三七连作田根腐病复合症综合治理措施与效果

以土壤熏蒸剂、枯草芽孢杆菌、选择性杀菌剂复配剂处理种苗和根围土壤为主要方法，对连作田三七根腐病复合症进行了综合治理试验。结果表明：（1）大扫灭（98％含量，30～40g/m^2剂量）、钾-威百（35％含量，40-60g／m^2剂量）和氰氨化钙（60-90g／m^2剂量）对三七连茬病土进行熏蒸处理后，真菌、杂草、细菌和线虫灭生效果达90％-99％，1年生与2年生三七成苗率显著提高，生长季前期3个月内根腐病复合症发病率明显降低，其中大扫灭灭生效果突出。（2）土壤熏蒸后，用G3菌剂（枯草芽孢杆菌）与单杀菌剂农利灵、噻菌灵和扑海因组合播前拌种和移苗前沾根处理，其中以菌剂与农利灵组合最好，噻菌灵和扑海因组合次之。枯草芽孢杆菌G3菌剂（2×10^10／cfu／g用量3kg／100m^2）单独施用，在田间温度低于15℃条件下无明显防效。（3）熏蒸＋G3＋化学杀菌剂复配剂1或2播种前拌种和移栽前沾根处理组合试验防效最好。

人管家基因启动子序列中的组合转录调控元件分析

研究表明,第一内含子可能参与基因转录调控.利用统计方法提取人管家基因上游至第一内含子序列中潜在的组合转录调控模体,分析模体间的距离、区域分布等特征,探讨内含子参与基因转录调控的可能性及其参与方式.在管家基因中共获得960对潜在转录调控模体对,其中57%与实验已知的具有转录相互作用的因子对吻合,共涉及12组因子对.分析发现,绝大多数模体对(>80%)偏向于上游区域及"上游-内含子"区域,进一步支持了内含子参与基因转录调控的假设,并据此推测内含子与上游序列之间具有转录协同作用,模体在基因转录起始位点(TSS)附近较为集中,模体对的两个模体之间距离较近,60%左右距离在200 bp以内,特别地,65%的模体对特征距离在100 bp以内,短距离间隔有利于转录因子间的协同作用.这些结果将有助于对人基因转录调控机制及内含子功能的深入认识.

人与小鼠核糖体蛋白基因内含子中的转录调控位点分析

前期对酵母和果蝇核糖体蛋白(Ribosomal protein,RP)基因内含子序列中的寡核苷酸分析表明,内含子中含有潜在的转录因子结合位点。为进一步发掘核糖体蛋白基因内含子参与转录调控的证据,文章首先基于频率分析方法抽提出人和小鼠核糖体蛋白基因第一内含子中高频(Over-represented)出现的寡核苷酸片段(亦称模体,Motif),这些寡核苷酸中超过85%与已知的转录因子结合位点吻合,是潜在的转录调控元件。对抽提出的寡核苷酸进行碱基组成分析,发现95%以上的寡核苷酸富含碱基C和G,而较少富含A和T。从寡核苷酸在内含子中的分布情况看,它们相对靠近第一内含子的5′端,即距离基因转录起始位点和上游区域较近。推测这些特征可能与基因转录调控有关。

小鼠基因内含子中CpG岛和几个转录调控元件分析

内含子在基因转录调控中的作用已多次被实验报道,然而对其参与调控的普遍性还缺乏足够的理论支持。本研究利用计算分析方法,对小鼠基因内含子中的CpG岛(CpGisland)、TATA框(TATAbox)、CAAT框(CAATbox)以及GC框(GCbox)等元件的出现频率进行分析。结果发现,分别有56.01%、57.16%、65.88%和41.86%的第一内含子具有CpG岛、TATA框、CAAT框以及GC框,而它们在其它内含子中的平均出现频率则分别为14.07%、45.24%、49.91%和13.19%。即使考虑到不同位置的内含子,这些元件在第一内含子中的出现频率也显著高于它们在其它任何位置内含子中的出现频率。由于CpG岛、TATA框、CAAT框以及GC框均与基因的转录调控有关,据此推测小鼠第一内含子在基因转录调控过程中具有潜在的重要性。本研究结果为内含子参与转录调控提供了更多的理论依据。

