为探究tent5c/fam46c基因(Family with sequence similarity 46c,家族序列相似性46 c)在斑马鱼(Danio rerio)肌间刺发育中的作用,选取11种鱼类分析tent5c系统演化特征,采用原位杂交技术和qRT-PCR分析tent5c基因在斑马鱼发育中的时空表...为探究tent5c/fam46c基因(Family with sequence similarity 46c,家族序列相似性46 c)在斑马鱼(Danio rerio)肌间刺发育中的作用,选取11种鱼类分析tent5c系统演化特征,采用原位杂交技术和qRT-PCR分析tent5c基因在斑马鱼发育中的时空表达特征,并利用CRISPR/Cas9建立了斑马鱼tent5c基因敲除纯合突变系(tent5c^(-/-)),对其骨骼表型和肌肉转录组进行分析。结果显示,tent5c编码TENT5C氨基酸在不同鱼类中具有高度的保守性,但在无肌间刺鱼类里发生了相同的氨基酸替换;tent5c基因在48hpf(Hours post fertilization)斑马鱼的眼睛和肌隔表达,在60dpf(Days post fertilization)斑马鱼的脊椎和肌间刺特异高表达。与野生型斑马鱼相比,tent5c^(-/-)斑马鱼肌间刺表现为生长减缓,矿化程度降低以及数量减少。比较转录组结果表明,在tent5c基因敲除之后,斑马鱼肌肉组织有112个基因表达下调,118个基因表达上调。差异基因主要富集于肌肉收缩和骨骼发育等相关通路,由此推测tent5c可能是通过调控这些肌肉和骨骼相关通路来对肌间刺发育产生影响。研究初步表明了tent5c基因在斑马鱼肌间刺发育中的作用,为进一步研究鱼类肌间刺等骨骼发育的分子调控机制提供了科学依据。展开更多
大型底栖动物完整性指数(Benthic index of biotic integrity,B⁃IBI)是广泛应用的河流生态健康评价方法,然而从时间尺度(月份、年际变化)上评价B⁃IBI适用性的研究较少。有鉴于此,于2013-2015年期间,每年在5月、7月、8月和10月分别对新...大型底栖动物完整性指数(Benthic index of biotic integrity,B⁃IBI)是广泛应用的河流生态健康评价方法,然而从时间尺度(月份、年际变化)上评价B⁃IBI适用性的研究较少。有鉴于此,于2013-2015年期间,每年在5月、7月、8月和10月分别对新疆伊犁河大型底栖动物群落结构进行系统调查,并构建底栖动物完整性指数,评价河流水体的健康状况,同时评价其在时间尺度上的影响。非度量多维尺度分析(Non-metric multidimensional scaling,NMDS)显示,伊犁河不同月份的大型底栖动物群落结构相似度较高。通过对群落丰富度、种类个体相对丰度、功能摄食群、耐污能力、小生境质量和生物多样性指数等6个大类共计30个候选参数进行筛选,选取EPT(蜉蝣目、襀翅目、毛翅目)分类单元数、蜉蝣目个体相对丰度、耐污类群的个体相对丰度、生物指数(Biotic index,BI)以及黏附者个体相对丰度为伊犁河流域B⁃IBI健康评价体系的核心指标。B⁃IBI的评价等级为:B⁃IBI>3.38为健康,2.53-3.38为亚健康,1.69-2.53为一般,0.84-1.69为差,B⁃IBI值≤0.84为极差。结果显示,伊犁河8个典型样点中,6个采样点健康状况为健康或者亚健康,2个采样点为一般。总体上伊犁河健康状况较好,其中支流巩乃斯河和喀什河的健康状况要好于伊犁河干流和支流特克斯河。不同月份的B⁃IBI值无显著性差异(P>0.05),表明伊犁河流域整体健康状况不受季节变化的重要影响。2013年与2015年B⁃IBI值差异显著(P<0.05),伊犁河健康状况存在逐年变好的趋势,河流的生物健康评价需要开展长期的监测才能较全面的反映河流健康状况。参照点整体上的B⁃IBI值显著高于受损点的B⁃IBI值,表明B⁃IBI健康评价体系在伊犁河流域的良好适用性。该研究将从时间尺度上为基于B⁃IBI的河流健康评价方法提供理论参考。展开更多
