基于因特网的常用化合物活性数据库简介

随着互联网技术的不断发展,使在线资源变得丰富而便于查询。对于科研工作者来说,在线免费检索化合物结构与活性变得更方便快捷。本文介绍了几个常用的化合物活性数据库,并对其站点,内容,检索方式以及各自特点等做了简要阐述。其中PubChem、ChemBank和ChEBI是关于小分子生物活性的公共数据库,eMolecules和ChemExper是关于商购化合物的数据库,他们的检索方式主要有文本检索和结构检索。DrugBank是1个包含药物的结构、药效、作用靶标等信息的综合数据库,有ChemQuery、TextQuery、SeqSearch和Data Extractor,4种检索形式。ZINC数据库是1个免费的用于虚拟筛选的化合物数据库,主要进行化合物结构检索。ADME/Tox Boxes和Molinspiration Cheminformatics是对分子性质进行计算和预测的数据库,用户可以通过分子结构的输入或SMILES进行检索。

芳香/杂环磺胺类碳酸酐酶Ⅱ抑制剂的活性定量预测(英文)

对125个磺胺类碳酸酐酶Ⅱ抑制剂的生物活性进行了预测研究。利用ADRIANA.Code软件计算得到了化合物的一系列2D和3D结构描述符,从中选用了12个描述符进行建模。分别用数学随机划分的方法和Kohonen自组织神经网络的方法把数据集划分成两组不同的训练集和测试集。对于这两组不同的训练集和测试集,分别利用多元线性回归(MLR)和支持向量机(SVM)的方法进行建模,共得到4个模型。其中SVM得到的2个模型,训练集的相关系数在0.92以上,测试集预测的相关系数都在0.90以上。所有模型可进一步用于碳酸酐酶Ⅱ抑制剂的虚拟筛选。