脂蛋白质组学研究进展

脂蛋白质组学(lipoproteomics)是一门应用蛋白质组学技术对脂蛋白(lipoprotein)进行全面、系统地分析和鉴定,进而了解脂蛋白的组成和功能以及与相关疾病发生、发展之间关系的新兴学科.近些年来,脂蛋白质组学研究促进了脂蛋白中蛋白质组分的急性期响应、补体激活、免疫响应、炎症响应、蛋白酶抑制等新功能的发现,显示了广阔的应用前景.本文对脂蛋白的功能和分类,以及目前应用于脂蛋白质组学研究的脂蛋白分离方法和蛋白质鉴定方法进行了简述,并综述了高密度脂蛋白、低密度脂蛋白和极低密度脂蛋白的脂蛋白质组学研究,及其在冠状动脉疾病、糖尿病、类风湿性关节炎等疾病研究的最新进展.

利用LC-MS深入分析大鼠肾小球蛋白质组学表达谱

肾小球是肾脏器官滤过的基本功能单位,大多数肾脏疾病都是由于肾小球的硬化或纤维化而最终导致肾功能不全.分析肾小球的病理生理过程,必须对其生理功能有明确的认识,但由于研究手段有限,目前仍缺乏对正常肾小球的蛋白质成分全景式的分析.因此,本研究用蛋白质谱的方法,对正常大鼠的肾小球进行了全面的分析.在本研究中,取成年SD大鼠的肾脏组织,并分离出高纯度的肾小球.利用多维蛋白鉴定技术对大鼠肾小球进行全面系统的蛋白质组学分析.当假阳性率低于0.1%时,共鉴定出肽段19062个,其中非重复肽段11249个,归属于3796个蛋白,其中含有2个以上肽段2741个蛋白.我们对这些蛋白进行了功能注释和分类,发现了26个与已报道的肾小球(内皮细胞、足细胞和系膜细胞)Marker蛋白一致;利用HomoloGene将我们得到的大鼠肾小球蛋白质组学数据与其他文献报道的人和小鼠肾蛋白质组学数据进行了比较,为深入了解肾小球正常结构和功能提供重要的分子依据,为进行肾小球疾病的诊断和致病机制的研究奠定基础.

凝集素法与酰肼法富集糖肽的方法学比较

蛋白质糖基化(glycosylation)是最常见和最重要的翻译后修饰之一.大规模N-连接糖基化位点鉴定是糖蛋白质组学研究的重要组成部分,而N-连接糖肽富集是高通量N-连接糖基化位点鉴定的关键步骤.凝集素富集法和酰肼化学法是目前被广泛应用的N-连接糖肽富集技术,有报道认为两种方法具有很强的互补性,联合使用能提高糖基化位点的鉴定数目.本文以Hep G2细胞系为模型,系统比较了这两种方法的富集效率和糖蛋白鉴定数目.结果表明,虽然酰肼法的糖肽富集效率为76.6%,远高于凝集素法的54.6%,但是凝集素法却能鉴定到825个糖蛋白和1 959个N-连接糖基化位点,显著多于酰肼法富集到的522个糖蛋白和1 014个糖基化位点.并且,两种方法并未显示出显著的互补性,仅28个糖蛋白和80个糖基化位点未在凝集素法中鉴定到.

整合素α6在不同转移潜能膀胱癌细胞中的定量差异表达分析

整合素是一类跨膜糖蛋白,能够与细胞外基质结合参与许多生物学过程,尤其是与癌细胞的增殖、迁移等密切相关.目前在研究膀胱癌的发生发展过程中,对整合素的关注较少.本研究利用稳定同位素标记技术(SILAC)蛋白质定量技术结合质谱分析技术,对3株不同转移潜能的膀胱癌细胞株中的蛋白质组差异表达进行研究,并通过蛋白质免疫印迹技术、实时荧光定量PCR、细胞免疫荧光照相和流式细胞术等多种技术进行验证.同时使用临床组织基因芯片结果对比分析表明,与正常膀胱表皮细胞HCV29相比,整合素α6在膀胱癌细胞中表达量均有明显的上升,且在非侵染性膀胱癌KK47细胞中的表达量最高,侵染性的膀胱癌YTS1细胞中表达量次之.这一结果说明整合素α6与膀胱癌的发展具有密切关系,并为深入研究整合素α6在膀胱癌发生发展中的作用提供了前期基础.