采用径级结构代替年龄结构以及方差均值比率法对木兰科(Magnoliaceae)木莲属(Manglietia Bl.)濒危植物大果木莲(Manglietia grandis Hu et Cheng)种群的年龄结构和种群格局进行了研究,并编制了大果木莲种群的特定时间生命表和存活曲线;...采用径级结构代替年龄结构以及方差均值比率法对木兰科(Magnoliaceae)木莲属(Manglietia Bl.)濒危植物大果木莲(Manglietia grandis Hu et Cheng)种群的年龄结构和种群格局进行了研究,并编制了大果木莲种群的特定时间生命表和存活曲线;结合生殖生物学特征以及遗传多样性研究结果,分析了导致大果木莲濒危的主要原因。根据株高和胸径可分别将大果木莲种群的年龄结构分为5级、高度结构分为6级;在大果木莲的5个年龄结构分级中,成年个体较多,幼年个体较少;其高度结构完整,个体高度主要在20 m以下。种群的方差均值比率为0.838 3,其空间分布格局属于随机分布。根据特定时间生命表可将大果木莲种群的发育分为3个阶段:幼树阶段(年龄级为Ⅱ~Ⅲ级)、成树阶段(年龄级为Ⅲ~Ⅳ级)、老树阶段(年龄级为Ⅳ~Ⅴ级),其中成树阶段个体死亡率最低。大果木莲种群存活曲线接近DeeveyⅠ型,属于衰退型种群。种群自我更新能力差、种子生产力低下、有性生殖困难、生境片断化导致的基因流受限以及人为干扰是大果木莲濒危的主要原因。针对大果木莲濒危现状和致危原因,提出了相应的保护对策和建议。展开更多
【目的】揭示三江并流区金沙江流域云南核桃种质资源的遗传多样性及分布特征,为该区域核桃资源的合理开发利用及科学保护提供参考依据。【方法】沿金沙江流域采集153份云南核桃资源,根据乡(镇)行政区划及资源分布情况将其划分成5个群体...【目的】揭示三江并流区金沙江流域云南核桃种质资源的遗传多样性及分布特征,为该区域核桃资源的合理开发利用及科学保护提供参考依据。【方法】沿金沙江流域采集153份云南核桃资源,根据乡(镇)行政区划及资源分布情况将其划分成5个群体(YL、DQ、QZ、PTG和YC),采用微卫星(SSR)分子标记进行等位片段检测;运用GenAIEx6.5计算等位片段数,并以POPGENE version 1.32分析群体的遗传多样性。【结果】19对SSR引物共检测到130个等位片段,各片段在153份样本中的出现频率各不相同,其中片段A122出现的频率最高,达0.8301;有14个片段频率最低(稀有等位片段),仅0.0033。5个群体等位片段数量占总数的比例在70.70%~85.38%,Nei’基因多样性指数(H)平均为0.6046,Shannon’s信息指数(I)平均为1.1709,期望杂合度(He)平均为0.6165。5个群体遗传多样性的分布排序依次为QZ>YL>PTG>YC>TD。其中,TD群体高频率等位片段频率达0.9062,稀有等位片段占总稀有等位片段的比例为21.43%;PTG群体稀有等位片段占总稀有等位片段的比例达42.86%。【结论】三江并流区金沙江流域云南核桃种质资源的遗传多样性属于中等水平,应采取积极措施进行保护和利用,尤其应加强对野生核桃资源的保护和利用。开展品种选育及种质资源保护工作时,在选择遗传多样性高的群体基础上,应结合表型性状及稀有等位片段频率的分布特征,侧重于群体内单株的选择。展开更多
【目的】分析油麦吊云杉cpDNA的特征和密码子偏好性,为云杉属植物叶绿体基因组学提供研究依据。【方法】通过Ilumina HiSeq测序平台对油麦吊云杉cpDNA进行测序,并利用Codon W 1.4.2和CUSP软件对其密码子偏性进行分析。【结果】油麦吊云...【目的】分析油麦吊云杉cpDNA的特征和密码子偏好性,为云杉属植物叶绿体基因组学提供研究依据。【方法】通过Ilumina HiSeq测序平台对油麦吊云杉cpDNA进行测序,并利用Codon W 1.4.2和CUSP软件对其密码子偏性进行分析。【结果】油麦吊云杉cpDNA是一个全长为124161 bp的环状DNA分子,与典型的具有保守的四分体cpDNA结构不同,油麦吊云杉cpDNA中存在反向重复区域的丢失,其cpDNA的GC含量为38.7%。油麦吊云杉cpDNA包含113个基因,其中蛋白质编码基因76个,核糖体RNA基因4个,转运RNA基因33个,系统发育分析显示,油麦吊云杉和西加云杉聚为一个独特的分支,油麦吊云杉cpDNA密码子不同位置上的GC含量从低到高依次是GC_(3)(49.39%)45的占86%,表明其密码子的偏性较弱;GC_(12)和GC_(3)的相关性不显著(r=0.1664,b=-0.1577);ENC频数比值分布在-0.05~0.05的基因频率占比57%,说明油麦吊云杉叶绿体基因组CUB受选择影响的同时也受到其他因素影响;油麦吊云杉cpDNA中大部分基因分布在PR2平面图的右下方,即T>A、G>C,说明在油麦吊云杉绿体基因组密码子的偏好性受选择、突变等因素的影响。最终UCU、AAA、GGU、GCA、GUU、UGU、UCC、CAU、GCU、CGU、GAA和AUU等12个密码子被确定为油麦吊云杉绿体基因组的最优密码子。【结论】油麦吊云杉cpDNA密码子偏好使用A或U结尾的密码子,选择和突变是其CUB的主要影响因素。展开更多
