝正常组织B4GalT糖基转移酶家族mRNA表达差异及其对细胞膜相关糖链的影响

探讨肝癌模型鼠与正常小鼠肝组织B4GalT(β-1,4-半乳糖转移酶)家族mRNA表达差异以及对细胞膜相关糖链的影响.采用RT-PCR方法检测肝癌模型鼠和正常对照小鼠肝癌组织中B4GalT家族7个成员以及唾液酸α-2,3转移酶ST3GalⅢ、ST3GalⅣ、ST3GalⅥ、α-1,6-岩藻糖转移酶FUT8 mRNA表达差异,应用凝集素芯片检测细胞膜表面半乳糖、岩藻糖、唾液酸表达情况.结果显示:与正常对照组相比,肝癌模型鼠肝组织中B4GalT-1和B4GalT-3、ST3GalⅣ和ST3GalⅥ、FUT8呈现高表达,肝癌细胞膜半乳糖、岩藻糖、唾液酸类型糖链增加,提示B4GalT-1和B4GalT-3与肝癌细胞膜半乳糖链增加相关.由于细胞Galβ-1,4-GlcNAc糖表位在ST3GalⅢ、ST3GalⅣ或ST3GalⅥ催化下与唾液酸α-2,3连接生成s-lewis x抗原前体,本实验中B4GalT-1和B4GalT-3与ST3GalⅣ、ST3GalⅤ、FUT8 mRNA表达具有相关性,提示B4GalT-1和B4GalT-3可能与ST3GalⅣ、ST3GalⅥ以及FUT4协同作用,导致肝癌细胞膜半乳糖、岩藻糖、唾液酸类型糖链增加.

肝癌SMMC-7721细胞系HSF4调控的靶基因图谱分析

热休克转录因子4(heat shock transcription factor 4,HSF4)是热休克转录因子HSF家族成员,近年发现HSF4除发挥调控热休克蛋白(heat shock protein,HSP)表达的功能外,亦直接或间接调节许多非热休克基因的表达,参与细胞生长发育多种生理病理过程。现通过染色质免疫共沉淀联合测序(chromatin immunoprecipitation sequencing,ChIP-Seq)方法对HSF4潜在的靶基因进行检测,并用GO(gene ontology)分析方法对这些靶基因进行分析,以探求HSF4发挥的生物学功能。ChIP-Seq结果显示:在肝癌SMMC-7721细胞系基因组DNA中共有1 726个HSF4结合区域,其中102个在启动子区。GO分析结果显示:这些潜在的靶基因分别参与细胞发育、增殖和对外部刺激应答的生物过程,具有与核酸和蛋白质结合及蛋白质激活的分子功能,参与药物和有害异物代谢以及化学致癌的信号传导通路。此外,MEME4.12.0软件推测出在SMMC-7721细胞系中HSF4与DNA启动子区结合的6种模式。分析HSF4在肝癌SMMC-7721细胞系中可能调控的靶基因图谱为进一步研究HSF4在肝癌发生机制中的作用提供了有效的实验数据和理论基础。

PAK5的生物学性质及其与肿瘤关系

P21-activated kinase 5(PAK5)是PAK家族GroupⅡ成员之一,是一种作为Cdc42和Rac效应蛋白的丝氨酸/苏氨酸激酶。PAK5不但可以促进神经细胞突起和丝状伪足的形成,而且在介导细胞增殖、凋亡、迁移以及细胞周期调控方面均发挥着重要作用,这也使得PAK5与胃癌、大肠癌、卵巢癌、乳腺癌、骨肉瘤等多种肿瘤的发生发展有着密切的联系。由于PAK5在肿瘤中发挥着巨大作用,可以为肿瘤治疗提供新的靶点。

雌激素受体在甲状腺癌中的作用

雌激素受体(estrogen receptor,ER)属于核受体超家族成员,主要通过与雌激素结合的方式诱导下游靶基因转录,从而发挥其重要的生物学功能。在此过程中,ER招募一系列辅调节因子参与其介导的基因转录调控。ER不仅在促进性器官成熟、副性征发育及维持性功能中起重要作用,在多种性激素受体相关癌症的发生发展中也扮演着重要角色。其中,甲状腺癌的发生女性比男性更普遍,是一种有性别倾向的肿瘤,并与性激素受体功能有相关性。研究证实,ER辅调节因子通过参与ER下游靶基因的转录调控,在雌激素受体相关肿瘤中发挥不可或缺的作用,另外,各种环境刺激和细胞活动也参与了ER对肿瘤的调控。该文主要对近年来雌激素受体在甲状腺癌中的作用及机制进行综述,试图为甲状腺癌的治疗和预防提供新思路和新靶点。