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基于荧光SSR的宁夏糜子DNA分子身份证的构建
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作者 曹越 张立媛 +8 位作者 辛旭霞 冯智尊 郭娟 王晓丹 曹晓宁 SANTRA Dipak K 陈凌 乔治军 王瑞云 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期2699-2711,共13页
糜子(Panicum miliaceum L.)种质资源丰富,在干旱环境中具生产优势,基于荧光SSR标记构建其DNA分子身份证可为资源的数字化管理提供理论依据和分子检测工具。本文以274份宁夏糜子核心种质为试验材料,对山西农业大学前期开发的糜子特异性... 糜子(Panicum miliaceum L.)种质资源丰富,在干旱环境中具生产优势,基于荧光SSR标记构建其DNA分子身份证可为资源的数字化管理提供理论依据和分子检测工具。本文以274份宁夏糜子核心种质为试验材料,对山西农业大学前期开发的糜子特异性SSR标记进行多次PCR筛选和优化后获取核心引物。基于糜子参考基因组信息,经过BLAST序列比对后将核心标记进行染色体定位。在SSR引物的5′端标注荧光(FAM/HEX),利用毛细管电泳给出材料的基因型,采用“0,1”二进制编码方式记录扩增条带的有无,使用IDAnalysis 4.0检测材料的区分程度。采用十进制(0~9)统计扩增片段大小以获得材料的字符串分子身份证。使用Popgene、Powermarker、MEGA、NTSYS进行遗传多样性、遗传聚类和主成分分析。利用二维码在线软件(https://cli.im/)给出材料的二维码DNA分子身份证。PCR扩增结果发现,10个荧光SSR(RYW6、RYW125、RYW43、RYW3、RYW40、RYW37、RYW42、RYW8、RYW28和RYW124)组合在一起可以将274份材料全部区分开。BLAST结果表明,RYW124分布在12号染色体上,位于7.8 cM处;RYW40分布在4号染色体上,位于42.64 cM处;RYW42分布在13号染色体上,位于34.63 cM处,RYW28分布在16号染色体上,位于2.34 cM处,RYW8分布在3号染色体上,位于9.90 cM处。274份材料在10个位点共检出125个等位变异,平均每个位点为12.5个,变幅为5.0000(RYW3)~25.0000(RYW6);检出的Shannon多样性指数(I)为1.2458(RYW3)~2.6568(RYW6),平均为1.8532;观测杂合度(Ho)为0.5185(RYW40)~0.9964(RYW124),平均为0.8674;期望观测杂合度(He)为0.5724(RYW40)~0.9108(RYW42),平均为0.7784;Nei’s基因多样性指数(Nei)为0.5711(RYW40)~0.9091(RYW42),平均为0.7767;多态性信息含量(PIC)为0.6563(RYW3)~0.9602(RYW42),平均为0.8399。聚类分析和主成分分析均将材料划归4个类群。将电泳条带进行数字编码,利用10个标记组合,构建了全部材料的字符串和二维码DNA分子身份证。 展开更多
关键词 糜子 宁夏 毛细管电泳 荧光SSR DNA分子身份证 染色体定位
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东北春播区糜子核心种质的荧光微卫星标记鉴定
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作者 丁艺冰 辛旭霞 +9 位作者 冯智尊 郭娟 曹越 陈喜明 王晓丹 曹晓宁 SANTRA Dipak K 陈凌 乔治军 王瑞云 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期1728-1739,共12页
优异种质资源是糜子新品种选育和产业发展的基础。本研究以190份东北春播区糜子核心种质为材料,利用前期构建的SSR标记在5'端标注荧光,进行PCR扩增和毛细管电泳。根据毛细管电泳检测的片段有无采用“0/1”表示,利用ID Analysis4.0... 优异种质资源是糜子新品种选育和产业发展的基础。本研究以190份东北春播区糜子核心种质为材料,利用前期构建的SSR标记在5'端标注荧光,进行PCR扩增和毛细管电泳。根据毛细管电泳检测的片段有无采用“0/1”表示,利用ID Analysis4.0进行区分,使用PopGene、PowerMarker、MEGA、Structure、NTSYS进行遗传多样性分析。试验结果表明,3个荧光SSR标记组合(RYW3+RYW6+RYW28)可区分190份材料,共检测出等位变异73个,平均为24.3333;有效等位基因数(Ne)为5.4728(RYW3)~15.8922(RYW6),平均为9.6496;检出Shannon多样性指数(I)为2.0851(RYW3)~2.9457(RYW6),平均为2.4896;观测杂合度(Ho)为0.7529(RYW6)~0.9574(RYW28),平均为0.8876;期望观测杂合度(He)为0.8194(RYW3)~0.9398(RYW6),平均为0.8765;Nei’s基因多样性指数(Nei)为0.8173(RYW3)~0.9371(RYW6),平均为0.8741;多态性信息含量(PIC)为0.8656(RYW3)~0.9722(RYW6),平均为0.9198。基于UPGMA将190份资源划分为3个群组。基于Structure的遗传结构分析(K=3)将糜子核心种质分为3个类群,来源于东北地区的4个基因库(黑龙江、吉林、辽宁和内蒙古的一部分)。基于主成分分析将材料分为4个类群,与地理来源一致。利用在线二维码技术(https://cli.im/)构建了190份东北糜子核心种质的DNA分子身份证。 展开更多
