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杏RPW8基因家族鉴定与表达量分析
被引量:
4
1
作者
许靖诗
王广军
+1 位作者
额尔敦达来
乌云塔娜
《中南林业科技大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第10期123-131,共9页
RPW8(Resistance to powdery mildew 8)不但对拟南芥白粉菌有抗性作用,同时也对烟草白粉菌、拟南芥霜霉菌和烟草花叶病毒等多种植物寄生性病原体都表现出较高的抗性,具有广谱抗病性。以杏全基因组数据为基础,鉴定RPW8家族成员,分析基因...
RPW8(Resistance to powdery mildew 8)不但对拟南芥白粉菌有抗性作用,同时也对烟草白粉菌、拟南芥霜霉菌和烟草花叶病毒等多种植物寄生性病原体都表现出较高的抗性,具有广谱抗病性。以杏全基因组数据为基础,鉴定RPW8家族成员,分析基因家族特点及不同组织中表达量分析,有利于更加深入了解RPW8基因家族功能,为杏抗白粉病基因挖掘和抗白粉病育种提供理论参考。通过SMS、GSDS2.0、Expasy-protparam、MEME、MAGA6.0、TBtool等生物信息学工具对RPW8基因家族的核酸序列的特征、基因结构、蛋白质理化性质、蛋白保守结构域、家族系统进化关系、表达量等进行分析和预测。结果表明:从杏中共鉴定出16个RPW8家族基因,分别命名为LWMRPW8-1~LWMRPW8-16,内含子数量小于6个,16个基因的全长为360~4 864 bp,碱基G+C含量为37.39%~46.89%,碱基A+T的含量为53.11%~62.61%;杏RPW8基因家族编码的氨基酸分子量为13 653.93~92 617.92 Da,理论等电点为5.42~9.47,蛋白质不稳定性指数为22.94~61.18,氨基酸组成成分以亮氨酸(Leu)赖氨酸(Lys)为主;保守结构域分析结果显示杏RPW8家族主要含有10个Motify,其中Motif8、Motif9为特征结构域;系统进化树分析显示,蔷薇科植物RPW8家族基因聚为一类,LWMRPW8-7与拟南芥、杨树基因聚为一类。对杏RPW8基因在不同组织中的表达分析结果显示,16个基因在花、花芽、叶片、果肉、果仁中的表达量呈现较大差异。
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关键词
杏
RPW8
基因家族
表达量
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职称材料
题名
杏RPW8基因家族鉴定与表达量分析
被引量:
4
1
作者
许靖诗
王广军
额尔敦达来
乌云塔娜
机构
北海市
林业
技术推广站(林木种苗管理站)
广西北海滨海国家湿地公园管理处
内蒙古自治区赤峰市巴林右旗巴彦塔拉苏木政府林业站
中国
林业
科学研究院经济林研究开发中心
出处
《中南林业科技大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第10期123-131,共9页
基金
中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金“仁用杏提质增效关键技术研究”(CAFYBB2017ZA004-7)
科技部林业公益项目(201504413)
文摘
RPW8(Resistance to powdery mildew 8)不但对拟南芥白粉菌有抗性作用,同时也对烟草白粉菌、拟南芥霜霉菌和烟草花叶病毒等多种植物寄生性病原体都表现出较高的抗性,具有广谱抗病性。以杏全基因组数据为基础,鉴定RPW8家族成员,分析基因家族特点及不同组织中表达量分析,有利于更加深入了解RPW8基因家族功能,为杏抗白粉病基因挖掘和抗白粉病育种提供理论参考。通过SMS、GSDS2.0、Expasy-protparam、MEME、MAGA6.0、TBtool等生物信息学工具对RPW8基因家族的核酸序列的特征、基因结构、蛋白质理化性质、蛋白保守结构域、家族系统进化关系、表达量等进行分析和预测。结果表明:从杏中共鉴定出16个RPW8家族基因,分别命名为LWMRPW8-1~LWMRPW8-16,内含子数量小于6个,16个基因的全长为360~4 864 bp,碱基G+C含量为37.39%~46.89%,碱基A+T的含量为53.11%~62.61%;杏RPW8基因家族编码的氨基酸分子量为13 653.93~92 617.92 Da,理论等电点为5.42~9.47,蛋白质不稳定性指数为22.94~61.18,氨基酸组成成分以亮氨酸(Leu)赖氨酸(Lys)为主;保守结构域分析结果显示杏RPW8家族主要含有10个Motify,其中Motif8、Motif9为特征结构域;系统进化树分析显示,蔷薇科植物RPW8家族基因聚为一类,LWMRPW8-7与拟南芥、杨树基因聚为一类。对杏RPW8基因在不同组织中的表达分析结果显示,16个基因在花、花芽、叶片、果肉、果仁中的表达量呈现较大差异。
关键词
杏
RPW8
基因家族
表达量
Keywords
Apricot
RPW8
gene family
gene expression
分类号
S727.3 [农业科学—林木遗传育种]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
杏RPW8基因家族鉴定与表达量分析
许靖诗
王广军
额尔敦达来
乌云塔娜
《中南林业科技大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019
4
下载PDF
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已选择
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