药用石斛及其混伪品的DNA条形码分子鉴定

【目的】筛选合适的DNA条形码序列并建立高效准确鉴定药用石斛(Dendrobium)的方法。【方法】以12种药用石斛的82个样品为材料,提取样品总DNA,对核基因片段ITS和ITS2、叶绿体基因片段psbA-trnH和matK序列进行扩增和测序;利用生物信息学软件进行序列特征、DNA条形码序列间隔(barcoding gap)和系统发育分析。【结果】4条序列扩增成功率均为100%,其中ITS和ITS2测序成功率最高,均为97.6%,其次是matK为96.3%,psbA-trnH为95.1%;ITS和ITS2序列与其他序列相比,种内和种间存在重叠的部分较少,具有条形码序列间隔。系统发育树表明:ITS和ITS2序列能够成功区分12种药用石斛及混伪品,psbA-trnH序列未能把叠鞘石斛(D.aurantiacum Rchb.f.var.denneanum)、双斑叠鞘石斛(D.aurantiacum Rchb.f.var.zhaojuense)和流苏石斛(D.fimbriatum)以及混伪品全部区分开,matK序列未能把叠鞘石斛和流苏石斛区分开;4条序列联合构建的系统发育树与ITS和ITS2单序列构建的系统发育树相似。【结论】以ITS和ITS2序列为主,psbA-trnH和matK序列为辅的DNA条形码鉴定方法能够对药用石斛及其混伪品进行快速准确的鉴定。