2008～2014年中国8省市流行的人呼吸道合胞病毒A亚型G蛋白编码基因全长序列分析

对2008~2014年收集的中国8省市人呼吸道合胞病毒(Human respiratory syncytial virus,HRSV)A亚型87株代表株进行G蛋白编码基因全长核苷酸序列测定和分析,阐明其核苷酸和氨基酸动态变异特征。根据G蛋白第二高变区的靶基因特征,从2008~2014年中国8省市流行的A亚型人呼吸道合胞病毒中挑选代表株,并采用RT-PCR方法对G蛋白编码基因进行扩增和序列测定,通过Sequencher 5.0、MEGA5.05等生物信息学软件进行序列拼接、比对,分析基因亲缘性和氨基酸变异特点。2008~2014年中国8个代表省市收集的296份HRSVA阳性标本,依据靶基因变异程度及特征共挑选出代表株87株,覆盖2008~2014年流行的各基因型,包括GA5,NA4,NA1,NA3,ON1;对87株代表株进行G蛋白编码基因全长序列测定和同源性分析,核苷酸同源性为88.21%~100%,氨基酸同源性为82.09%~100%,与原型株long株的核苷酸和氨基酸同源性分别为89.22%~91.07%和82.77%~86.82%;变异主要集中在第二高变区,其次在胞浆区和第一高变区。根据G蛋白全长核苷酸序列构建亲缘关系进化树,87株代表株可以分为5个分支,与国际上通用的依据G蛋白第二高变区为靶基因进行的基因分型及进化树分支结果一致。本研究系统分析了2008~2014年中国8省市人呼吸道合胞病毒A亚型G蛋白编码基因的基因特征及氨基酸变异情况,为中国人呼吸道合胞病毒的病原学研究,预防和控制提供了重要的病毒学基础研究数据。