蛋白质相互作用的生物信息学研究进展

生命过程的分子基础在于生物分子之间的相互作用,其中蛋白质分子之间的相互作用占有极其重要的地位。研究蛋白质相互作用对于理解生命的真谛、探讨致病微生物的致病机理,以及研究新药提高人们的健康水平具有重要的作用。用生物信息学的方法研究蛋白质的相互作用已经取得了许多重要的成果,但也有很多问题还需解决。本文从蛋白质相互作用的数据库、预测方法、可预测蛋白质相互作用的网上服务、蛋白质相互作用网络等几方面,对蛋白质相互作用的生物信息学研究成果及其存在的问题做了概述。

细菌外毒素序列中特有模体的识别及其基因本体注释分析

【目的】识别细菌外毒素序列中特有模体,进一步理解外毒素的致病机制。【方法】构建非致病性细菌蛋白质数据库,利用InterProScan对数据库中非致病菌蛋白质序列以及收集的经实验确认的89条细菌外毒素蛋白质序列进行模体搜索。【结果】在89条细菌外毒素序列中,分析得到了39个细菌外毒素特有模体。【结论】得到的外毒素特有模体与外毒素功能密切相关,为在致病性细菌基因组内搜索外毒素序列奠定了基础;同时通过对外毒素特有模体的基因本体（Gene ontology,GO）注释分析,进一步阐明了细菌外毒素的致病机制。