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云南省德宏州美沙酮维持治疗者丙型肝炎病毒基因亚型分布
被引量:
4
1
作者
王译葵
唐仁海
+8 位作者
周素娟
王继宝
段星
杨锦
李艳玲
杨跃诚
叶润华
何纳
段松
《中华传染病杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第3期177-178,共2页
HCV感染主要通过血液、母婴和密切接触等途径传播。我国HCV感染率为2.5%~4.9%,感染人数已超过3000万,药物成瘾人群的感染率远高于一般人群。HCV的基因型与干扰素应答密切相关,了解HCV基因分型有助于制定抗病毒治疗的个性化方案。
关键词
美沙酮维持治疗
亚型分布
病毒基因
丙型肝炎
德宏州
云南省
HCV感染
HCV基因分型
原文传递
高通量测序技术用于丙型肝炎病毒感染溯源调查
被引量:
7
2
作者
张静娜
王译葵
+9 位作者
蒋岩
龙玉存
王继宝
冯凯迪
唐仁海
张志敏
段松
赵琦
张桂云
邱茂锋
《中华预防医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第6期530-534,共5页
目的:建立检测丙型肝炎病毒(HCV)准种群的Hiseq高通量测序(Hiseq测序)技术,并调查一起疑似通过共用针具传播HCV的案例。方法针对2015年1月15日在美沙酮门诊发现的1例HCV抗体阳转静脉注射吸毒者(编号P1),调查在其可能感染HCV的...
目的:建立检测丙型肝炎病毒(HCV)准种群的Hiseq高通量测序(Hiseq测序)技术,并调查一起疑似通过共用针具传播HCV的案例。方法针对2015年1月15日在美沙酮门诊发现的1例HCV抗体阳转静脉注射吸毒者(编号P1),调查在其可能感染HCV的时期内(2014年3月24日之后)与其共用针具、HCV抗体阳性的4例静脉注射吸毒者(编号P2~P5)的流行病学信息,并以与P1在同一美沙酮门诊服药或者居住在同一乡镇、HCV抗体阳性的28例静脉注射吸毒者(编号C1~C28)作为研究对照。分别采集上述33名的全血样品5 ml,提取血浆中的RNA并逆转录后进行HCV基因亚型分析,对亚型与P1相同的样品进行Hiseq测序,分析样品中HCV的准种分布情况,计算样品内和样品间的基因离散率,绘制系统进化树。结果 P1样品的基因亚型为3b,与其亚型相同的样品有P2、C7、C12、C14、C15、C16、C19、C20、C28。其中9份成功进行了Hiseq测序,获得的有效序列数为249753~1086333条(平均869608条)。剔除重复序列后,获得3~172个(平均48个)独特准种群的序列。9份样品的样品内基因离散率中位数(P50)为0.4%~12.3%;P1与其余8份样品间基因离散率的P50(P25,P75)分别为19.0%(18.4%,19.8%)、10.4%(2.8%,18.3%)、19.6%(17.8%,21.4%)、24.9%(23.8%,26.1%)、19.8%(18.7%,20.7%)、20.1%(18.9%,21.2%)、20.6%(20.0%,21.1%)、23.6%(22.4%,24.8%),差异无统计学意义(T=9.40,P=0.100);P1与C7个别准种群间的基因离散率为0。系统进化分析显示, P1与P2之间无传播关系,但与C7之间可能存在传播关系。结论 Hiseq测序技术可以在准种水平上有效地用于HCV感染溯源调查,具有高通量、操作较简便、成本相对低、实用价值较高的特点。
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关键词
肝炎
丙型
分子流行病学
高通量测序技术
原文传递
题名
云南省德宏州美沙酮维持治疗者丙型肝炎病毒基因亚型分布
被引量:
4
1
作者
王译葵
唐仁海
周素娟
王继宝
段星
杨锦
李艳玲
杨跃诚
叶润华
何纳
段松
机构
云南省德宏州疾病预防控制中心性病艾滋病防制科
复旦大学公共卫生学院流行病学教研室
出处
《中华传染病杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第3期177-178,共2页
基金
国家自然科学基金资助项目(81373062)
国家科技重大专项资助项目(2011zx10004-903,2012ZX10001001-004)
文摘
