遗传进化分析在广东省一起HCV“暴发流行”事件中的应用

目的:通过对广东省一起丙型肝炎病毒(HCV)"暴发流行"事件进行遗传进化分析来了解此次事件的起源时间和传播源头。方法:首先对"暴发流行"事件调查中的192例血清样本作为研究组进行基因分型,得到2a亚型和6a亚型,选取相应基因亚型的对照组样本,采用生物信息学相关软件进行遗传进化分析,通过构建的时间尺度树推断此次HCV可能的起源时间及传播源头。结果:此次"暴发流行"事件的192例患者中,66例为2a亚型,119例为6a亚型,未发现其它的基因亚型。对2a亚型数据集以及6a数据集分别进行遗传进化分析提示两者都主要起源于2~5年前,均符合医源性感染的特点。结论:此次广东省HCV"暴发流行"事件中HCV主要基因型为2a和6a,主要起源于2~5年前,符合医源性传播特点,随着时间的延长积累了众多病例导致"暴发"。