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云南蓝果树叶绿体基因组密码子偏好性分析 被引量:29
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作者 原晓龙 康洪梅 王毅 《西北林学院学报》 CSCD 北大核心 2020年第4期26-31,124,共7页
以云南蓝果树叶绿体基因组为研究对象,采用Codon W 1.4.2等软件,通过分析云南蓝果树叶绿体基因组52个基因密码子的偏好性,探究影响密码子使用偏性形成的主要因素。结果表明:1)Codon W和CUSP软件分析显示密码子第3位碱基GC含量为28.40%,... 以云南蓝果树叶绿体基因组为研究对象,采用Codon W 1.4.2等软件,通过分析云南蓝果树叶绿体基因组52个基因密码子的偏好性,探究影响密码子使用偏性形成的主要因素。结果表明:1)Codon W和CUSP软件分析显示密码子第3位碱基GC含量为28.40%,ENC值>45的基因有39个,说明密码子偏好以AT结尾,且存在较弱偏性。2)中性绘图分析显示,GC12与GC3的相关系数为0.1612,相关性不显著,说明密码子第1、第2位与第3位碱基组成存在显著差异。3)ENC绘图结合ENC比值频率表显示,大部分基因距离标准曲线较远,说明密码子偏好性主要受选择的影响。4)PR2-plot分析显示密码子第3位碱基使用频率方面,T>A,G>C,说明密码子偏好性受多重因素影响。5)确定UUG、UCA、GCU、AAU、GAU和GGA为最优密码子。综上所述,云南蓝果树叶绿体基因组密码子的使用主要受选择的影响,受其他如突变等因素的影响较弱。 展开更多
关键词 云南蓝果树 叶绿体基因组 密码子偏好性 选择 最优密码子
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滇牡丹主要分布区11个居群果实特征的比较
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作者 杜春 余潇 +4 位作者 牟亚萍 李进 张鹏远 原晓龙 王娟 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期619-630,共12页
[目的]滇牡丹作为珍贵的油用野生牡丹资源,具有巨大的开发潜能,研究其果荚及结实特征可为滇牡丹育种工作提供帮助。[方法]以11个野生居群的滇牡丹果荚及种子为研究对象,统计果荚及种子性状数据,采用描述统计、相关性、K-均值聚类及方差... [目的]滇牡丹作为珍贵的油用野生牡丹资源,具有巨大的开发潜能,研究其果荚及结实特征可为滇牡丹育种工作提供帮助。[方法]以11个野生居群的滇牡丹果荚及种子为研究对象,统计果荚及种子性状数据,采用描述统计、相关性、K-均值聚类及方差分析等方法对数据进行分析。[结果]果荚及种子各性状变异系数(CV)变化范围9.15%~72.96%,其中果荚重具有最大的平均变异系数(53.54%),其次为发育种子数(52.68%)及败育种子数(51.39%),丽江利苴(DLG)居群在11个居群中拥有最大的平均果荚长度(7.49 cm),果荚宽度(6.66 cm)及果荚重(27.83 g)。采用K-均值聚类的方法对滇牡丹种子质量分级标准进行探究,结果表明Ⅰ级种子(单粒重>1.26 g、种子宽>1.25 cm、种子长>1.38 cm),Ⅱ级种子(单粒重0.84~1.26 g、种子宽1.10~1.25 cm、种子长1.22~1.38 cm),Ⅲ级种子(0.60 g单粒重~<0.84 g、1.01 cm<种子宽<1.10 cm、1.05 cm<种子长<1.22 cm),等外种子(单粒重<0.60 g、种子宽≤1.01 cm、种子长≤1.05 cm),其中丽江牦牛坪(DLM)居群具有最大的Ⅰ级种子及Ⅱ级种子的占比分别为3.41%、4.89%;昆明梁王山拥有最大的等外种子占比3.30%。[结论]滇牡丹果荚性状变异丰富,果荚重、发育种子数及败育种子数等性状较其他性状具有较大的变异,11个居群中DLM与DLG两个居群在果荚及种子性状、结实特征上均优于其他居群,而昆明梁王山(DLW)居群表现最差。 展开更多
关键词 滇牡丹 果荚性状 种子性状 种子分级
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基于SSR标记的思茅松种质资源遗传多样性分析 被引量:1
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作者 陈少瑜 李江 +2 位作者 陈伟 罗婷 陈绍安 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第3期532-541,共10页