HCV感染主要通过血液、母婴和密切接触等途径传播。我国HCV感染率为2.5%~4.9%,感染人数已超过3000万,药物成瘾人群的感染率远高于一般人群。HCV的基因型与干扰素应答密切相关,了解HCV基因分型有助于制定抗病毒治疗的个性化方案。
关键词
美沙酮维持治疗
亚型分布
病毒基因
丙型肝炎
德宏州
云南省
HCV感染
HCV基因分型
分类号
R512.63 [医药卫生—内科学]
R749.6 [医药卫生—神经病学与精神病学]
原文传递
题名
高通量测序技术用于丙型肝炎病毒感染溯源调查
被引量:
7
2
作者
张静娜
王译葵
蒋岩
龙玉存
王继宝
冯凯迪
唐仁海
张志敏
段松
赵琦
张桂云
邱茂锋
机构
中国
疾病预防控制中心
性病
艾滋病
预防控制中心
云南省德宏州疾病预防控制中心性病艾滋病防制科
云南省
德宏州
陇川县
疾病预防控制中心
美沙酮门诊
山东大学第二医院信息
中心
出处
《中华预防医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第6期530-534,共5页
基金
国家丙型肝炎防治项目@@@@National Funding for Hepatitis C Virus Control and Prevention
文摘
目的:建立检测丙型肝炎病毒(HCV)准种群的Hiseq高通量测序(Hiseq测序)技术,并调查一起疑似通过共用针具传播HCV的案例。方法针对2015年1月15日在美沙酮门诊发现的1例HCV抗体阳转静脉注射吸毒者(编号P1),调查在其可能感染HCV的时期内(2014年3月24日之后)与其共用针具、HCV抗体阳性的4例静脉注射吸毒者(编号P2~P5)的流行病学信息,并以与P1在同一美沙酮门诊服药或者居住在同一乡镇、HCV抗体阳性的28例静脉注射吸毒者(编号C1~C28)作为研究对照。分别采集上述33名的全血样品5 ml,提取血浆中的RNA并逆转录后进行HCV基因亚型分析,对亚型与P1相同的样品进行Hiseq测序,分析样品中HCV的准种分布情况,计算样品内和样品间的基因离散率,绘制系统进化树。结果 P1样品的基因亚型为3b,与其亚型相同的样品有P2、C7、C12、C14、C15、C16、C19、C20、C28。其中9份成功进行了Hiseq测序,获得的有效序列数为249753~1086333条(平均869608条)。剔除重复序列后,获得3~172个(平均48个)独特准种群的序列。9份样品的样品内基因离散率中位数(P50)为0.4%~12.3%;P1与其余8份样品间基因离散率的P50(P25,P75)分别为19.0%(18.4%,19.8%)、10.4%(2.8%,18.3%)、19.6%(17.8%,21.4%)、24.9%(23.8%,26.1%)、19.8%(18.7%,20.7%)、20.1%(18.9%,21.2%)、20.6%(20.0%,21.1%)、23.6%(22.4%,24.8%),差异无统计学意义(T=9.40,P=0.100);P1与C7个别准种群间的基因离散率为0。系统进化分析显示, P1与P2之间无传播关系,但与C7之间可能存在传播关系。结论 Hiseq测序技术可以在准种水平上有效地用于HCV感染溯源调查,具有高通量、操作较简便、成本相对低、实用价值较高的特点。
关键词
肝炎
丙型
分子流行病学
高通量测序技术
Keywords
Hepatitis C
Molecular epidemiology
High-throughput sequencing
分类号
R512.63 [医药卫生—内科学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
云南省德宏州美沙酮维持治疗者丙型肝炎病毒基因亚型分布
王译葵
唐仁海
周素娟
王继宝
段星
杨锦
李艳玲
杨跃诚
叶润华
何纳
段松
《中华传染病杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2015
4
原文传递
2
高通量测序技术用于丙型肝炎病毒感染溯源调查
张静娜
王译葵
蒋岩
龙玉存
王继宝
冯凯迪
唐仁海
张志敏
段松
赵琦
张桂云
邱茂锋
《中华预防医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2016
7
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