新疆地区人类免疫缺陷病毒-1感染者CRF07-BC流行毒株gag基因遗传特性

目的分析新疆地区HIV-1感染者中流行的单-亚型CRF07-BC毒株的gag基因遗传特性。方法对35例CRF07-BC亚型的HIV-1感染者分别于2011年9月（T1时间点）、2012年5月（T2时间点）、2013年2月（T3时间点）和2013年10月（T4时间点）4个时间点采集全血标本。为排除不同程度免疫功能对HIV-1基因变异的影响，使用流式细胞仪进行CD4＋T淋巴细胞计数，并按照CD4’T淋巴细胞〈200／pL（重度免疫抑制）、200～500／pL（中度免疫抑制）和〉500／pL（无免疫抑制）分为不同免疫功能的3组。抽提标本RNA，套式PCR扩增gag基因片段，最终将3组研究对象得到的4次序列进行基因离散率和进化树分析，并使用BEAST软件估算该地区CRF07-BC流行毒株的最近共同祖先株形成时间和平均进化速率。为排除HARRT对HIV-1基因变异影响，对HARRT组和非HARRT组进行基因离散率分析。结果3组不同免疫功能的研究对象均呈现出在T1、T2、T3、T4时间点的组内和组间基因离散率依次升高的趋势。HARRT组和非HARRT组也均呈现出在T1、T2、T3、T4时间点的组内和组间基因离散率依次升高的趋势。进化树分析显示，同一样本的几次序列在进化树上聚集成一簇，大部分毒株均在T4时间点上独立分出一支；其最近共同祖先株形成时间为10．9年E95％最高后验密度（HPD）：2．O～22．2年]，平均进化速率为1．34×10。替换·位点-1·年-1（95％HPD：5．16×10-4-2．23×10。替换·位点-1·年-1）。结论新疆地区HIV-1感染者CRF07-BC亚型毒株会随着在一个地区流行时间的延长，加大该地区同一亚型内的基因离散率；CRF07-BC单-亚型内病毒株的gag基因进化速率相对文献报道的略慢。