人核糖体蛋白基因启动子区域的转录调控元件分析(英文)

一些调控人核糖体蛋白(ribosomal protein,RP)基因转录的元件(如Sp1、YY1和GABP结合位点)已被发现,但人RP基因中很可能含有未知转录调控元件.为进一步了解RP基因的转录调控规律,利用频率比较分析方法和Z-score统计量,在人RP基因启动子序列中抽提出一批高频出现(over-represented)的DNA词(亦称模体).其中大部分模体与TRANSFAC数据库中收集的人基因转录因子结合位点(transcriptional factor binding sites,TFBSs)吻合.分析表明,这些模体主要富含碱基C、G或CG与AT含量相当.考察模体与基因转录起始位点(transcription start sites,TSS)的距离发现:超过60%的模体与TSS距离在400 bp以内,只有不到10%的模体与TSS距离900 bp以上.我们推测,抽提到的模体可能与人RP基因的转录调控有关.这些结果为进一步研究哺乳动物RP基因中的转录调控模式和构建基因调控网络具有理论指导意义.

酵母核糖体蛋白基因组合转录调控位点统计分析

真核基因的转录调控是后基因组时代研究的主要问题之一,其基础是认识DNA上转录因子结合位点(模体)及分布状况。基于马尔可夫链模型对酵母核糖体蛋白基因上游启动子序列中模体出现次数进行统计,利用Z-score统计量抽提出过表达和低表达的模体,其中95%的模体与实验得到的转录因子结合位点相符合。然后将抽提出的模体两两配对,通过与背景序列比较,找出酵母核糖体蛋白基因中出现概率及距离分布均具有统计显著性的模体对,这些非随机出现的模体对具有潜在的组合转录调控功能,其中一些模体对的组合调控作用已有实验支持。对提取出的模体对在序列中的位置分布进行分析,发现近94%的模体对位于转录起始位点上游,超过半数的模体对两模体之间的最短距离在0～100bp之间,距离小于30bp的模体对接近30%,这样的短距离间隔有利于两模体的相同作用。这些结果将有助于对酵母核糖体蛋白基因转录调控机制的深入认识。

川金丝猴群体的微卫星多态性研究

前人在对川金丝猴(Rhinopithecus roxellana)群体的44个核基因座位的蛋白质电泳的研究中未检出多态,从而造成对其核基因组的遗传多态性水平仍然知之甚少.为了获取足够的信息并进一步研究川金丝猴在核基因水平上的遗传多样性,本研究检测了来自于3个川金丝猴主要栖息地的32个样本的14个微卫星座位.同预期的一样,在这些微卫星座位上检测到了多态.所有地方群体的平均杂合度均大于0.5.3个地方群体间存在着显著的分化,其中秦岭和神农架群体之间的基因流最弱.岷山群体和秦岭群体在近期可能均经历了瓶颈效应.对地方群体间有效群体大小比率的估计和群体大小比率的野外观测值非常接近.通过比较线粒体数据,推测川金丝猴的社群结构对其群体的遗传结构有着重要的影响.结果表明,川金丝猴的遗传多样性水平并不高于其他的濒危动物,因此仍然需要采取有效的遗传保护措施.

小鼠核糖体蛋白基因中的组合转录调控元件分析

研究表明,第一内含子可能参与基因转录调控。利用Markov链方法在小鼠核糖体蛋白(ribosomal protein)基因上游至第一内含子序列中抽提出一批高频出现模体(over-represented motifs),这些模体大部分与TRANSFAC中收集的小鼠基因转录因子结合位点吻合,是潜在的调控元件。将这些模体两两组合,利用超几何分布(hypergeometric distribution)和曼-惠特尼U检验(Mann-Whitney U test)获得了133对潜在转录调控模体对,其中一些与已知具有相互作用的转录因子对吻合,且大部分为协同作用。对抽提的模体对在不同区域中的出现情况进行分析,发现模体对主要出现在"上游-上游"(95.5%)和"上游-内含子"(57.9%)区域。结果进一步支持了内含子参与转录调控的假设,并且推测上游与内含子之间具有转录协同作用。