题名 云南蓝果树叶绿体基因组密码子偏好性分析
被引量:29
1
作者
原晓龙
康洪梅
王毅
机构
云南省 林业和 草原 科学院
出处
《西北林学院学报》
CSCD
北大核心
2020年第4期26-31,124,共7页
基金
国家自然科学基金(31860177)
云南省应用基础研究计划(2016FD097)。
文摘
以云南蓝果树叶绿体基因组为研究对象,采用Codon W 1.4.2等软件,通过分析云南蓝果树叶绿体基因组52个基因密码子的偏好性,探究影响密码子使用偏性形成的主要因素。结果表明:1)Codon W和CUSP软件分析显示密码子第3位碱基GC含量为28.40%,ENC值>45的基因有39个,说明密码子偏好以AT结尾,且存在较弱偏性。2)中性绘图分析显示,GC12与GC3的相关系数为0.1612,相关性不显著,说明密码子第1、第2位与第3位碱基组成存在显著差异。3)ENC绘图结合ENC比值频率表显示,大部分基因距离标准曲线较远,说明密码子偏好性主要受选择的影响。4)PR2-plot分析显示密码子第3位碱基使用频率方面,T>A,G>C,说明密码子偏好性受多重因素影响。5)确定UUG、UCA、GCU、AAU、GAU和GGA为最优密码子。综上所述,云南蓝果树叶绿体基因组密码子的使用主要受选择的影响,受其他如突变等因素的影响较弱。
关键词
云南蓝果树
叶绿体基因组
密码子偏好性
选择
最优密码子
Keywords
Nyssa yunnanensis
chloroplast genome
codon usage bias
selection
optimal codon
分类号
Q71
[生物学—分子生物学]
题名 滇牡丹主要分布区11个居群果实特征的比较
2
作者
杜春
余潇
牟亚萍
李进
张鹏远
原晓龙
王娟
机构
西南林业 大学林学院
西南林业 大学园林园艺学院
西南林业 大学生命科学 学院
云南省 林业和 草原 科学院 、云南省 森林 植物 培育与 开发 利用 重点 实验室 /国家 林业和 草原 局 云南 珍稀 濒 特 森林 植物保护 和繁育 重点 实验室
西南林业 大学绿色发展研究院
出处
《江西农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第3期619-630,共12页
基金
国家自然科学基金资助项目(32060089)
云南省重大基础专项(202002AA100007)
云南省万人计划专项(云发改[2018]212号)
文摘
[目的]滇牡丹作为珍贵的油用野生牡丹资源,具有巨大的开发潜能,研究其果荚及结实特征可为滇牡丹育种工作提供帮助。[方法]以11个野生居群的滇牡丹果荚及种子为研究对象,统计果荚及种子性状数据,采用描述统计、相关性、K-均值聚类及方差分析等方法对数据进行分析。[结果]果荚及种子各性状变异系数(CV)变化范围9.15%~72.96%,其中果荚重具有最大的平均变异系数(53.54%),其次为发育种子数(52.68%)及败育种子数(51.39%),丽江利苴(DLG)居群在11个居群中拥有最大的平均果荚长度(7.49 cm),果荚宽度(6.66 cm)及果荚重(27.83 g)。采用K-均值聚类的方法对滇牡丹种子质量分级标准进行探究,结果表明Ⅰ级种子(单粒重>1.26 g、种子宽>1.25 cm、种子长>1.38 cm),Ⅱ级种子(单粒重0.84~1.26 g、种子宽1.10~1.25 cm、种子长1.22~1.38 cm),Ⅲ级种子(0.60 g单粒重~<0.84 g、1.01 cm<种子宽<1.10 cm、1.05 cm<种子长<1.22 cm),等外种子(单粒重<0.60 g、种子宽≤1.01 cm、种子长≤1.05 cm),其中丽江牦牛坪(DLM)居群具有最大的Ⅰ级种子及Ⅱ级种子的占比分别为3.41%、4.89%;昆明梁王山拥有最大的等外种子占比3.30%。[结论]滇牡丹果荚性状变异丰富,果荚重、发育种子数及败育种子数等性状较其他性状具有较大的变异,11个居群中DLM与DLG两个居群在果荚及种子性状、结实特征上均优于其他居群,而昆明梁王山(DLW)居群表现最差。
关键词
滇牡丹
果荚性状
种子性状
种子分级
Keywords
Peaonia delavayi
fruit characters
seed character
seed grading
分类号
S685.11
[农业科学—观赏园艺]
题名 基于SSR标记的思茅松种质资源遗传多样性分析
被引量:1
3
作者
陈少瑜
李江
陈伟
罗婷
陈绍安
机构
云南省 林业和 草原 科学院 /云南省 森林 植物 培育与 开发 利用 重点 实验室 /国家 林业和 草原 局 云南 珍稀 濒 特 森林 植物保护 和繁育 重点 实验室
云南省 林业和 草原 科学院 林业 研究所
云南省 林业和 草原 科学院 普文热带林业 研究所
出处
《西南农业学报》
CSCD
北大核心
2024年第3期532-541,共10页
基金
云南省重点研发项目(202102AE090022)
云南省种子种业联合实验室首席科学家项目(202205AR070001-17)。
文摘