关键词 糜子 东北春播区 荧光微卫星标记 毛细管电泳 DNA分子身份证
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基于SSR的陕西糜子种质资源的分子鉴定
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作者 郭娟 辛旭霞 +7 位作者 冯智尊 曹越 王晓丹 曹晓宁 SANTRA Dipak K 陈凌 乔治军 王瑞云 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期2643-2653,共11页
为构建糜子(Panicum miliaceum L.)DNA分子身份证,试验以181份陕西糜子核心种质为材料,对课题组前期开发的糜子特异性SSR标记进行多次PCR筛选和优化后获取核心引物。基于糜子参考基因组信息,经过BLAST序列比对后将核心标记进行染色体定... 为构建糜子(Panicum miliaceum L.)DNA分子身份证,试验以181份陕西糜子核心种质为材料,对课题组前期开发的糜子特异性SSR标记进行多次PCR筛选和优化后获取核心引物。基于糜子参考基因组信息,经过BLAST序列比对后将核心标记进行染色体定位。在SSR引物的5′端标注荧光(FAM/HEX),根据毛细管电泳检测的片段有无采用“0/1”表示,利用ID Analysis4.0进行区分,十进制(0~9)统计扩增片段大小构建材料字符串,用Pop Gene、Power Marker、MEGA、Structure和NTSYS进行遗传多样性分析。试验结果表明,7个荧光SSR(RYW3、RYW6、RYW37、RYW40、RYW43、RYW125和RYW146)组合可区分181份材料,不均匀的分布在5条染色体上,共检测出77个等位变异,平均为11;检出Shannon多样性指数(I)为0.8145(RYW146)~7.8254(RYW125),平均5.9076;观测杂合度(Ho)为0.2627(RYW146)~0.9506(RYW3);期望观测杂合度(He)为0.3329(RYW146)~0.8747(RYW125);Nei’s基因多样性指数(Nei)为0.3315(RYW146)~0.8722(RYW125);多态性信息含量(PIC)为0.5923(RYW146)~0.9445(RYW125),平均为0.8419。基于UPGMA将181份资源划分为3个群组。基于主成分分析将材料分为10个类群,与地理来源一致。利用在线二维码技术(https://cli.im/)构建181份陕西糜子核心种质的DNA分子身份证。 展开更多
关键词 糜子 陕西 荧光SSR 毛细管电泳 DNA分子身份证
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77份山西黍稷DNA二维码身份证的构建
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作者 曹越 曹晓宁 +3 位作者 陈凌 Santra Dipak K 乔治军 王瑞云 《山西农业科学》 2024年第2期8-15,共8页
为了更好地管理黍稷资源,分辨其身份以及追溯来源,创建一个高效可行的种质资源鉴定系统十分必要。以山西省内各地77份黍稷资源为材料,用上海生工生物股份有限公司合成上游5’端加FAM (blue)荧光基团标记对77份黍稷资源进行PCR及毛细管... 为了更好地管理黍稷资源,分辨其身份以及追溯来源,创建一个高效可行的种质资源鉴定系统十分必要。以山西省内各地77份黍稷资源为材料,用上海生工生物股份有限公司合成上游5’端加FAM (blue)荧光基团标记对77份黍稷资源进行PCR及毛细管电泳。结果发现,仅用5个标记组合(RYW3、RYW6、RYW20、RYW37和RYW40)可区分全部材料。其中,组合RYW6+RYW37可区分60份;组合RYW6+RYW20+RYW37可区分69份;组合RYW6+RYW20+RYW37+RYW40可区分73份;组合RYW3+RYW6+RYW20+RYW37+RYW40可区分全部77份。77份材料在8个位点共检出79个等位变异,每个位点检出平均为9.875个,检测到的有效等位变异(Ne)为2.675 9,Shannon多样性指数(I)为0.991 6,Nei’s基因多样性指数(Nei)为0.426 0,多样性信息含量(PIC)为0.553 3。在此基础上,利用ID analysis 4.0在线条形码生成器将对应字符串生成可扫描的条形码DNA分子身份证;利用二维码在线技术将材料基本信息转化成可扫描的二维码DNA分子身份证。 展开更多
关键词 SSR 黍稷 二维码 山西
