SARS相关病毒(BJ01株)的全序列及其比较分析

严重急性呼吸综合征(SARS)是一种新发现的急性传染病。对一株已确认为SARS病原体的冠状病毒(BJ01)进行了全基因组序列测定,并与其他已知病毒进行了比较分析。该病毒基因组全长为29.725kb,含11个可读框(ORFs),由1个稳定区和1个可变区组成,其中稳定区编码RNA依赖性RNA聚合酶,包括两个ORFs;可变区含有4个蛋白质编码序列(CDSs),分别编码病毒的4个结构蛋白(S,E,M,N蛋白)。此外,可变区还包括5个非典型的预测蛋白(PUPs)。此病毒基因的排列顺序与其他已知的冠状病毒一致。通过与已知RNA病毒的序列比对,可以确认该病毒属于冠状病毒科(Coronaviridae)。与GenBank中已知的5个SARS相关病毒全基因组序列的比较分析显示,已在30个核苷酸位置上检出序列差异,总体突变率为0.1％,其中15个变异位点在编码区,可能会导致蛋白质的氨基酸改变(异义突变)。S蛋白中已发现3处可能引起该蛋白质物化特征变化的变异,而该蛋白质可能参与病毒与宿主间的免疫反应.与病毒包膜形成相关的M蛋白中则已发现两处氨基酸变化。进化分析表明,SARS病毒可能不是来源于人类,但没有证据证明是人为制造的。为了阐明SARS相关病毒的病因学以及排除其他可能的SARS病原体的存在,仍需进行更深入的研究。