文摘为探究tent5c/fam46c基因(Family with sequence similarity 46c,家族序列相似性46 c)在斑马鱼(Danio rerio)肌间刺发育中的作用,选取11种鱼类分析tent5c系统演化特征,采用原位杂交技术和qRT-PCR分析tent5c基因在斑马鱼发育中的时空表达特征,并利用CRISPR/Cas9建立了斑马鱼tent5c基因敲除纯合突变系(tent5c^(-/-)),对其骨骼表型和肌肉转录组进行分析。结果显示,tent5c编码TENT5C氨基酸在不同鱼类中具有高度的保守性,但在无肌间刺鱼类里发生了相同的氨基酸替换;tent5c基因在48hpf(Hours post fertilization)斑马鱼的眼睛和肌隔表达,在60dpf(Days post fertilization)斑马鱼的脊椎和肌间刺特异高表达。与野生型斑马鱼相比,tent5c^(-/-)斑马鱼肌间刺表现为生长减缓,矿化程度降低以及数量减少。比较转录组结果表明,在tent5c基因敲除之后,斑马鱼肌肉组织有112个基因表达下调,118个基因表达上调。差异基因主要富集于肌肉收缩和骨骼发育等相关通路,由此推测tent5c可能是通过调控这些肌肉和骨骼相关通路来对肌间刺发育产生影响。研究初步表明了tent5c基因在斑马鱼肌间刺发育中的作用,为进一步研究鱼类肌间刺等骨骼发育的分子调控机制提供了科学依据。
文摘大型底栖动物完整性指数(Benthic index of biotic integrity,B⁃IBI)是广泛应用的河流生态健康评价方法,然而从时间尺度(月份、年际变化)上评价B⁃IBI适用性的研究较少。有鉴于此,于2013-2015年期间,每年在5月、7月、8月和10月分别对新疆伊犁河大型底栖动物群落结构进行系统调查,并构建底栖动物完整性指数,评价河流水体的健康状况,同时评价其在时间尺度上的影响。非度量多维尺度分析(Non-metric multidimensional scaling,NMDS)显示,伊犁河不同月份的大型底栖动物群落结构相似度较高。通过对群落丰富度、种类个体相对丰度、功能摄食群、耐污能力、小生境质量和生物多样性指数等6个大类共计30个候选参数进行筛选,选取EPT(蜉蝣目、襀翅目、毛翅目)分类单元数、蜉蝣目个体相对丰度、耐污类群的个体相对丰度、生物指数(Biotic index,BI)以及黏附者个体相对丰度为伊犁河流域B⁃IBI健康评价体系的核心指标。B⁃IBI的评价等级为:B⁃IBI>3.38为健康,2.53-3.38为亚健康,1.69-2.53为一般,0.84-1.69为差,B⁃IBI值≤0.84为极差。结果显示,伊犁河8个典型样点中,6个采样点健康状况为健康或者亚健康,2个采样点为一般。总体上伊犁河健康状况较好,其中支流巩乃斯河和喀什河的健康状况要好于伊犁河干流和支流特克斯河。不同月份的B⁃IBI值无显著性差异(P>0.05),表明伊犁河流域整体健康状况不受季节变化的重要影响。2013年与2015年B⁃IBI值差异显著(P<0.05),伊犁河健康状况存在逐年变好的趋势,河流的生物健康评价需要开展长期的监测才能较全面的反映河流健康状况。参照点整体上的B⁃IBI值显著高于受损点的B⁃IBI值,表明B⁃IBI健康评价体系在伊犁河流域的良好适用性。该研究将从时间尺度上为基于B⁃IBI的河流健康评价方法提供理论参考。