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5个黍子育成品种耐盐性鉴定
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作者 郭娟 王昕 +4 位作者 曹晓宁 陈凌 Santra Dipak K 王瑞云 乔治军 《山西农业科学》 2024年第2期21-27,共7页
土壤盐渍化会影响农业可持续发展,造成生态失去平衡。培育耐盐植物是经济效益最大化和土壤改良效果最优的重要环节。研究旨在为黍子耐盐新品种选育提供鉴定指标,为盐碱地黍子品种的种植提供材料。以5个黍子育成品种为试验材料,基于不同... 土壤盐渍化会影响农业可持续发展,造成生态失去平衡。培育耐盐植物是经济效益最大化和土壤改良效果最优的重要环节。研究旨在为黍子耐盐新品种选育提供鉴定指标,为盐碱地黍子品种的种植提供材料。以5个黍子育成品种为试验材料,基于不同浓度的中性混合盐(NaCl和Na_(2)SO_(4)),采用培养皿发芽方法,从芽鲜质量(SFW)、芽长(BL)、发芽指数(GI)、发芽势(GP)、根鲜质量(RFW)、发芽率(GR)、根长(RL)、活力指数(VI)等8项农艺性状评估材料的耐盐程度。通过分析不同盐浓度下这5个黍子育成品种发芽势和发芽率的差异,结果发现,160 mmol/L为进行盐处理的最适浓度。在该浓度下,5份材料的8项指标变异丰富,变异系数分别为168.41%、48.12%、23.13%、15.11%、32.94%、18.90%、64.37%和123.53%。对8个指标进行相关性分析、主成分分析及综合评价D值综合评价,结果发现,SFW、BL、GI、GP和RFW等5项指标可作为黍子耐盐性评价的参考指标;5份材料耐盐性从强到弱依次为晋黍7号、龙黍19号、宁糜13号、齐黍1号和龙黍9号。 展开更多
关键词 黍子 育成品种 耐盐性 农艺性状
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东北春播区糜子核心种质及其DNA分子身份证构建
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作者 丁艺冰 辛旭霞 +5 位作者 冯智尊 曹越 郭娟 Dipak K SANTRA 王瑞云 陈喜明 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期1181-1192,共12页
本研究以500份东北春播区糜子资源为材料,利用169个SSR标记,采用UPGMA聚类分组,进行分层抽样,构建核心种质,同时应用ID Analysis 4.0软件构建分子身份证。利用等位基因数(Na)等遗传多样性衡量指标评估核心种质的遗传差异,并利用PCOA分... 本研究以500份东北春播区糜子资源为材料,利用169个SSR标记,采用UPGMA聚类分组,进行分层抽样,构建核心种质,同时应用ID Analysis 4.0软件构建分子身份证。利用等位基因数(Na)等遗传多样性衡量指标评估核心种质的遗传差异,并利用PCOA分析核心种质。结果表明,对169对SSR引物进行筛选,发现30对多态性好,利用30对SSR引物构建的糜子核心种质包含190份材料,占全部种质的38%,全部种质与核心种质的均检测出91个等位变异,保留了100%等位基因;有效等位基因数为2.2977~2.9975和2.2872~3.0173,平均值分别为2.8198和2.8297;Shannon多样性指数为0.9532~1.0990和0.9535~1.1162,平均值为1.0645和1.0667;观测杂合度为0.3434~0.8037和0.3162~0.7849,平均值为0.5399和0.5359;期望杂合度为0.5654~0.6672和0.5645~0.6707,平均值为0.6448和0.6473;Nei’s基因多样性指数为0.5648~0.6664和0.5628~0.6686,平均值为0.6441和0.6452;多态性信息含量为0.6657~0.8356和0.6493~0.8340,平均值为0.7974和0.7944。全部种质与核心种质的分子标记的相关指标进行t检验,结果无显著性差异,且PCOA分析表明核心种质与全部种质具有相似的遗传多样性和群体结构,同时发现8个SSR标记(RYW5、RYW8、RYW16、RYW28、RYW40、RYW53、RYW62和RYW67)可区分190份核心种质,构建了东北糜子核心种质的分子身份证。 展开更多
关键词 糜子 东北春播区 SSR 核心种质 DNA分子身份证
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城市公园中风景感召的营造及其正面效益
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作者 王雨嘉 Anne Schutte 《中国城市林业》 2024年第2期96-103,共8页
