为确定槭属樟叶槭叶绿体基因组密码子使用模式和原因,通过对樟叶槭叶绿体基因组中筛选的53条基因序列进行中性绘图、ENC-plot与PR2-plot等分析,确定樟叶槭叶绿体基因组密码子偏好性基本特征与其最佳密码子的构成,分析过程中主要使用Codo...为确定槭属樟叶槭叶绿体基因组密码子使用模式和原因,通过对樟叶槭叶绿体基因组中筛选的53条基因序列进行中性绘图、ENC-plot与PR2-plot等分析,确定樟叶槭叶绿体基因组密码子偏好性基本特征与其最佳密码子的构成,分析过程中主要使用Codon W 1.4.2、CUSP、R等软件。结果表明,共有28个密码子,且均以A或U结尾,说明樟叶槭叶绿体基因组密码子对A/U结尾偏好。密码子第1、2和3位上的GC平均含量分别为47.04%、39.56%与29.66%,GC平均含量为38.75%,ENC范围在37.60~57.16,其中ENC小于45的只有11个,表明樟叶槭叶绿体基因组密码子存在较弱的偏性。PR2-plot绘图分析显示多数位点偏离中心,落于右下方位置;最优密码子确定为UGU、CAA、GUU等15个最优密码子。该结果为槭属植物叶绿体基因组进化与转化体系中载体构建研究提供参考依据。展开更多
为确定槭属极小种群野生植物梓叶槭的基因组密码子使用模式和可能成因,以梓叶槭基因组中筛选的33034个编码基因为对象,利用Codon W 1.4.2、CUSP在线程序和R 4.1.1分别进行中性绘图、PR2-plot与ENC-plot分析,揭示梓叶槭基因组密码子使用...为确定槭属极小种群野生植物梓叶槭的基因组密码子使用模式和可能成因,以梓叶槭基因组中筛选的33034个编码基因为对象,利用Codon W 1.4.2、CUSP在线程序和R 4.1.1分别进行中性绘图、PR2-plot与ENC-plot分析,揭示梓叶槭基因组密码子使用偏好性及其影响因素,确定最优密码子。结果表明,1)梓叶槭基因组密码子GC含量在0.278~0.697,不同位置上的GC平均含量为GC_(1)(0.494)>GC_(3)(0.417)>GC_(2)(0.397),表明梓叶槭基因组密码子末位碱基偏好以A和U结尾;2)基因组中有效密码子数(ENC)在25.530~61.000,且大部分基因的ENC值>35,表明密码子偏好性较弱;3)PR2-plot与ENC-plot绘图分析结果显示,突变和选择等因素都在梓叶槭基因组密码子偏好性中起到了影响作用,但梓叶槭基因组受到突变压力的影响更大;4)最终确定UUU,UGU,CAA等29个密码子为梓叶槭基因组的最优密码子。研究结果为梓叶槭基因功能解析与后续利用基因工程技术改良槭属植物重要性状奠定了研究基础。展开更多
文摘为确定槭属樟叶槭叶绿体基因组密码子使用模式和原因,通过对樟叶槭叶绿体基因组中筛选的53条基因序列进行中性绘图、ENC-plot与PR2-plot等分析,确定樟叶槭叶绿体基因组密码子偏好性基本特征与其最佳密码子的构成,分析过程中主要使用Codon W 1.4.2、CUSP、R等软件。结果表明,共有28个密码子,且均以A或U结尾,说明樟叶槭叶绿体基因组密码子对A/U结尾偏好。密码子第1、2和3位上的GC平均含量分别为47.04%、39.56%与29.66%,GC平均含量为38.75%,ENC范围在37.60~57.16,其中ENC小于45的只有11个,表明樟叶槭叶绿体基因组密码子存在较弱的偏性。PR2-plot绘图分析显示多数位点偏离中心,落于右下方位置;最优密码子确定为UGU、CAA、GUU等15个最优密码子。该结果为槭属植物叶绿体基因组进化与转化体系中载体构建研究提供参考依据。
文摘为确定槭属极小种群野生植物梓叶槭的基因组密码子使用模式和可能成因,以梓叶槭基因组中筛选的33034个编码基因为对象,利用Codon W 1.4.2、CUSP在线程序和R 4.1.1分别进行中性绘图、PR2-plot与ENC-plot分析,揭示梓叶槭基因组密码子使用偏好性及其影响因素,确定最优密码子。结果表明,1)梓叶槭基因组密码子GC含量在0.278~0.697,不同位置上的GC平均含量为GC_(1)(0.494)>GC_(3)(0.417)>GC_(2)(0.397),表明梓叶槭基因组密码子末位碱基偏好以A和U结尾;2)基因组中有效密码子数(ENC)在25.530~61.000,且大部分基因的ENC值>35,表明密码子偏好性较弱;3)PR2-plot与ENC-plot绘图分析结果显示,突变和选择等因素都在梓叶槭基因组密码子偏好性中起到了影响作用,但梓叶槭基因组受到突变压力的影响更大;4)最终确定UUU,UGU,CAA等29个密码子为梓叶槭基因组的最优密码子。研究结果为梓叶槭基因功能解析与后续利用基因工程技术改良槭属植物重要性状奠定了研究基础。