HBV基本核心启动子和前C区变异的深度测序分析

目的利用Ion Torrent PGM深度测序技术,探讨乙型肝炎病毒e抗原（HBe Ag）阳性慢性乙型肝炎（CHB）患者乙型肝炎病毒（HBV）基本核心启动子和前C区突变特征。方法收集HBe Ag阳性CHB患者血清样本25例,提取HBV DNA,采用巢式PCR方法扩增HBV基本核心启动子和前C区片段,构建深度测序文库,基于Ion Torrent PGM平台深度测序,生物信息学分析突变位点及其突变率;构建HBV基本核心启动子和前C区突变型和野生型参考质粒,作为深度测序质控品。结果在25例HBe Ag阳性CHB患者HBV基本核心启动子和前C区检出流行率达20%的突变位点10个：G1746A、A1752G/T、T1753C/G、A1762T、G1764A、C1817G/A、T1825C/A、A1846T、G1896A、G1899A;G1746A和T1825C/A的流行率分别达92%和100%。突变位点在HBV B基因型和C基因型感染者的分布情况显示,A1752G/T和G1896A主要流行于B基因型感染者（63.6%vs 0.0%,χ^2=12.374、P=0.0007;72.7%vs 28.6%,χ^2=4.812、P=0.0472）,A1762T和G1764A主要流行于C基因型感染者（27.3%vs 78.6%,χ^2=6.579,P=0.0172）;C基因型感染者A1762T/G1764A突变率显著高于B基因型感染者,但差异无统计学意义（25.7%±28.4%vs 68.4%±42.7%,t=1.614、P=0.1326）。25例HBe Ag阳性CHB患者中,32.0%患者仅有A1762T/G1764A突变,24.0%患者仅有G1896A突变,24.0%患者同时携带A1762T/G1764A和G1896A突变。结论深度测序分析可用于定量检测HBV基本核心启动子和前C区突变,为HBV突变研究的临床应用提供了技术平台。