在高密度城市背景下,公园扮演着为居民提供情感服务的重要角色。研究假设风景感召为一种有效获得正面情感价值的机制,通过建立一种人与风景的正面情感共鸣,使公园使用者的思绪超越眼前的理性事物,进入更广阔的情感空间;通过631份调查数... 在高密度城市背景下,公园扮演着为居民提供情感服务的重要角色。研究假设风景感召为一种有效获得正面情感价值的机制,通过建立一种人与风景的正面情感共鸣,使公园使用者的思绪超越眼前的理性事物,进入更广阔的情感空间;通过631份调查数据探讨风景感召在江西省南昌市鱼尾洲生态公园的存在情况、特征和正面影响。结果表明:风景感召在公园使用者中广泛存在,其特征与年龄、思维活跃度和思绪的时间属性呈相关性;白鹭作为一种引动风景感召的要素,其广泛的情感反应强度与公园的心理舒缓效果及人对环境的一系列正面态度有较强正相关性。因此,风景感召在公园情感效益营造中具有潜力,在设计和管理实践中,应有目的地创造和优化风景感召,以期服务好居民的心理健康需求,提升公园的综合价值。 展开更多
关键词 城市公园 风景感召 感受抽样 环境观点 鱼尾洲公园
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一种面向用户反馈的智能分析与服务设计方法 被引量:1
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作者 汪烨 周思源 +1 位作者 翁知远 陈骏武 《郑州大学学报(工学版)》 CAS 北大核心 2023年第3期56-61,共6页
针对用户评论数据,提出了一种面向用户反馈的智能分析与服务设计方法。该方法选取了IOS平台多个App的用户评论数据,对其进行智能挖掘和分类,分析其中的潜在需求。首先,分析用户需求类别,将划分的10个需求进行具体定义。其次,对用户数据... 针对用户评论数据,提出了一种面向用户反馈的智能分析与服务设计方法。该方法选取了IOS平台多个App的用户评论数据,对其进行智能挖掘和分类,分析其中的潜在需求。首先,分析用户需求类别,将划分的10个需求进行具体定义。其次,对用户数据进行爬取、清洗和标注,形成软件分类数据集。通过实验检验TextCNN、BiLSTM_Attention和BERT对用户评论数据智能分类的效果,将分类结果进行优先级排序。最后,将该方法封装成一种可重用的智能服务供使用者远程调用。实验结果表明:TextCNN模型综合效果最好,在单一指标Precision上,BERT模型效果最好;BERT模型利用并行计算优化训练过程,使其可拓展到大规模项目,在数据量大、精确性要求比较高的情况下,推荐BERT模型;反之,在应对数据小、时限紧的情况时,推荐TextCNN模型。 展开更多
关键词 需求分析 服务设计 服务计算 深度学习 用户反馈
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基于荧光SSR构建中国糜子核心种质DNA分子身份证 被引量:6
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作者 薛亚鹏 丁艺冰 +6 位作者 王宇卓 王晓丹 曹晓宁 Santra Dipak K 陈凌 乔治军 王瑞云 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期2249-2261,I0001-I0016,共29页
【目的】糜子(Panicum miliaceum L.)作为一种古老的粟类作物,种质丰富,基于荧光SSR标记构建其DNA分子身份证可为资源的数字化管理提供理论依据和分子检测工具。【方法】以235份中国糜子核心种质为试验材料,对山西农业大学农学院糜子作... 【目的】糜子(Panicum miliaceum L.)作为一种古老的粟类作物,种质丰富,基于荧光SSR标记构建其DNA分子身份证可为资源的数字化管理提供理论依据和分子检测工具。【方法】以235份中国糜子核心种质为试验材料,对山西农业大学农学院糜子作物分子育种课题组前期开发的糜子特异性SSR标记进行多次PCR筛选和优化后获取核心引物。基于糜子参考基因组信息,经过BLAST序列比对后将核心标记进行染色体定位。在SSR引物的5′端标注荧光(FAM/HEX),利用毛细管电泳给出材料的基因型,采用“0,1”二进制编码方式记录扩增条带的有无,使用ID Analysis 4.0检测材料的区分程度。采用十进制(0—9)统计扩增片段大小以获得材料的字符串分子身份证。使用Popgene、Powermarker、MEGA、NTSYS进行遗传多样性、遗传聚类和主成分分析。利用二维码在线软件(https://cli.im/)给出材料的二维码DNA分子身份证。【结果】PCR扩增结果发现,7个荧光SSR(RYW3、RYW6、RYW11、RYW18、RYW37、RYW43和RYW125)组合在一起可以将235份材料全部区分开。BLAST结果表明,RYW18、RYW37分布在第2染色体,分别位于0.60和0.80 cM处;RYW125位于第4染色体,定位在10.40 cM处;RYW43、RYW6分布在第5染色体,分别位于52.80和53.00 cM处;RYW11和RYW3定位在第6染色体,分别位于2.10和20.70 cM处。遗传多样性分析结果表明,235份材料在7个位点共检出87个等位变异,每个位点检出3(RYW11)—25(RYW6)个,平均为12.4286;检出Shannon多样性指数(I)变幅为0.2055(RYW18)—2.0587(RYW6),平均1.1398;观测杂合度(Ho)为0.0086(RYW11)—0.9455(RYW18);期望观测杂合度(He)为0.0795(RYW18)—0.7452(RYW6);Nei’s基因多样性指数(Nei)为0.0793(RYW18)—0.7452(RYW6);多态性信息含量(PIC)为0.0334(RYW11)—0.8071(RYW6),平均为0.5185。