基于细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因探讨云南省家鼠鼠疫疫源地黄胸鼠的遗传特性

目的对云南省家鼠鼠疫疫源地的黄胸鼠细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因的序列进行分析,探讨云南省不同地理种群黄胸鼠的遗传特性。方法2016-2019年对在大理白族自治州(大理州)、保山市、德宏傣族景颇族自治州(德宏州)、临沧市、玉溪市、文山壮族苗族自治州(文山州)和西双版纳傣族自治州(西双版纳州)7个地区捕获的黄胸鼠408份肝、脾标本进行基因组DNA提取。应用PCR技术扩增COⅠ基因,通过生物信息学分析软件开展COⅠ基因序列的核苷酸、单倍型分析,采用邻接法构建分子系统发育树,并作群体分子方差分析(AMOVA)、基因流、遗传分化指数(F_(st))的计算。结果共成功扩增云南省7个地区黄胸鼠种群408份肝、脾标本的COⅠ基因序列,分析结果显示,在639 bp的COⅠ基因序列中,碱基T、C、A、G的平均含量分别为29.67%、25.67%、27.67%和16.99%,黄胸鼠种群COⅠ基因的碱基含量A+T高于C+G。7个种群共定义了23个单倍型,单倍型多样性为0.433~0.846,核苷酸多样性为0.00282~0.01973,各种群整体的单倍型多样性排序由高到低分别为德宏州>玉溪市>保山市>文山州>西双版纳州>临沧市>大理州,核苷酸多样性较高的为文山州、德宏州和玉溪市种群。分子系统发育分析显示,7个种群单倍型共分成3个大支;单倍型网络关系图显示,不同地理种群的单倍型交叉混杂分布;群体F_(st)分析表明,除保山市与西双版纳州、临沧市、文山州,西双版纳州与临沧市、文山州,临沧市与文山州种群间外,其余各地理种群间遗传差异均有统计学意义(均P<0.05);基因流数据显示,玉溪市与大理州、保山市、西双版纳州种群出现了一定程度的遗传分化,其他种群间基因交流缺乏。AMOVA分析结果表明,7个黄胸鼠种群的遗传变异主要来自种群内,种群间的变异程度较低。结论7个地区的黄胸鼠种群表现出丰富的遗传多样性,部分地理种群间出现遗传分化,研究为黄胸鼠的分子生态学研究提供了参考依据。