高通量二代测序技术在病毒性肝癌HBV-DNA与宿主基因整合位点研究中的应用

目的运用高通量二代测序技术(NGS)捕获病毒性肝癌组织中乙型肝炎病毒(HBV)DNA与宿主基因整合位点,为临床疾病诊断治疗提供可靠的依据。方法采用高通量二代测序技术对5例原发性病毒性肝癌组织DNA进行全基因组测序,使用Burrows-Wheeler Aligner(BWA)和Picard-tools生物信息学软件,采用BWA-MEM比对方法进行数据处理和分析,从宿主基因组DNA序列中筛选出HBV基因的整合位点。结果5个样品共发现3513454个单核苷酸多态性(SNP)、838846个插入缺失标记(InDel)、平均1965个结构变异(SV)和3639个拷贝数变异(CNV),其中SNP 99.48%出现在dbSNP数据库里,95.26%在千人基因组计划的数据库中,新发现的SNP有17768个;InDel 93.80%出现在dbSNP数据库里,54.23%在千人基因组计划的数据库中,新发现的InDel有51307个;SV平均包括0个插入变异、690个缺失变异、257个倒位变异、762个染色体内易位变异和255个染色体间易位变异。结论HBV-DNA与宿主基因整合位点具有随机性,且插入的核苷酸片断大小不一,导致宿主肝细胞基因组发生突变、缺失和插入等结构变异而产生致癌作用。