利用ATAC-seq技术研究Ⅰ型干扰素通路活化后人单核细胞的染色质开放性改变

目的检测人单核细胞经干扰素α(interferon α,IFNα)刺激后在全基因组水平上的染色质开放性变化。方法收集健康人外周血单核细胞,运用基于转座酶和高通量测序的染色质分析(assay for transposase-accessible chromatin using sequencing,ATAC-seq)技术检测染色质开放性。使用生物信息学工具进行富集分析和可视化分析。结果经过 IFNα处理后,染色质开放性发生显著增加的区域有 430 个,显著降低的区域有 442 个;大部分开放结构位于基因的启动子和临近区域,其次是基因间区域以及基因的内含子区域。富集分析显示,染色质开放性明显增加的区域所关联的基因涉及的生物学过程大多是与干扰素相关的信号通路和抗病毒反应。可视化相应的染色质区域,效应性干扰素诱导表达基因(interferon-stimulated gene,ISG)的启动子及转录起始位点区域在 IFNα刺激之后 ATAC-seq 信号强度明显增强;而调节性 ISG 在 IFNα刺激前即已具备一定程度的开放性,刺激之后开放性有所增强。开放性增强区域含有干扰素刺激反应元件以及干扰素调控因子等重要转录因子的识别基序。结论Ⅰ型干扰素刺激后,人单核细胞的染色质开放性发生了特征性改变,为下游的相关基因表达做出准备。

ColorMeter和VISIA-CR图像提取肤色的方法对比

目的:建立基于VISIA-CR图像提取中国人群面部肤色表型的方法,比较VISIA-CR图像提取的肤色参数与ColorMeter肤色仪测量值的一致性,为利用面部图像数据提取肤色表型建立参考方法。方法:基于机器学习模型自建算法自动批量提取VISIA-CR图像的肤色参数,并比较提取面积、位置和光源模式对结果的影响;随后利用256例健康人群面部VISIA-CR图像提取的肤色参数与ColorMeter肤色仪测量值进行了Pearson相关性分析。结果:VISIA-CR标准光和交叉偏振光两种模式下提取的肤色参数强相关(L^(*),R=0.86;a^(*),R=0.90;b^(*),R=0.85;P<0.05),相邻或对称位置下不同面积的肤色参数也强相关(R>0.82,P<0.05),提示光源模式、相邻或对称位置和测量面积对VISIA-CR图像提取结果的影响不大。VISIA-CR图像提取的肤色参数与ColorMeter测量值有相关性(P<0.05),其中交叉偏振光模式下,较大提取面积的肤色参数L^(*)值与仪器测量值强相关(R>0.73)。结论:该方法可从VISIA-CR图像中准确提取肤色参数且能较好解决肤色不均的测量偏差问题,交叉偏振光模式和较大提取面积下的肤色参数L^(*)值更接近ColorMeter仪器测量结果,推荐用于肤色表型的提取。

干细胞与免疫调节在心肌梗死治疗中的研究进展

缺血性心脏病引发的心肌梗死和继而发生发展的心力衰竭,是疾病致死的重要病因。干细胞疗法、免疫调节疗法作为心肌梗死防治的新策略展现了应用前景。抗体、干细胞等可作为免疫调节剂调节心梗后的炎症反应,起到保护心脏的作用。细胞疗法虽然可以调节心梗后免疫反应,但会激发宿主获得性免疫反应,所以细胞疗法的展开一般也需要配合免疫抑制剂使用。本文介绍了免疫调节疗法与细胞疗法的研究进展,针对梗死心肌的修复提出免疫调节与干细胞治疗结合的共同疗法,探讨缺血性心脏病防治的新思路。

BCLAF1蛋白的功能研究进展

Bcl-2相关转录因子(BCL2-associated transcription factor,BCLAF1)是一种多功能蛋白质,具有富含精氨酸-丝氨酸功能域(RS结构域)和DNA结合功能域,参与调控基因转录和转录后加工过程,是小鼠肺发育和免疫系统功能维持的重要因子。近年来围绕BCLAF1功能的研究层出不穷,发现其广泛影响多种细胞生物学过程如凋亡、增殖等,与人类癌症及其他疾病发生密切相关。本文总结了BCLAF1蛋白的研究进展,以期在全面理解BCLAF1功能的基础上,为克服肿瘤或相关疾病提供新思路。

利用ATAC-seq技术在人免疫细胞中检测染色质开放性的方法建立

基于转座酶和高通量测序的染色质分析技术(assay for transposase-accessible chromatin using sequencing,ATAC-seq)是近年来较为热门的一项用于检测染色质开放性的表观遗传组学技术。为确定适用于人原代免疫细胞的ATAC-seq实验方法,本研究探寻细胞裂解条件,发现0.1%NP-40能温和且较为彻底地裂解细胞。具体方法为使用Tn5转座酶切割染色质并连接测序接头,利用PCR扩增建库;运用2100Bioanalyzer毛细管电泳和统计分析文库中的DNA片段,得到片段呈周期性排布的ATAC-seq文库分布模式。使用一系列生物信息学工具确定文库质量,发现样本总比对率大于94%,线粒体基因组百分率低于38%,所得ATAC-seq信号在转录起始位点附近有明显富集,技术重复间可重复率约为80%。以上从多个维度表明实验及文库制备的整个过程质量良好,是较为理想的用于处理人原代免疫细胞的ATAC-seq实验方法。

人造冬眠:挑战体温极限

科幻小说中经常会出现这样的画面:宇航员躺进休眠舱,进入人造冬眠状态来度过漫长的太空旅行。而在现实中,也有许多科学家在破解人造冬眠的秘密,一旦成功,我们可能迎来医学和宇航技术领域中里程碑式的发明。