云南省艾滋病主要流行地区人类免疫缺陷病毒1型毒株 gag基因的变异特征

目的调查云南省4个艾滋病主要流行地区人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus type 1, HIV-1)毒株gag基因序列的变异特征。方法利用完全随机抽样法抽取2019年1月至2020年12月云南省昆明市、德宏傣族景颇族自治州、红河哈尼族彝族自治州和临沧市抗病毒治疗定点机构进行随访治疗的480例人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus, HIV)感染/艾滋病患者, 收集其流行病学信息, 采集血浆标本后送至云南省传染病医院进行分析, 采用巢式聚合酶链反应扩增HIV-1gag基因, 并进行基因分型, 采用MEGA 6.06软件构建系统进化树, 采用VESPA在线分析工具分析特征性氨基酸, 采用Distance程序计算gag, 以及gag蛋白不同区段的基质蛋白p17、衣壳蛋白p24、核衣壳蛋白p7及p6蛋白的基因距离。采用SNAP程序分析同义突变频率与非同义突变频率比值(Ks/Ka值)。多组间统计学比较采用方差分析。结果 404例患者成功获得gag基因序列, 其中以男性居多(250例, 61.9%), 年龄为40~59岁者占59.7%(241/404), 传播途径主要为异性性传播(61.4%, 248/404)。主要流行的HIV-1亚型依次为流行重组型(circulating recombinant form, CRF)08C 155例(38.4%), CRF01E 74例(18.3%), 独特重组型(unique rebombinant form, URF)52例(12.9%)、CRF07C 39例(9.7%), C亚型34例(8.4%), 其他亚型28例(6.9%), B亚型22例(5.4%)。构建系统进化树发现, CRF08C亚型形成了2个主要传播簇, 2个传播簇间共有8个位点的特征性氨基酸分布存在显著差异, 分别为第79、93、121、122、151、363、395和396位点。CRF01E、CRF07C和CRF08C的gag基因距离分别为0.090±0.004、0.088±0.004和0.078±0.002, 差异有统计学意义(F=118.33, P<0.001)。3种主要亚型中, gag区段的Ks/Ka值分别为4.003±1.309、4.141±0.860和4.514±1.215, 差异有统计学意义(F=1.35, P<0.001);p17区段的Ks/Ka值分别为2.590±0.186、2.831±0.496和2.936±0.475, 差异有统计学意义(F=1.59, P<0.001);p24区段的Ks/Ka值分别为12.579±1.116、10.185±0.494和8.522±0.595, 差异有统计学意义(F=1.61, P<0.001);p7区段的Ks/Ka值分别为10.850±0.711、9.717±0.932和8.522±0.026, 差异有统计学意义(F=4.24, P<0.001);p6区段的Ks/Ka值分别为3.122±0.134、3.040±1.498和4.841±0.353, 差异有统计学意义(F=10.68, P<0.001)。结论云南省4个地区中主要流行的亚型为CRF08C亚型, CRF08C的不同传播簇形成了不同的氨基酸组成模式, 不同亚型gag基因不同区段的变异程度不同, 应加强对HIV变异毒株的监测, 控制其流行蔓延。

2012—2021年我院大肠埃希菌临床样本分布及耐药性分析

目的 探讨我院近10年来大肠埃希菌的临床样本分布及耐药性情况,为临床合理用药提供依据。方法 采用VITEK细菌鉴定及药敏分析仪对2012年1月至2021年12月期间云南省传染病医院临床送检的4 201份微生物样本进行细菌分离鉴定和药敏试验,同时检测超广谱β-内酰胺酶,并结合相关临床信息进行统计分析。结果 共检出大肠埃希菌757株,其中来自艾滋病患者595株占78.60%,来自非艾滋病患者162株占21.40%。样本类型以尿液为主占41.08%。在10年间,大肠埃希菌的检出率在12.85%至22.55%之间波动。10年内,产超广谱β内酰胺酶(ESBLs)的大肠埃希菌平均检出率为61.16%,检出率在51.95%至67.50%之间波动,总体趋于稳定。药敏结果显示:大肠埃希菌对氨苄西林耐药率>90%,对阿米卡星和三种碳青霉烯类的耐药率<5%,对呋喃妥因、哌拉西林/他唑巴坦耐药率<20%。产ESBLs的大肠埃希菌与非产ESBLs的大肠埃希菌相比,除阿米卡星、美罗培南、四环素、亚胺培南、呋喃妥因耐药性比较差异均无统计学意义(P>0.05)外,产ESBLs的大肠埃希菌对其余抗微生物药物耐药性比较差异均有统计学意义(P<0.05)。且产ESBLs的菌株对青霉素类中的氨苄西林和哌拉西林的耐药率为100%,对三代头孢菌素的耐药率均大于90%。结论 大肠埃希菌在我院10年间的检出率趋于稳定,产ESBLs的大肠埃希菌耐药形势严峻。

云南省一株CRF01_AE/B/C独特重组毒株近全长基因序列分析

目的分析云南省新发现的1个HIV-1独特型重组毒株的基因结构和重组特点。方法在云南省2016年HIV基因型耐药检测样本中,发现1例患者体内HIV-1毒株pol区存在重组片段,运用RT-PCR的方法分两段扩增病毒近全长基因组并测定序列。使用RIP、jpHMM和SimPlot3.5软件进行重组分析,同时采用MEGA6.06软件共同构建Neighbor-joining系统进化树对该毒株的同源关系进行分析。结果共获得长度为8 590 bp的HIV-1近全长基因序列,断点分析表明该序列由CRF01_AE、B和C亚型片段组成,其中CRF01_AE作为骨架,插入B和C亚型片段,对应HIV-1 HXB2的位置分别是791~1 171为CRF01_AE,1 172~2 652为C,2 653~2 977为B,2 978~9 380为CRF01_AE。结论云南省近年来发现了部分由CRF01_AE、B和C亚型交叉重组形成的新型毒株,而本研究发现的这个毒株重组模式复杂,提示我们应密切监测流行趋势变化,这对于了解当前HIV-1流行情况和变化趋势具有重要意义。

云南省41对HIV-1双阳性夫妻的人口学及蛋白印迹带型特征分析

目的分析云南省艾滋病病毒(HIV)双阳性夫妻的人口学资料及蛋白印迹试验(western blot,WB)带型结果,了解其特征,为艾滋病在夫妻间传播的防治策略提供科学依据。方法收集云南省传染病医院2014-2016年HIV-1抗体检测阳性患者的样本和临床资料及配偶信息登记表,对双阳性夫妻的WB带型分布情况进行分析。结果41对HIV-1抗体阳性的夫妻,其中汉族占71.95%,其他少数民族占28.05%;年龄以≥51岁为主,占39.02%;其职业主要为农民(34.14%)和无业人员(29.27%)为主;传播途径以异性传播为主(67.07%);夫妻双方同1天被检测出占75.61%,间隔为1~2月、3~6月分别为19.51%和4.88%。各种条带在不同年龄及不同性别的条带检出差异无统计学意义(P>0.05);不同基因亚型中带型分布差异也无统计学意义,但从统计结果中可以看出gp41、P51、P55和P39在CRF01_AE亚型中阳性率最低,P55和P39在CRF07_BC亚型中阳性率最高,均为100.00%。结论云南省HIV-1双阳性夫妻以汉族、低文化水平和≥51岁人群为主。为减少HIV病毒在夫妻间传播,应加强宣传教育和行为干预,加大监测、检测,以减少HIV在夫妻同性传播。