简立方格点自避行走所模拟的高分子链吸附和塌缩

采用复合Markov链法 ,针对简立方格点上的自避行走模型 ,研究了同时具有对壁的吸附作用ε1 和最近邻相互作用ε2 的高分子链的热力学性质 .相互作用能量参数ε1 和ε2 分别联系于参数α和 β .令链长N=10 0 ,由这种MonteCarlo方法可得出链的自由能FN(α ,β) ,热容2 FN(α ,β) /2 α和2 FN(α ,β) /2 β ,吸附点平均数〈m〉/N ,最近邻相互作用对平均数〈n〉/N和均方末端距对壁的垂直分量RZ2 .除已有方法由热容数据可绘出α β相图外 ,建议由结构参数〈m〉/N ,〈n〉/N和RZ2 绘制相图 ,并发现二者基本一致 .所得相图表明 ,存在 4个相区 ,分别是解吸 膨胀相 (DE) ,吸附 膨胀相 (AE) ,解吸 紧密相 (DC)和吸附 紧密相 (AC) .在伸展区和塌缩区 ,随着吸附作用的增强 ,会出现吸附相转变 .在解吸区和吸附区 ,随着自相互作用的增大 ,也将出现塌缩相转变 .相图出现了两个三相点 ,即AE AC DC三相点和AE DE

(α/β)_8桶状蛋白质中紧密接触对的统计性质研究

在计算蛋白质分子中的氨基酸紧密接触对时采用以氨基酸的重心代替Cα 原子的新方法 ,通过计算(α/β) 8桶状蛋白质中的中程和远程紧密接触对的数目 ,研究了不同氨基酸在形成紧密接触对时所具有的不同能力以及在蛋白质结构稳定性中所起的不同作用 .发现在 (α β) 8桶状蛋白质中氨基酸形成的远程紧密接触对数目与它的Fauchere Pliska疏水性实验数值 (FPH)存在着非常好的线性关系 ,而对于氨基酸所形成的中程紧密接触对数目不存在这种关系 .同时还研究了 (α β) 8桶状蛋白质分子大小 ,发现其回转半径大小与表示远程接触对数目的远程次序值LRO存在着关系 .表明这一类 (α β) 8桶状蛋白质具有相似的结构 ,分子的远程接触对数目越多 ,分子越紧密 ,分子尺寸就越小 .同时还研究了不同氨基酸之间形成紧密接触对的能力 .