基于伤残调整寿命年的2010-2019年中国登革热疾病负担评估研究

目的评估2010-2019年中国登革热的疾病负担,为登革热防控策略措施制定和完善卫生资源的合理配置提供依据。方法采用世界卫生组织提出的方法,结合我国法定传染病监测系统报告病例数据,应用伤残损失寿命年(YLD)、早死损失寿命年(YLL)及伤残调整寿命年(DALY)指标估算我国登革热疾病负担。结果2010-2019年间,我国共报告91555例登革热病例,死亡13例;病例主要集中在15~59岁,占总病例数的77.32%。归因于登革热的YLL负担累计为179人年,YLD负担累计为3434人年,DALY负担累计为3613人年,标化后人口的DALY为2.71人年/100万。2010-2019年DALY负担水平变化较大,由9人年增至883人年。男性与女性归因于登革热的DALY负担水平大体一致,男性DALY负担水平略高于女性,男女性比例为1.06∶1。归因于登革热的疾病负担在每个年龄段均有分布,主要集中在15~、30~、45~岁3个年龄段,构成比>85%。结论2010-2019年中国登革热疾病负担总体呈上升趋势,对人群造成的风险不断增加,建议进一步加强登革热监测和风险评估,优化卫生资源配置,为其可持续控制提供科学依据。

鼠疫噬菌体研究概述

鼠疫噬菌体是一种特异性很强的鼠疫耶尔森菌(Yersinia pestis,鼠疫菌)的细菌病毒,一直被用来进行鼠疫病原体的鉴定。鼠疫噬菌体的早期研究主要以如何在自然界分离、生物学特性、诊断和治疗鼠疫,近年来,随着微生物基因组和蛋白质组学技术的发展,揭示了鼠疫噬菌体在鼠疫菌进化过程中所发生的作用。现就鼠疫噬菌体的研究进展,尤其是基因组的结构、与宿主菌在致病和免疫相关研究做一些介绍,为研发新型分子生物学技术和鼠疫治疗药物提供帮助。

鼠疫菌全基因组单核苷酸多态性研究进展

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性,包括同义SNPs(synonymous SNPs,sSNPs)和非同义SNPs(non?synonymous SNPs,nSNPs)。随着测序技术的迅速发展,获得了大量细菌全基因组序列,使得通过测序技术及生物信息学方法寻找潜在的SNPs位点成为可能。并且,由于SNPs本身的特性,使其作为一种新的分子标记,在细菌分型与进化、流行病学调查研究中得到广泛应用。该文主要阐述基于全基因组寻找SNPs位点,并建立以SNPs数据为基础的鼠疫菌微进化研究分析的研究进展状况。

中国土拉弗朗西斯菌数目可变串联重复多态性位点特有重复数的研究

目的采用多位点可变数目串联重复分析(MLVA)方法研究中国土拉弗朗西斯菌(土拉菌)的遗传特征。方法根据以往文献,选取对B型土拉菌分辨力较高的12个数目可变串联重复多态性(VNTR),对10株中国土拉菌和29株已公布测序的参考菌株进行MLVA分型研究。结果 MLVA分析显示,中国菌株在4个VNTR位点具有特有的重复数:Ft-M3重复数是5,Ft-M18重复数是1,Ft-M20重复数是2,Ft-M21重复数是2。12个VNTR位点组合分析,得出重复数比较接近的是:410108和日本FSC022;410112、410113和德国F92;410116、410117和美国OSU18、俄罗斯LVS。结论根据特有的重复数,通过检测Ft-M3、Ft-M18、Ft-M20和Ft-M21位点,可以把中国本土土拉菌和国外土拉菌区分开。另外,相对于欧美国家和日本,中国土拉菌具有更多的遗传多样性。