聚类分析和主成分分析均将材料划归8个类群。将电泳条带进行数字编码,利用7个标记组合,构建了全部材料的字符串和二维码DNA分子身份证。【结论】以235份中国糜子核心种质为试验材料,利用PCR扩增和毛细管电泳筛选到7个糜子荧光SSR核心标记。基于糜子参考基因组信息将上述标记定位在4条染色体上。利用上述标记扩增供试材料,给出遗传多样性衡量参数,基于遗传距离将材料聚为8个类群,主成分分析解决了聚类结果中出现的偏差。依照最少引物区分最多种质的原则,利用十进制编码方式给出材料的字符串DNA分子身份证,结合表型数据,利用二维码在线软件构建了全部材料的二维码DNA分子身份证。 展开更多
关键词 糜子 毛细管电泳 荧光SSR DNA分子身份证
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西北地区糜子资源抗旱性鉴定评价 被引量:1
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作者 兰倩 金拂晓 +4 位作者 陈凌 王海岗 Santra Dipak K 乔治军 王瑞云 《山西农业科学》 2023年第1期28-37,共10页
为了解西北地区糜子资源抗旱性差异,以40份来自该区的糜子资源为试验材料,用PEG6000胁迫模拟干旱条件,测定糜子芽期和苗期的抗旱性指标,并采用隶属函数、聚类分析、相关性分析等方法对各时期抗旱指标分析结果进行综合鉴定。结果表明,干... 为了解西北地区糜子资源抗旱性差异,以40份来自该区的糜子资源为试验材料,用PEG6000胁迫模拟干旱条件,测定糜子芽期和苗期的抗旱性指标,并采用隶属函数、聚类分析、相关性分析等方法对各时期抗旱指标分析结果进行综合鉴定。结果表明,干旱胁迫下糜子的各项测定指标较对照组均呈下降趋势,芽期变异系数较苗期变化大;获得芽期抗旱和较抗旱资源2份,分别为甘肃永登小黑糜(00002741)和新疆黄糜子(00003056),获得苗期抗旱资源6份,分别为宁夏黄糜(00006798)、甘肃张掖老黄糜子(00002684)、新疆黄糜子(00003056)、甘肃鼓鼓头糜(00007332)、青海黄糜子(00005574)和甘肃广河黄糜(00003041)。相关性分析表明,多数测定指标间相关性达极显著水平,其中,芽期的相对发芽率与相对发芽势间相关性较低,苗期的7个指标中除相对叶绿素含量外,相对根长、相对苗长、相对根鲜质量、相对根干质量、相对苗鲜质量、相对苗干质量6个指标间均呈极显著正相关,表明PEG胁迫对各性状指标作用效果明显。综合芽期、苗期抗旱鉴定得出,新疆黄糜子(00003056)是芽期和苗期均抗旱的品种,可用作该地区抗旱育种的优异亲本材料。 展开更多
关键词 糜子 抗旱性 隶属函数法 聚类分析法 相关性分析 芽期 苗期
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山西糜黍遗传差异评估及分子身份证构建 被引量:1
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作者 冯智尊 杨雅斐 +4 位作者 王海岗 陈凌 Santra Dipak K 王瑞云 乔治军 《山西农业科学》 2023年第10期1178-1188,共11页
应用微卫星标记对糜黍资源进行遗传多样性分析,确定其遗传背景,有利于资源的合理高效利用。以80份山西糜黍核心种质为材料,44个SSR标记为检测工具,利用软件PowerMarker 3.25和PopGen 1.32计算遗传多样性衡量参数,使用MEGA 11.0.10软件... 应用微卫星标记对糜黍资源进行遗传多样性分析,确定其遗传背景,有利于资源的合理高效利用。以80份山西糜黍核心种质为材料,44个SSR标记为检测工具,利用软件PowerMarker 3.25和PopGen 1.32计算遗传多样性衡量参数,使用MEGA 11.0.10软件绘制聚类图,使用NTSYSpc2.11a软件进行主成分分析,应用ID Analysis 4.0软件构建材料的DNA分子身份证。结果表明,80份材料在44个位点共检测出130个等位变异,平均每个位点检出3个;基于UPGMA聚类分析,80份材料划归4个类群(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ),分别以晋中市、忻州市、朔州市、忻州市材料为主。主成分分析将材料划归10类(G1~G10),其中,G1均来自大同市,G2均来自朔州市,G3均来自忻州市,G4均来自太原市,G5~G10分别来自阳泉市、晋中市、吕梁市、长治市、临汾市和运城市。综合多态性信息含量(PIC)和Shannon多样性指数(I)值得出,高于平均值的SSR引物有21对(RYW3、RYW7、RYW11、RYW14、RYW18、RYW26、RYW28、RYW29、RYW30、RYW31、RYW37、RYW39、RYW40、RYW49、RYW54、RYW56、RYW61、RYW62、RYW65、RYW67和RYW82)。利用ID Analysis 4.0软件分析,发现16个SSR(RYW62、RYW67、RYW56、RYW65、RYW61、RYW40、RYW37、RYW31、RYW82、RYW29、RYW28、RYW49、RYW39、RYW54、RYW18和RYW30)组合在一起可区分全部材料。通过在线二维码生成器,对试验材料的基本信息及字符串信息进行加工处理,可得到二维码DNA分子身份证。 展开更多