【目的】揭示思茅松主要分布区内11个群体共338份种质资源遗传多样性水平和遗传结构状况,为思茅松育种群体构建及高轮次遗传改良提供理论依据。【方法】用筛选出的18对引物进行SSR-PCR扩增,产物经毛细管电泳后用PowerMarker v3.25、GenALEx v6.4.1及Structure 2.3.4等软件分析思茅松种质资源的遗传多样性。【结果】18对SSR引物共检测到120个等位基因,平均每个位点的等位基因数为6.667个;种质资源的平均期望杂合度(H_(e))为0.524;平均Shannon信息指数(I)为1.016;平均多态信息指数(PIC)为0.468。思茅松种质资源的遗传变异主要来源于群体内的个体。种质资源的群体分化系数(F_(ST))平均为0.091,即群体间的遗传变异只占总变异的9.1%,分子方差分析(AMOVA)得到了同样的结果。各位点的基因流(N_(m))平均为4.627(N_(m)>1),较大的基因流减小了群体间的分化。STRUCTURE分析将338份思茅松种质资源划分为2个类群,基于Nei’s遗传距离的UPGMA聚类将11个群体划分成3组,普洱市6个群体聚为一组;西双版纳州的2个群体、临沧市和保山市的各1个群体聚为一组;德宏州的1个群体单独为一组。【结论】思茅松种质资源具有丰富的遗传多样性,遗传变异主要来源于群体内,在进行思茅松的遗传改良时,应根据其遗传结构特征,重点选择多样性高的群体,也要特别关注对群体内优良单株的选择。
关键词
思茅松
种质资源
SSR分子标记
遗传多样性
遗传结构
Keywords
Pinus kesiya var.langbianensis
Germplasm resouces
SSR molecular markers
Genetic diversity
Genetic structure
分类号
S72
[农业科学—林木遗传育种]
题名 迪庆州核桃种质资源的遗传多样性与遗传结构
被引量:6
4
作者
陆婷
陈少瑜
吴涛
肖良俊
机构
云南省 林业和 草原 技术推广总站
云南省 林业和 草原 科学院 经济林研究所
云南省 林业和 草原 科学院 /云南省 森林 植物 培育与 开发 利用 重点 实验室 /国家 林业和 草原 局 云南 珍稀 濒 特 森林 植物保护 和繁育 重点 实验室
出处
《西部林业科学》
CAS
北大核心
2021年第2期71-77,共7页
基金
国家自然科学基金项目(3166024)。
文摘
利用SSR分子标记技术对云南省迪庆藏族自治州3个群体共161份深纹核桃种质资源进行遗传多样性分析,揭示资源的遗传多样性水平及遗传结构特征,为其保护和利用提供依据。结果表明:18对SSR引物对161份DNA样本进行扩增,共检测到171个等位基因,平均每对引物9.5个。3个群体的观察杂合度(H_(o))和期望杂合度(H_(e))的变化范围分别为0.390~0.580和0.580~0.619,平均值分别为0.467和0.598;Shannon信息指数(I)介于1.153~1.313之间,平均为1.231,数据表明迪庆州核桃种质资源的遗传多样性属于中等水平。群体间的遗传分化系数(F_(ST))介于0.0052~0.2253之间,平均为0.0652,表明遗传变异主要来源于群体内的个体,仅有6.52%来源于群体间,各位点的基因流(N_(m))平均为4.2663(N_(m)>1),群体间的基因交流阻止了群体间的分化。STRUCTURE分析将161份核桃资源分成3个类群,而基于Nei’s遗传距离的UPGMA聚类将3个群体划分成2组,维西和香格里拉聚为一组,德钦单独为一组。
关键词
深纹核桃
种质资源
遗传多样性
遗传结构
SSR分子标记
Keywords
Juglans sigillata
germplasm resources
genetic diversity
genetic structure
SSR molecular markers
分类号
S664.1
[农业科学—果树学]
题名 红汁乳菇中一个聚酮合酶基因的鉴定和表达分析
被引量:3
5
作者
原晓龙
罗婷
王毅
李云琴
杨文忠
机构
云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室/国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室
出处
《微生物学杂志》
CAS
CSCD
2020年第5期18-25,共8页
基金
国家自然科学基金项目(31860177)
云南省林业科学院创新基金项目(MS2019-09)。
文摘
聚酮化合物具有丰富的生物活性,为了解红汁乳菇(Lactarius hatsudake)中聚酮合酶基因,从红汁乳菇基因组中分离并克隆得到LhPKS1基因,通过生物信息学分析推测其功能,并通过RT-PCR验证该基因的表达量。结果显示,LhPKS1基因全长cDNA含有6036 bp,编码2011个氨基酸残基,结构域顺序依次为SAT-KS-AT-PT-ACP-TE,该蛋白无跨膜结构和信号肽,聚类分析显示LhPKS1蛋白与参与生物合成苔色酸的真菌PKS蛋白聚为一支。在以10%肌醇、2%和10%的山梨醇为碳源添加物及以番茄浸粉为氮源添加物时,该基因表达量较高。研究有助于通过LhPKS1基因的过表达及异源表达,为大量获取苔色酸类化合物及其骨架提供参考。
关键词
红汁乳菇(Lactarius
hatsudake)
聚酮合酶
生物信息学分析
克隆
表达
Keywords
Lactarius hatsudake
polyketide synthase
bioinformatics analysis
clone
expression
分类号
Q93-331
[生物学—微生物学]