臭草二氯甲烷部位化学成分研究

为研究臭草(Ruta graveolens L.)地上部分的化学成分及其抗Epstein-Barr病毒(EBV)活性。本研究采用硅胶等柱色谱和制备液相色谱等手段对臭草地上部分的95%乙醇浸提物二氯甲烷萃取部位进行分离纯化,并根据理化性质和谱学数据对化合物结构进行鉴定,鉴定后化合物进行抗EBV活性测试。从臭草乙醇提取物二氯甲烷萃取部分离得到30个化合物,分别鉴定为山小柑碱(1)、2-羟基-3-异丙氧基-1,4-甲氧基-10-甲基吖啶酮(2)、芸香日酮(3)、1-羟基-3-甲氧基-N-甲基吖啶酮(4)、羟甲基吖啶酮环氧化物(5)、rutalinium(6)、(-)-日把里尼定(7)、ribalinium(8)、(+)-ribaline(9)、γ-fagarine(10)、香草木宁碱(11)、合帕洛平(12)、茵芋碱(13)、(-)-去乙酰基芸香苦素(14)、chalepensin(15)、(+)-芸香瑞亭(16)、花椒毒素(17)、补骨酯素(18)、佛手柑内酯(19)、7-preniloxicumarin(20)、异东莨菪素(21)、6-羟基香豆素(22)、东莨菪苷(23)、芸香灵(24)、芸香宁(25)、3-(3,4,5-三甲氧基苯基)-2-丙烯-1-醇(26)、moskachan D(27)、胡椒基丙酮(28)、芦丁(29)、1,3-disinapoyl-gentiobiose(30),其中化合物2、7、9、12、20、22、23、26、27、28、30为首次从该植物中获得。将30个化合物均测试其体外抗EBV活性,结果显示在30μmol/L浓度下,共有6个化合物抑制EB病毒裂解复制达到50%以上,其中化合物5、24,显示较好的抗EB病毒活性,IC 50分别为2.4μmol/L与4.8μmol/L,高于阳性对照组(右旋芸香苦素,IC 50=7.0μmol/L)。

双向长短期记忆循环网络模型预测小分子与受体共价结合

预测小分子与蛋白质的共价结合对基于共价结合的药物筛选十分重要。目前基于结构的虚拟筛选工具主要面向药物和靶标的非共价对接。本文在前期研究的基础上,用深度学习技术中的双向长短期记忆循环网络方法和自注意机制,根据实验数据,预测小分子与蛋白质的共价结合能力。蛋白质与小分子配体共价结合主要有半胱氨酸或丝氨酸结合类型。半胱氨酸共价结合类型的数据量较大,本文主要预测半胱氨酸类型的共价结合。与传统的机器学习模型,如随机森林,逻辑回归,支持向量机模型相比,该深度学习模型的预测能力有显著的改进。

黑面神乙酸乙酯部位化学成分研究

为研究黑面神(Breynia fruticosa)地上部分化学成分及其抗Epstein-Barr病毒(EBV)活性。本研究采用硅胶等柱色谱和制备液相色谱等手段对黑面神地上部分95%醇水提物乙酸乙酯萃取部位进行分离纯化,并根据理化性质和谱学数据对化合物结构进行鉴定,鉴定后化合物进行抗EBV活性测试。从黑面神95%乙醇提取物乙酸乙酯萃取部分离得到24个化合物,分别鉴定为(-)-丁香树脂酚(1)、(+)-表丁香脂素(2)、(+)-丁香树脂酚(3)、(+)-(8′R,8R,7′S)-南烛木树脂酚(4)、(+)-5-甲氧基-异落叶松树脂酚(5)、表南烛木树脂酚(6)、burselignan(7)、(-)-异落叶松树脂酚(8)、(-)-(7S,7′S,8R,8′R)-3,3′,5,5′-tetramethoxy-7,7′-epoxylignane-4,4′,9,9′-tetraol(9)、(7S,7′R,8S,8′S)-3,3′-dimethoxy-7,7′-epoxylignane-4,4′,9,9′-tetraol(10)、(+)-大木姜子素(11)、1,2-methylene-dioxy-4-methoxy-secopterocarpan(12)、2-[4-(3-hydroxy-propyl)-2-methoxyphenoxy]-propane-1,3-diol(13)、shepherdine(14)、4-甲氧基异虎耳草素(15)、5-甲氧基异虎耳草素(16)、马尼拉二醇(17)、olean-12-ene-3β,22β-diol(18)、taxaxerol(19)、曼陀罗萜二醇(20)、二氢菜子甾醇(21)、β-谷甾醇(22)、(E)-6-methoxyl-decylcaffeate(23)、(8E,10Z,15E)-7-hydroxyoctadeca-8,10,15-trieno-icacid(24),化合物除了1、3、4、8、22外均为首次从该植物中获得。将24个化合物均测试其体外抗EBV活性,结果显示在30μmol/L浓度下,共有2个化合物抑制EB病毒裂解复制达到50%以上,其中化合物12、14抑制EB病毒裂解复制IC_(50);分别为16.4μmol/L与5.7μmol/L。

