大肠杆菌与酵母菌基因特定序列信息参量的研究

提出核酸序列的矩阵表示形式,按位点定义了有生物学意义的信息参数M1(l)、M2(l)和M3(l)。着重研究了不同表达水平的大肠杆菌(Escherichiacoli,E.coli)的SD序列(Shine -Dalgarnoregion,SD)以及大肠杆菌(E.coli)和酵母菌(Yeast)基因起始、终止密码子邻近区域核酸序列的碱基关联性与保守性。并求出相应矩阵的本征值 ,给出了信息参量与基因表达水平的关系。发现信息参量体现了原核生物和真核生物翻译起始区域的显著差异 。

E.coli和Yeast基因起始与终止密码子邻近序列碱基保守性、关联性的对比研究

计算E .coli和Yeast基因起始与终止密码子邻近序列单碱基、相邻双碱基、相邻三碱基的碱基出现概率得出的M1(l)、M2 (l)、M3 (l)值 ,很好地体现了原核生物E .coli和真核生物Yeast翻译起始区域的显著差异 ;矩阵P的本征值之和 ,可作为衡量不同生物基因碱基保守性、关联性强弱程度的一个指标 .

λ噬菌体调节蛋白与操纵基因相互作用的研究

根据 λ噬菌体调节蛋白和特异的 DNA部位的相互作用提出一种线性三位点的结合模型 ,从理论上解释了调节蛋白结合左右操纵基因的协同性 ,得出耦合自由能的分配 .

鱼抗冻糖蛋白AFGP7－8的热滞研究

分析了鱼抗冻糖蛋白（ＡＦＧＰ７－８）的结构特点及在溶液中的特性，计算了ＡＦＧＰ７－８溶液的热滞，理论结果与实验数据较好地符合．

植物病毒增殖的数值研究与转基因植株的抗病毒机理

通过计算机模拟病毒增殖过程并结合对基因组ＲＮＡ高级结构的预测，对烟草花叶病毒增殖中的负链特异终止现象给出了理论解释，阐明了植物病毒交叉保护和转基因植物抗病毒机理，所得结论为设计新的研究转基因植物抗病毒机理的实验方案提供了思路．

热滞蛋白活性的化学动力学的进一步研究

根据热滞蛋白溶液中抗冻分子与冰晶表面相互作用特点，提出了热滞蛋白在冰晶表面吸附的动力学理论，导出了热滞蛋白活性的表达式．计算了各种热滞蛋白溶液的热滞值，得到了与实验结果符合较好的结论。

抗冻(糖)蛋白聚合吸收模型(部分一)──热滞的热动力学理论(英文)

通过提出的聚合吸收模型分析了抗冻（糖）蛋白（ＡＦＧＰ／ＡＦＰ）的抗冻机理，导出了计算抗冻（糖）蛋白溶液热滞的热动力学理论．

植物病毒增殖的超循环理论与抗病毒植物基因工程

考虑了两个典型的植物病毒ＴＭＶ和ＰＶＹ，从病毒基因组的复制、翻译和组装各个环节的反应方程出发得到了病毒增殖的动力学方程，这组方程是Ｅｉｇｉｎ超循环理论在病毒ＲＮＡ增殖系统中的应用和发展．通过方程可以对植物病毒增殖中的一些现象和转基因植物抗病毒机理给出理论解释．

肌肉收缩及自发振动的动力学理论

改变实验条件,肌纤维可发生从收缩到自发振动的相变。为了研究这一现象,引进了描述肌纤维内部弹性成分拉伸长度与张力关系的表达式,利用肌肉态方程并考虑肌纤维的特殊结构,给出了描述肌纤维收缩及自发振动的统一动力学方程。从动力学方程出发,肌纤维自发振动的发生条件得到了自然解释,所给出的振动周期和振动曲线同实验结果相符,并给出了一些新的理论结果。这一工作的意义在于,完成了从肌球蛋白单分子性质、肌纤维组织结构到肌纤维功能的信息整合。

肌球蛋白工作循环的一个新模型

分析总结关于分子马达肌球蛋白的最新研究结果 ,给出一个新的肌球蛋白工作循环的机械化学偶联模型 .从新模型出发 ,用一组化学动力学方程描述肌肉中大量肌球蛋白的集体工作行为 .利用动力学方程的非平衡定态解 ,并结合Pate和Cooke的实验结果得到了力作为变量的肌肉态方程 .理论结果同热力学原理一致 ,与传统的肌肉收缩理论有一定区别 .根据肌肉的特殊结构 。