文摘采用径级结构代替年龄结构以及方差均值比率法对木兰科(Magnoliaceae)木莲属(Manglietia Bl.)濒危植物大果木莲(Manglietia grandis Hu et Cheng)种群的年龄结构和种群格局进行了研究,并编制了大果木莲种群的特定时间生命表和存活曲线;结合生殖生物学特征以及遗传多样性研究结果,分析了导致大果木莲濒危的主要原因。根据株高和胸径可分别将大果木莲种群的年龄结构分为5级、高度结构分为6级;在大果木莲的5个年龄结构分级中,成年个体较多,幼年个体较少;其高度结构完整,个体高度主要在20 m以下。种群的方差均值比率为0.838 3,其空间分布格局属于随机分布。根据特定时间生命表可将大果木莲种群的发育分为3个阶段:幼树阶段(年龄级为Ⅱ~Ⅲ级)、成树阶段(年龄级为Ⅲ~Ⅳ级)、老树阶段(年龄级为Ⅳ~Ⅴ级),其中成树阶段个体死亡率最低。大果木莲种群存活曲线接近DeeveyⅠ型,属于衰退型种群。种群自我更新能力差、种子生产力低下、有性生殖困难、生境片断化导致的基因流受限以及人为干扰是大果木莲濒危的主要原因。针对大果木莲濒危现状和致危原因,提出了相应的保护对策和建议。
文摘【目的】揭示三江并流区金沙江流域云南核桃种质资源的遗传多样性及分布特征,为该区域核桃资源的合理开发利用及科学保护提供参考依据。【方法】沿金沙江流域采集153份云南核桃资源,根据乡(镇)行政区划及资源分布情况将其划分成5个群体(YL、DQ、QZ、PTG和YC),采用微卫星(SSR)分子标记进行等位片段检测;运用GenAIEx6.5计算等位片段数,并以POPGENE version 1.32分析群体的遗传多样性。【结果】19对SSR引物共检测到130个等位片段,各片段在153份样本中的出现频率各不相同,其中片段A122出现的频率最高,达0.8301;有14个片段频率最低(稀有等位片段),仅0.0033。5个群体等位片段数量占总数的比例在70.70%~85.38%,Nei’基因多样性指数(H)平均为0.6046,Shannon’s信息指数(I)平均为1.1709,期望杂合度(He)平均为0.6165。5个群体遗传多样性的分布排序依次为QZ>YL>PTG>YC>TD。其中,TD群体高频率等位片段频率达0.9062,稀有等位片段占总稀有等位片段的比例为21.43%;PTG群体稀有等位片段占总稀有等位片段的比例达42.86%。【结论】三江并流区金沙江流域云南核桃种质资源的遗传多样性属于中等水平,应采取积极措施进行保护和利用,尤其应加强对野生核桃资源的保护和利用。开展品种选育及种质资源保护工作时,在选择遗传多样性高的群体基础上,应结合表型性状及稀有等位片段频率的分布特征,侧重于群体内单株的选择。
文摘【目的】分析油麦吊云杉cpDNA的特征和密码子偏好性,为云杉属植物叶绿体基因组学提供研究依据。【方法】通过Ilumina HiSeq测序平台对油麦吊云杉cpDNA进行测序,并利用Codon W 1.4.2和CUSP软件对其密码子偏性进行分析。【结果】油麦吊云杉cpDNA是一个全长为124161 bp的环状DNA分子,与典型的具有保守的四分体cpDNA结构不同,油麦吊云杉cpDNA中存在反向重复区域的丢失,其cpDNA的GC含量为38.7%。油麦吊云杉cpDNA包含113个基因,其中蛋白质编码基因76个,核糖体RNA基因4个,转运RNA基因33个,系统发育分析显示,油麦吊云杉和西加云杉聚为一个独特的分支,油麦吊云杉cpDNA密码子不同位置上的GC含量从低到高依次是GC_(3)(49.39%)45的占86%,表明其密码子的偏性较弱;GC_(12)和GC_(3)的相关性不显著(r=0.1664,b=-0.1577);ENC频数比值分布在-0.05~0.05的基因频率占比57%,说明油麦吊云杉叶绿体基因组CUB受选择影响的同时也受到其他因素影响;油麦吊云杉cpDNA中大部分基因分布在PR2平面图的右下方,即T>A、G>C,说明在油麦吊云杉绿体基因组密码子的偏好性受选择、突变等因素的影响。最终UCU、AAA、GGU、GCA、GUU、UGU、UCC、CAU、GCU、CGU、GAA和AUU等12个密码子被确定为油麦吊云杉绿体基因组的最优密码子。【结论】油麦吊云杉cpDNA密码子偏好使用A或U结尾的密码子,选择和突变是其CUB的主要影响因素。
基金This work was supported by the Special Foundation for the National Science and Technology Basic Research Program of China(Grant No.SQ2021FY010017)the National Wild Seed Resource Center(Grant No.ZWGX1809).