目的了解我国大陆手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)主要病原基因组的型间重组情况,分析柯萨奇病毒A组(coxsackievirus A,CVA)4型主要重组株的进化起源。方法收集Genbank中收录的2000—2012(含)年之间CVA2/4/5/6/8/10^(-3)/12...目的了解我国大陆手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)主要病原基因组的型间重组情况,分析柯萨奇病毒A组(coxsackievirus A,CVA)4型主要重组株的进化起源。方法收集Genbank中收录的2000—2012(含)年之间CVA2/4/5/6/8/10^(-3)/12/14/16型和肠道病毒A组71型(enterovirus 71,EV-A71)全基因组序列,应用RDP4和Simplot软件扫描重组事件;对CVA4的主要重组株,基于P3区基因开展进一步分析,应用BEAST.v1.10^(-3).4软件构建系统进化树,并进行系统地理发生分析。结果本研究关注的手足口病主要病原中,CVA2/4/6/8/14/16和EV-A71均筛选到重组株,这提示重组在肠道病毒A组中普遍存在,重组位点多位于5′-UTR、P2和P3区。CVA4主要重组株与EV-A71(JF799986)在P2区发生重组,发生重组的P3基因平均碱基替代速率(mean rate)为7.095×10^(-3)位点/年(95%HPD区间:5.458×10^(-3)~8.885×10^(-3)位点/年),最早共同祖先(the most recent common ancestor,tMRCA)可以追溯到1997.87年(95%HPD区间:1985.71—2005.23年)。结论我国大陆地区肠道病毒A组流行株均存在型间重组的现象,CVA4的C2亚型重组株可能为近年来我国大陆CVA4持续流行并引发手足口病的主要原因。本研究阐明CVA4重组株的起源进化及分子流行特征,为CVA4毒株监控和手足口病等相疾病防控工作的开展提供依据。展开更多
文摘目的了解我国大陆手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)主要病原基因组的型间重组情况,分析柯萨奇病毒A组(coxsackievirus A,CVA)4型主要重组株的进化起源。方法收集Genbank中收录的2000—2012(含)年之间CVA2/4/5/6/8/10^(-3)/12/14/16型和肠道病毒A组71型(enterovirus 71,EV-A71)全基因组序列,应用RDP4和Simplot软件扫描重组事件;对CVA4的主要重组株,基于P3区基因开展进一步分析,应用BEAST.v1.10^(-3).4软件构建系统进化树,并进行系统地理发生分析。结果本研究关注的手足口病主要病原中,CVA2/4/6/8/14/16和EV-A71均筛选到重组株,这提示重组在肠道病毒A组中普遍存在,重组位点多位于5′-UTR、P2和P3区。CVA4主要重组株与EV-A71(JF799986)在P2区发生重组,发生重组的P3基因平均碱基替代速率(mean rate)为7.095×10^(-3)位点/年(95%HPD区间:5.458×10^(-3)~8.885×10^(-3)位点/年),最早共同祖先(the most recent common ancestor,tMRCA)可以追溯到1997.87年(95%HPD区间:1985.71—2005.23年)。结论我国大陆地区肠道病毒A组流行株均存在型间重组的现象,CVA4的C2亚型重组株可能为近年来我国大陆CVA4持续流行并引发手足口病的主要原因。本研究阐明CVA4重组株的起源进化及分子流行特征,为CVA4毒株监控和手足口病等相疾病防控工作的开展提供依据。