别构酶活性调节的一种新模型

根据别构酶活性调节的过程，提出一种配体反应调节生物活性的新别构酶模型，从理论上证明了 Ｍ Ｗ Ｃ 模型是本模型的一种特殊情况．该模型不仅能够解释别构酶调节酶活性中的协同性效应。

热滞蛋白界面吸收反应的动力学描述

通过热滞蛋白在冰晶表面吸附反应的动力学过程，给出了热滞蛋白活性与其溶液浓度的关系．理论结果与实验数据较好地符合．

热滞蛋白界面吸附反应的协同性效应

在热滞蛋白与冰晶表面吸附的动力学过程的基础上，进一步考虑热滞蛋白界面吸附的协同性效应，得到热滞蛋白浓度与其热滞活性的理论关系，并计算了有效协同系数的值；同时，由吸附速率常数对温度的变化获得了热滞蛋白激活能，理论结果与实验较好符合．

分子序列的突变危险性与遗传密码的编码规则

定义了分子序列（碱基序列和对应的氨基酸序列）的突变危险性函数；通过危险性函数的极小化可以导出遗传密码的简并规则，终止密码子在密码表上的位置及亲－疏水畴排布，氨基酸在密码表上的定位接近标准密码表．各个生物类别的突变危险性函数值差别不超过５％ ，可看作守恒量．Ｒａｓ 家族癌基因产物具有较大的突变危险性函数值，这提示分子序列的突变危险性函数可能有重要的应用价值和理论意义．

核酸序列的矩阵表示

提出了用矩阵形式一对一地表示核酸序列的方法．发现通过矩阵运算很容易得到描述核酸序列中单碱基出现概率和碱基相关出现概率的矩阵和值，并且很易推广到多个碱基关联的情况．对于核酸序列的编码区，用这种矩阵方法计算出密码子的使用频率．而且发现用矩阵方法比较核酸序列的同源性非常直观．

需氧恶性杆菌和海栖热袍菌基因组中第一ATG规则的检验

将第一ATG规则用于需氧恶性杆菌(A.pernix)和海栖热袍菌(T.maritima)两类细菌基因组中,用已知的ORF(包含已知基因编码区)进行检验,其结果对以ATG起始的ORF序列,正确率分别为100%,89.9%;并对两种细菌基因组中L-Ter到第一ATG之间的距离作了相应的统计分析,结果表明:非ATG起始的ORF中,L-Ter到第一ATG之间的平均距离是以ATG起始的4至5倍,很可能是非ATG起始的ORF的一个重要序列特征;分析了两种细菌终止密码子在L-Ter和Ter中的使用频率,发现在Ter中终止密码子使用的偏置程度比在L-Ter中大.

鱼抗冻多肽溶液中冰晶生长习性

分析了鱼抗冻多肽分子的结构特点和鱼抗冻多肽溶液中抗冻多肽分子（ＡＦ（Ｇ）Ｐ）与冰晶表面的相互作用机理．提出了鱼抗冻多肽溶液中的冰晶生长理论．合理地解释了冰晶生长的各向异性习性．并给出了周期性键链理论的一个定量形式．

抗冻(糖)蛋白聚合吸收模型(部分二)──热滞的定量结果和生长速率(英文)

分析了抗冻溶液中冰晶界面层的特性，给出了热滞的定量结果，定量计算了冰晶生长速率，解释了抗冻（糖）蛋白溶液中冰晶生长的各向异性特点和生长速率，这些结果与实验数据很好地符合．

别构酶活性调节的异位效应模型

考虑调节剂结合别构酶的异位效应 。

非同源球蛋白三级结构预测

研究了主链二面角的统计分布，在Ｒａｍａｃｈａｎｄｒａｎ图上将二面角（ ，ψ）分成６个区域．对于每一残基，考虑其前后残基的影响后，给出在这些区域中出现的相对几率．根据Ｂｏｌｔｚｍａｎｎ原理，由几率导出能量．再考虑非局域的蛋白质整体性质（结构含量、疏水作用等）对系统能量的贡献，由能量极小化定出结构．对（ ，ψ）的预测成功率为５３．４％．若由结构含量实测值出发，可使预测成功率达５７．３％．亲疏水氨基酸在球蛋白中分布的符合率为５１％．讨论了由（ ，ψ）分区值导出整体结构的问题．