关键词 糜黍 SSR 遗传多样性 DNA分子身份证 山西
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糜子PmNAC1的克隆及生物信息学分析 被引量:1
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作者 辛旭霞 郑香然 +4 位作者 王海岗 陈凌 Santra Dipak K 王瑞云 乔治军 《山西农业科学》 2023年第10期1162-1169,共8页
糜子为禾本科草本植物,抗旱、耐盐碱、耐瘠、生育期短。为了给糜子抗逆分子育种提供候选基因,试验在前期转录组测序注释基因的基础上,利用糜子基因组染色体16上注释的NAC蛋白结构域比对得到PmNAC1基因的gDNA序列,通过PCR扩增、基因克隆... 糜子为禾本科草本植物,抗旱、耐盐碱、耐瘠、生育期短。为了给糜子抗逆分子育种提供候选基因,试验在前期转录组测序注释基因的基础上,利用糜子基因组染色体16上注释的NAC蛋白结构域比对得到PmNAC1基因的gDNA序列,通过PCR扩增、基因克隆获得糜子的核苷酸序列,使用在线软件ORF Finder Blast对糜子NAC编码蛋白的理化特性及结构等进行生物信息学分析。结果表明,PmNAC1基因全长1 634 bp,编码423个氨基酸,无信号肽和跨膜结构;二级结构中氨基酸主要由8个α-螺旋和14个β-折叠组成,为亲水性蛋白,保守位点在第73~211位氨基酸,共有59个磷酸化位点;超出水平线0.5的是糖基化位点;构建了糜子转录因子NAC氨基酸序列系统发育进化树,PmNAC1蛋白与柳枝稷CUC2的亲缘关系最近,二者的遗传变异系数为0.06。 展开更多
关键词 糜子 PmNAC1 克隆 生物信息学分析
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炎性细胞因子对肺血管内皮细胞与肺成纤维细胞三维立体培养基质金属蛋白酶2的影响 被引量:2
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作者 李超然 闫蕾 +7 位作者 王惠 王学锷 芦莎 谢琳霞 王青 朱运奎 于军 《陕西医学杂志》 CAS 2023年第7期920-924,共5页
目的:探讨炎性细胞因子在肺损伤和肺纤维化过程中与基质金属蛋白酶(MMPs)的相关性。方法:建立肺微血管内皮细胞(HPMEC)/肺成纤维细胞(HFL)+Ⅰ型胶原三维立体培养模型,以不同细胞因子刺激,采用明胶酶谱法检测MMP_(2)的活性,观察组肺细胞... 目的:探讨炎性细胞因子在肺损伤和肺纤维化过程中与基质金属蛋白酶(MMPs)的相关性。方法:建立肺微血管内皮细胞(HPMEC)/肺成纤维细胞(HFL)+Ⅰ型胶原三维立体培养模型,以不同细胞因子刺激,采用明胶酶谱法检测MMP_(2)的活性,观察组肺细胞分泌MMP_(2),各种细胞因子与MMP_(2)之间,以及各细胞因子之间的相互作用。结果:HFL是产生MMP_(2)的主要细胞,在白细胞介素-1β(IL-1β)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)和中性粒细胞弹性蛋白酶(NE)的刺激下产生更多的MMP_(2),白细胞介素-6(IL-6)不诱导HFL产生MMP_(2),HPMEC只能产生极微量的MMP_(2),且各种细胞因子均不能诱导HPMEC产生更多MMP_(2)。HFL与HPMEC混合三维立体培养下,TNF-α、IL-1β、NE能诱导产生多量的MMP_(2)。结论:在HFL与HPMEC混合3D培养条件下,炎性细胞因子TNF-α、IL-1β和NE可以诱导肺成纤维细胞产生大量MMP_(2),参与肺泡基质的降解损伤和致纤维化过程,IL-6不诱导MMP_(2)产生,它可能通过诱导IL-1β和TNF-α的生成起作用。 展开更多
关键词 急性肺损伤 细胞因子风暴 基质金属蛋白酶 三维立体培养 肺成纤维细胞 肺微血管内皮细胞
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黄瓜嫩果果皮叶绿素含量的遗传 被引量:22
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作者 孙小镭 王永强 +3 位作者 王冰 顾三军 王志峰 曹齐卫 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期327-331,共5页