【目的】揭示思茅松主要分布区内11个群体共338份种质资源遗传多样性水平和遗传结构状况,为思茅松育种群体构建及高轮次遗传改良提供理论依据。【方法】用筛选出的18对引物进行SSR-PCR扩增,产物经毛细管电泳后用PowerMarker v3.25、GenA... 【目的】揭示思茅松主要分布区内11个群体共338份种质资源遗传多样性水平和遗传结构状况,为思茅松育种群体构建及高轮次遗传改良提供理论依据。【方法】用筛选出的18对引物进行SSR-PCR扩增,产物经毛细管电泳后用PowerMarker v3.25、GenALEx v6.4.1及Structure 2.3.4等软件分析思茅松种质资源的遗传多样性。【结果】18对SSR引物共检测到120个等位基因,平均每个位点的等位基因数为6.667个;种质资源的平均期望杂合度(H_(e))为0.524;平均Shannon信息指数(I)为1.016;平均多态信息指数(PIC)为0.468。思茅松种质资源的遗传变异主要来源于群体内的个体。种质资源的群体分化系数(F_(ST))平均为0.091,即群体间的遗传变异只占总变异的9.1%,分子方差分析(AMOVA)得到了同样的结果。各位点的基因流(N_(m))平均为4.627(N_(m)>1),较大的基因流减小了群体间的分化。STRUCTURE分析将338份思茅松种质资源划分为2个类群,基于Nei’s遗传距离的UPGMA聚类将11个群体划分成3组,普洱市6个群体聚为一组;西双版纳州的2个群体、临沧市和保山市的各1个群体聚为一组;德宏州的1个群体单独为一组。【结论】思茅松种质资源具有丰富的遗传多样性,遗传变异主要来源于群体内,在进行思茅松的遗传改良时,应根据其遗传结构特征,重点选择多样性高的群体,也要特别关注对群体内优良单株的选择。 展开更多
关键词 思茅松 种质资源 SSR分子标记 遗传多样性 遗传结构
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迪庆州核桃种质资源的遗传多样性与遗传结构 被引量:6
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作者 陆婷 陈少瑜 +1 位作者 吴涛 肖良俊 《西部林业科学》 CAS 北大核心 2021年第2期71-77,共7页
利用SSR分子标记技术对云南省迪庆藏族自治州3个群体共161份深纹核桃种质资源进行遗传多样性分析,揭示资源的遗传多样性水平及遗传结构特征,为其保护和利用提供依据。结果表明:18对SSR引物对161份DNA样本进行扩增,共检测到171个等位基因... 利用SSR分子标记技术对云南省迪庆藏族自治州3个群体共161份深纹核桃种质资源进行遗传多样性分析,揭示资源的遗传多样性水平及遗传结构特征,为其保护和利用提供依据。结果表明:18对SSR引物对161份DNA样本进行扩增,共检测到171个等位基因,平均每对引物9.5个。3个群体的观察杂合度(H_(o))和期望杂合度(H_(e))的变化范围分别为0.390~0.580和0.580~0.619,平均值分别为0.467和0.598;Shannon信息指数(I)介于1.153~1.313之间,平均为1.231,数据表明迪庆州核桃种质资源的遗传多样性属于中等水平。群体间的遗传分化系数(F_(ST))介于0.0052~0.2253之间,平均为0.0652,表明遗传变异主要来源于群体内的个体,仅有6.52%来源于群体间,各位点的基因流(N_(m))平均为4.2663(N_(m)>1),群体间的基因交流阻止了群体间的分化。STRUCTURE分析将161份核桃资源分成3个类群,而基于Nei’s遗传距离的UPGMA聚类将3个群体划分成2组,维西和香格里拉聚为一组,德钦单独为一组。 展开更多
关键词 深纹核桃 种质资源 遗传多样性 遗传结构 SSR分子标记
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红汁乳菇中一个聚酮合酶基因的鉴定和表达分析 被引量:3
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作者 原晓龙 罗婷 +2 位作者 王毅 李云琴 杨文忠 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2020年第5期18-25,共8页
聚酮化合物具有丰富的生物活性,为了解红汁乳菇(Lactarius hatsudake)中聚酮合酶基因,从红汁乳菇基因组中分离并克隆得到LhPKS1基因,通过生物信息学分析推测其功能,并通过RT-PCR验证该基因的表达量。结果显示,LhPKS1基因全长cDNA含有603... 聚酮化合物具有丰富的生物活性,为了解红汁乳菇(Lactarius hatsudake)中聚酮合酶基因,从红汁乳菇基因组中分离并克隆得到LhPKS1基因,通过生物信息学分析推测其功能,并通过RT-PCR验证该基因的表达量。结果显示,LhPKS1基因全长cDNA含有6036 bp,编码2011个氨基酸残基,结构域顺序依次为SAT-KS-AT-PT-ACP-TE,该蛋白无跨膜结构和信号肽,聚类分析显示LhPKS1蛋白与参与生物合成苔色酸的真菌PKS蛋白聚为一支。在以10%肌醇、2%和10%的山梨醇为碳源添加物及以番茄浸粉为氮源添加物时,该基因表达量较高。研究有助于通过LhPKS1基因的过表达及异源表达,为大量获取苔色酸类化合物及其骨架提供参考。 展开更多
关键词 红汁乳菇(Lactarius hatsudake) 聚酮合酶 生物信息学分析 克隆 表达
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