系统生物学在中医“证”本质研究中的应用

在中医学的发展中,辨证论治一直是中医临床诊治的精髓所在,而＂证＂的确立则是辨证论治的核心,是承接理法方药的桥梁。＂证＂是机体在疾病发展过程中某一阶段的病理概括,它包括了病位、病因、病性以及正邪关系,反映的是该阶段病理变化的本质。

CYP725A4分子序列分析与结构建模

CYP725A4在大肠杆菌等原核宿主中难以实现高效功能表达,是制约紫杉醇异源合成的瓶颈之一.文中利用生物信息学方法对该酶分子的序列进行疏水性和跨膜区分析,构建了其分子进化树,在此基础上用同源建模方法构建了其天然态以及切除N端跨膜区后的三级结构,并对CYP725A4实现功能表达所必需的辅助还原酶也进行了天然态和切除N端跨膜区后的三级结构建模.所构建的结构模型经PROCHECK验证具有较好的可靠性.

代谢流量比率分析及其在代谢工程中的应用

细胞内代谢反应流量在系统理解细胞代谢特性和指导代谢工程改造等方面都起着重要的作用。由于代谢流量难以直接测量得到,在很多情况下通过跟踪稳定同位素在代谢网络中的转移并进行相应的模型计算能有效地定量代谢流量。代谢流量比率分析法能够高度体现系统的生物化学真实性、辨别细胞代谢网络的拓扑结构,并且能够相对简单快速地定量反应速率等,因此受到代谢工程研究者越来越多的重视。以下着重介绍并讨论了利用代谢物同位体分布信息分析关键代谢节点合成途径的流量比率、基于流量比率的代谢流量解析、以及应用于代谢工程等的相关原理、实验测量、数据分析、使用条件等,以期充分发挥代谢流量比率分析法的优势,并将其拓展推广至更多细胞体系的代谢特性阐明和代谢工程改造中去。