选用 4个皮色性状不同的黄瓜品种配成正反杂交组合 8个 ,测定结果表明相同亲本正反交组合叶绿素含量差异不显著 ,表明黄瓜嫩果果皮叶绿素含量受核基因控制。应用植物数量性状主基因 +多基因混合模型 ,对黄瓜嫩果果皮叶绿素低含量品种‘... 选用 4个皮色性状不同的黄瓜品种配成正反杂交组合 8个 ,测定结果表明相同亲本正反交组合叶绿素含量差异不显著 ,表明黄瓜嫩果果皮叶绿素含量受核基因控制。应用植物数量性状主基因 +多基因混合模型 ,对黄瓜嫩果果皮叶绿素低含量品种‘海阳白皮’与高含量品种‘济宁秋黄瓜’杂交组合的 6个家系世代 (P1、F1、P2 、B1、B2 和F2 )进行群体叶绿素含量的多世代联合分析 ,结果显示 :该组合叶绿素含量的遗传受 2对加性—显性主基因 +加性—显性多基因 (E 2模型 )控制。其B1、B2 和F2 群体叶绿素含量主基因遗传率 (h2 mg% )分别为 83 94 %、 6 2 12 %和 86 98% ,多基因的遗传率 (h2pg% )为5 86 %~ 18 15 %。主基因中加性效应明显 ,第一对主基因的加性效应值显著高于第二对主基因的效应值 ,2对主基因对叶绿素含量的贡献率差异较大。两主基因的显性效应差异不大 ,分别为 2 776 2 (ha)和 2 3392(hb)。多基因效应主要表现为显性效应〔h〕 ,效应值为 - 5 5 2 4 展开更多
关键词 黄瓜 果实 颜色 叶绿素 遗传
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GC-RAIS:一种基于垃圾回收感知的固态盘阵列 被引量:10
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作者 吴素贞 陈晓熹 毛波 《计算机研究与发展》 EI CSCD 北大核心 2013年第1期60-68,共9页
垃圾回收操作会显著影响固态盘的性能,进而导致固态盘阵列的性能波动.为此,提出一种基于垃圾回收感知的磁盘阵列(GC-RAIS),充分利用固态盘的高随机读特性和固态盘阵列中的热备份盘,以减轻垃圾回收操作对固态盘阵列性能波动的负面影响.... 垃圾回收操作会显著影响固态盘的性能,进而导致固态盘阵列的性能波动.为此,提出一种基于垃圾回收感知的磁盘阵列(GC-RAIS),充分利用固态盘的高随机读特性和固态盘阵列中的热备份盘,以减轻垃圾回收操作对固态盘阵列性能波动的负面影响.当固态盘阵列中某个固态盘正在处理垃圾回收操作时,对于到达该固态盘的读请求采用重构方式处理,即读取同一条带上其他固态盘上的数据重构得到,而对于到达该固态盘的写请求则将写数据临时存放在热备盘中,并更新相应的校验信息.当垃圾回收过程结束后,将被重定向的写数据写回到正确的固态盘中.仿真实验结果表明相对局部垃圾回收LGC策略和全局垃圾回收GGC策略,GC-RAIS分别减少用户I/O请求的平均响应时间达55%和25%. 展开更多
关键词 固态盘阵列 垃圾回收 性能波动 读重建 写重定向
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电极平动式电解孔加工技术研究 被引量:23
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作者 朱荻 曲宁松 Rajurkar K P ZengJ 《机械工程学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2001年第5期105-109,共5页
从电解液流动角度对影响电解孔加工过程的主要原因进行了分析 ,提出利用电极平动来改善电解加工过程稳定性和提高加工精度 ,研制了电极平动系统 ,进行了加工试验。试验结果表明 ,电极的平动运动使得电解液分布变得均匀 ,消除了空穴和分... 从电解液流动角度对影响电解孔加工过程的主要原因进行了分析 ,提出利用电极平动来改善电解加工过程稳定性和提高加工精度 ,研制了电极平动系统 ,进行了加工试验。试验结果表明 ,电极的平动运动使得电解液分布变得均匀 ,消除了空穴和分离流等弊端 ,改进了过程稳定性 ,显著提高了加工精度。 展开更多
关键词 电解加工 孔加工 电极平动 加工精度 稳定性
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经导管注射微泡介导的体外超声溶栓实验 被引量:6
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作者 郭梦娇 高顺记 +3 位作者 屠娟 刘政 章东 谢峰 《中国介入影像与治疗学》 CSCD 北大核心 2015年第3期169-173,共5页
目的探讨经导管血栓内注射微泡对体外超声溶栓的增强作用。方法取新鲜人血血栓40份分为4组,每组10份,实验1组:血栓内注射尿激酶和微泡+超声,对照1组:血栓内注射尿激酶和微泡+超声假照;实验2组:经外周循环注射尿激酶和微泡+超声;对照2组... 目的探讨经导管血栓内注射微泡对体外超声溶栓的增强作用。方法取新鲜人血血栓40份分为4组,每组10份,实验1组:血栓内注射尿激酶和微泡+超声,对照1组:血栓内注射尿激酶和微泡+超声假照;实验2组:经外周循环注射尿激酶和微泡+超声;对照2组:经外周循环注射尿激酶和微泡+超声假照,比较4组的溶栓率。超声频率1.0MHz,声压512kPa。另用超声激励MBDiO释放,观察治疗后血栓内荧光分布与强度。结果实验1组的溶栓率(37.70%±3.17%)显著高于实验2组(11.67%±1.13%)、对照1组(14.37%±2.22%)及对照2组(7.90%±0.68%,P<0.05)。血栓内注射微泡后,内可见大片强回声后伴声影,治疗后强回声区在血栓内有扩散。激光共聚焦显微镜观察实验1组治疗后血栓内可见大量明亮荧光信号分布,而实验2组治疗后的血栓内部基本无荧光信号。结论血栓内注射微泡和尿激酶介导的超声溶栓率显著高于经静脉给药方法。 展开更多
关键词 血栓形成 微泡导入法 溶栓
