基于SSR标记的云南省核桃种质资源遗传多样性及核心种质构建

利用SSR分子标记技术对云南省14个州市1061份核桃种质资源进行遗传多样性分析,在此基础上,通过最小距离逐步取样法构建核心种质并进行了核心种质的多样性检测。结果表明,19对SSR引物共检测到322个等位基因,每对引物平均16.95个,Shannon信息指数(I)平均为1.3375,期望杂合度(He)平均为0.6040,Nei′s遗传多样性指数(Nei)平均为0.6043,数据表明云南核桃种质资源具有较为丰富的遗传多样性。遗传多样性在各州市分布不均,其中,迪庆州核桃资源的遗传多样性相对最高,最低的是临沧地区。基于遗传距离的UPGMA聚类结果,以5%~30%的取样比例分别构建初级种质(PC)、次级种质(SC)、核心种质-1(CC-1)、核心种质-2(CC-2)等4个核心种质,经遗传多样性分析及t检验,最终确定10.84%取样比例、115份样本量的核心种质-1(CC-1)为云南核桃资源的核心种质。

三江并流区金沙江流域云南核桃种质资源遗传多样性及分布特征

【目的】揭示三江并流区金沙江流域云南核桃种质资源的遗传多样性及分布特征,为该区域核桃资源的合理开发利用及科学保护提供参考依据。【方法】沿金沙江流域采集153份云南核桃资源,根据乡(镇)行政区划及资源分布情况将其划分成5个群体(YL、DQ、QZ、PTG和YC),采用微卫星(SSR)分子标记进行等位片段检测;运用GenAIEx6.5计算等位片段数,并以POPGENE version 1.32分析群体的遗传多样性。【结果】19对SSR引物共检测到130个等位片段,各片段在153份样本中的出现频率各不相同,其中片段A122出现的频率最高,达0.8301;有14个片段频率最低(稀有等位片段),仅0.0033。5个群体等位片段数量占总数的比例在70.70%~85.38%,Nei’基因多样性指数(H)平均为0.6046,Shannon’s信息指数(I)平均为1.1709,期望杂合度(He)平均为0.6165。5个群体遗传多样性的分布排序依次为QZ>YL>PTG>YC>TD。其中,TD群体高频率等位片段频率达0.9062,稀有等位片段占总稀有等位片段的比例为21.43%;PTG群体稀有等位片段占总稀有等位片段的比例达42.86%。【结论】三江并流区金沙江流域云南核桃种质资源的遗传多样性属于中等水平,应采取积极措施进行保护和利用,尤其应加强对野生核桃资源的保护和利用。开展品种选育及种质资源保护工作时,在选择遗传多样性高的群体基础上,应结合表型性状及稀有等位片段频率的分布特征,侧重于群体内单株的选择。

迪庆州核桃种质资源的遗传多样性与遗传结构

利用SSR分子标记技术对云南省迪庆藏族自治州3个群体共161份深纹核桃种质资源进行遗传多样性分析,揭示资源的遗传多样性水平及遗传结构特征,为其保护和利用提供依据。结果表明:18对SSR引物对161份DNA样本进行扩增,共检测到171个等位基因,平均每对引物9.5个。3个群体的观察杂合度(H_(o))和期望杂合度(H_(e))的变化范围分别为0.390~0.580和0.580~0.619,平均值分别为0.467和0.598;Shannon信息指数(I)介于1.153~1.313之间,平均为1.231,数据表明迪庆州核桃种质资源的遗传多样性属于中等水平。群体间的遗传分化系数(F_(ST))介于0.0052~0.2253之间,平均为0.0652,表明遗传变异主要来源于群体内的个体,仅有6.52%来源于群体间,各位点的基因流(N_(m))平均为4.2663(N_(m)>1),群体间的基因交流阻止了群体间的分化。STRUCTURE分析将161份核桃资源分成3个类群,而基于Nei’s遗传距离的UPGMA聚类将3个群体划分成2组,维西和香格里拉聚为一组,德钦单独为一组。