鼠疫耶尔森菌基因组核糖体结合部位识别

目的通过统计分析鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)CO92株中核糖体结合位点(RBS)与翻译起始位点的距离,探索最适合翻译起始的RBS与起始位点的距离。方法通过对鼠疫菌所有拷贝的16SrRNA3′端,及已经通过实验确定的177处RBS进行分析,确定鼠疫菌RBS的序列特征。统计鼠疫菌CO92株中存在的所有RBS序列的位置和数量,及RBS序列与翻译起始序列ATG(GTG,TTG,CTG)的距离。观察已经公布的CO92株的编码序列(CDS)片段前20个碱基序列的特征。结果在CO92的全基因组序列中搜索,共发现可能的RBS结构5081个,2909个后面一段距离内存在开放读码框架,其中1541与标注的CDS相符,535与标注的CDS终止位点相同,但起始位点不同。CO92序列中的3887CDS前面20个碱基中,57.7%含有RBS序列。结论 RBS序列与起始位点间隔7个碱基和8个碱基出现的次数最多;RBS可能作为基因识别的重要指征。

鼠疫噬菌体基因组研究进展

随着不同来源鼠疫噬菌体基因组测序的完成，为从基因水平研究鼠疫噬菌体提供了机遇。本文从全基因组的水平描述了鼠疫噬菌体的基本特征，对已测序的鼠疫噬菌体基因组进行分析比较，并探讨其遗传进化关系，以及从基因预测和蛋白注释方面描述鼠疫噬菌体基因组的功能，为进一步研究鼠疫噬菌体提供数据。

在辽宁省长角血蜱中检测出土拉弗朗西斯菌

目的检测辽宁省长角血蜱中弗朗西斯菌属及其内共生体的携带情况。方法 2013年7月,在辽宁省采集长角血蜱357只共分成38组,进行土拉弗朗西斯菌(土拉菌)的特异培养和弗朗西斯菌属及其共生体16S r RNA的巢式PCR检测。对有目的片段扩增的PCR产物进行测序和同源性比对,并与网上已公布的弗朗西斯菌属和弗朗西斯菌属(类)内共生体的序列进行系统进化分析。结果有测序结果的13组蜱中,5组为土拉菌,8组为弗朗西斯菌属(类)内共生体。由此推算,河栏镇长角血蜱对于土拉菌的最小携带率为2.12%。系统进化分析显示,5组蜱和土拉菌聚在一个分支上,其余8组和弗朗西斯菌属(类)内共生体聚在一个主干分支上。结论首次发现辽宁省长角血蜱携带土拉菌及弗朗西斯菌属(类)内共生体,对于提醒当地卫生部门做好土拉热防控具有一定意义。

初步研究我国土拉菌的亚种及遗传进化关系

目的研究我国土拉弗朗西斯菌(土拉菌)亚种类型及各菌株之间的遗传进化关系。方法对于来源于我国北方地区的10株土拉菌,采用2种型特异引物C1C4和RD1进行PCR,根据扩增产物片段长度来判断所属亚种;同时,使用fopA、tul4和16SrRNA引物,进行3种特异基因的PCR,然后测序;这10株土拉菌及网上已公布基因组序列的3株B型土拉菌、1株subsp.novicida,应用MEGA4软件,进行3种特异基因为基础的系统进化分析。结果采用2种型特异引物C1C4和RD1,鉴定10株土拉菌均为B型亚种;根据MEGA4构建的进化树,我国10株土拉菌可以分为2种基因型,410108、410109和410111为B1型,另外7株土拉菌为B2型;而国外的3株B型土拉菌归为B3型。结论我国北方地区分离的土拉菌可能以B型为主,对于土拉菌B型亚种的起源,我国土拉菌可能早于欧美国家。3种基因为基础的系统进化分析可作为土拉菌基因分型的一种可靠方法。

肺炎链球菌lytA和ply基因PCR方法检测

肺炎链球菌（Streptococcus pneumoniae,S.p）在世界范围内仍然是一种重要的病原体,可引起肺炎、脑膜炎、中耳炎、鼻窦炎及菌血症等多种严重疾病〔1-2〕。为了及时准确地检测出疑似病例是否为肺炎链球菌感染,需要有灵敏特异的检测方法。虽然从样本中分离到肺炎链球菌被公认为是金标准,但实际在肺炎链球菌性肺炎的成人病例中,