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牛SNP芯片分型检出率和分型错误率对基因型填充准确率的影响 被引量:3
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作者 李智 何俊 +4 位作者 蒋隽 Richard G.Tait Jr. Stewart Bauck 过伟 吴晓林 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期644-652,共9页
SNP芯片已被广泛应用于动植物的遗传研究和生产实践,其基因分型的准确性至关重要。但在实际应用中,常有一定数量的基因型因缺失而需要去估计(填充)。此外,由于各种原因,又常常需要在不同芯片的基因型之间相互填充彼此没有的SNP基因型,... SNP芯片已被广泛应用于动植物的遗传研究和生产实践,其基因分型的准确性至关重要。但在实际应用中,常有一定数量的基因型因缺失而需要去估计(填充)。此外,由于各种原因,又常常需要在不同芯片的基因型之间相互填充彼此没有的SNP基因型,或从低密度SNP填充到高密度SNP基因型。因此,基因型填充准确率直接影响后续数据分析的准确性和可靠性。为深入了解基因型填充准确率的影响因素,本研究利用20 116头美国荷斯坦牛的50K SNP芯片基因分型数据,在SNP分型检出率与错误率存在相关和没有相关两种情形下,分别评估了上述两个因素对下游基因型填充准确率的影响。当两者不相关时,模拟的SNP分型检出率从100%降低到50%,SNP分型错误率由0%提升到50%。当两者存在相关时,基因分型的检出率和错误率之间的关系是基于一个实际数据中这两个变量之间的线性回归方程来确定,即模拟的SNP分型检出率从100%降低到50%,SNP分型错误率从0%升高到13.35%。最后,采用5折交叉验证的方法评估基因型填充的准确率。结果表明,当原始数据的SNP分型检出率与错误率彼此独立发生时,基因型填充的错误率受原始SNP分型检出率影响不大(P>0.05),却随着原始SNP分型错误率的升高而显著提高(P<0.01)。当原始数据的SNP分型检出率与错误率存在负相关时,基因型填充的错误率随着原始SNP分型检出率的降低而显著提高(P<0.01)。在这两种情形下,建议SNP分型检出率应在90%以上,基因型填充准确率才能不低于98%。该结果可为提升实际的SNP分型和下游数据分析的质控提供参考依据。 展开更多
关键词 SNP芯片 基因型分型 填充准确率 检出率 错误率
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机械振动对吸收式制冷强化作用的理论与试验研究 被引量:3
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作者 申江 邹国文 +3 位作者 王建民 Josephine Lau 申子奇 孙欢 《流体机械》 CSCD 北大核心 2016年第3期59-64,共6页
针对吸收式制冷机的传热传质过程,提出了一种通过振动来强化其过程的方法。搭建了相关的试验台,将一台吸收式制冷机组放置在一个电动振动台上,电动振动台的频率和振幅可调节,对吸收式制冷机组在振动情况下的运行情况进行了试验研究,探... 针对吸收式制冷机的传热传质过程,提出了一种通过振动来强化其过程的方法。搭建了相关的试验台,将一台吸收式制冷机组放置在一个电动振动台上,电动振动台的频率和振幅可调节,对吸收式制冷机组在振动情况下的运行情况进行了试验研究,探究振动对其传热传质的强化效果。 展开更多
关键词 机械振动 吸收式制冷 降膜吸收 传热传质
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中美地下水资源开发利用对比分析 被引量:9
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作者 李璇 束龙仓 CHEN Xunhong 《水文地质工程地质》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期37-43,共7页
中国和美国分别作为发展中国家和发达国家的代表,两国开发利用地下水较早,在地下水开发利用过程中积累了丰富的经验。通过介绍两国地下水资源开发利用的现状,揭示其多年地下水用水量的变化规律,并进行对比分析。结果表明:近年来,两国地... 中国和美国分别作为发展中国家和发达国家的代表,两国开发利用地下水较早,在地下水开发利用过程中积累了丰富的经验。通过介绍两国地下水资源开发利用的现状,揭示其多年地下水用水量的变化规律,并进行对比分析。结果表明:近年来,两国地下水用水量仍超过1000×10~8m^3/a,地下水用水量占总用水量的比例均为20%左右,其中约有60%用于农业灌溉,三个指标整体上均呈现减少趋势。在人口、人均GDP和有效灌溉面积三个影响因素中,两国地下水用水量的首要影响因素均是有效灌溉面积。调水工程的兴建,可缓解地下水开采压力,有效地减少了地下水用水量。与美国相比,中国的用水效率较低,今后应进一步推广节水技术,加强地下水资源管理。 展开更多
关键词 地下水资源 开发利用 中国 美国
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