以HA2为基础的流感病毒候选疫苗同时与H5N1、H1N1和H3N2亚型毒株产生交叉反应

【目的】探讨以流感病毒(IAV)血凝素蛋白茎部(HA2)保守表位为免疫原来诱导针对不同血清型流感病毒的广谱体液免疫应答。【方法】我们构建了一个重组的IAV疫苗IR30-Fd,由A/Viet Nam/1203/2004(H5N1)病毒株HA2的30个保守的氨基酸残基(IR30)和一个连在碳端的三聚体基序(foldon,Fd)组成。原核表达该蛋白,圆二色谱和Western Blot验证IR-30-Fd的室间结构之后,分别免疫BALB/c小鼠和新西兰白兔,并同时免疫IR30多肽为对照,制备血清抗体。然后应用ELISA和Western Blot方法检测抗体的滴度,应用细胞ELISA和Western Blot方法检测抗体与不同的IAV菌株HA2蛋白的交叉反应性。【结果】IR30-Fd能够形成具有α螺旋的三聚体空间结构。用IR30-Fd和IR30免疫BALB/c小鼠和新西兰白兔后获得了高效价的抗IR30的特异性抗体。鼠抗IR30-Fd抗体能与H3N2和H1N1的HA蛋白反应而鼠抗IR30抗体不能。鼠抗IR30-Fd抗体稀释6 400倍、兔抗IR30-Fd抗体稀释8.2×105倍均可以与H5N1的HA蛋白反应。细胞ELISA表明兔抗IR30-Fd抗体与天然状态下的H5N1和H3N2的HA蛋白的结合亲和力高于兔抗IR30抗体。【结论】本研究结果表明IR30-Fd蛋白能够模拟H5N1 HA2蛋白保守序列的天然三聚体结构,并且能够诱导产生针对H5N1 H1N1和H3N2亚型HA蛋白的广谱交叉反应抗体,为研制通用的流感病毒疫苗提供了结构基础。

化学基元组学与药物创新

化学基元组学(chemomics)是与化学信息学、生物信息学、合成化学等学科相关的交叉学科.生物系统从内源性小分子(天然砌块)出发,通过酶催化的化学反应序列制造天然产物.生物系统通过化学反应和天然砌块向目标天然产物"砌入"一组原子,这样的一组原子称为化学基元(chemoyl).化学基元组(chemome)是生物组织中所含有的化学基元的全体.化学基元组学研究各种化学基元的结构、组装与演化的基本规律.在生存压力和繁衍需求的驱动下,生物系统已经进化出有效手段来合成天然产物以应付环境的变化,并产生了丰富多彩的生物和化学多样性.近年来,人们意识到药物创新的瓶颈之一是药物筛选资源的日益枯竭.化学基元组学可以解决这个瓶颈问题,它通过揭示生物系统制备化学多样性的规律,发展仿生合成方法制备类天然化合物库(quasi natural product libraries)以供药物筛选.本文综述了化学基元组学的主要研究内容及其在药物创新各领域中的潜在应用.

黄苞大戟的化学成分研究

目的研究黄苞大戟Euphorbia sikkimensis地上部分的化学成分。方法采用多种色谱技术对黄苞大戟地上部分的醇提物进行分离纯化,并根据理化性质和谱学数据对化合物结构进行鉴定。结果从黄苞大戟95%乙醇提取物的醋酸乙酯萃取部分分离得到16个化合物,分别鉴定为9-epi-blumenol C(1)、blumenol A(2)、4-hydroxy-2,3-dimethyl-2-nonen-4-olide(3)、耳壳藻内脂(4)、硬骨霉素(5)、脱肠草素(6)、巨大戟醇(7)、樱花亭(8)、柚皮素(9)、木犀草素(10)、蒲公英萜酮(11)、黏霉酮(12)、叶绿醇(13)、9,12,15-亚麻油酸(14)、9,12-亚麻油酸(15)、α-棕榈精(16)。结论以上化合物除了9、14外均为首次从该植物中分离得到。