临床生物样本库信息系统建设与发展

随着转化医学的快速发展,临床生物样本库的作用日益凸显,其建设和应用日益受到关注和重视。信息管理系统是样本库的核心部分,其建设应立足于支撑样本库的运营、管理和服务全过程,通过建立样本信息数据采集流程、数据集成与交换系统及安全系统,形成一体化整合数据库和公共门户网站,实现生物样本、临床资料和分子数据等各种资源的高效管理和全面共享。

BD Phoenix^(TM)酵母菌鉴定板对临床分离酵母菌鉴定能力的评估

目的评估BD PhoenixTM酵母菌鉴定板对酵母菌的鉴定能力。方法选取白念珠菌18株,热带念珠菌22株,光滑念珠菌19株,克柔念珠菌8株,近平滑念珠菌20株,新生隐球菌14株,季也蒙念珠菌4株,平常念珠菌1株,葡萄牙念珠菌1株,头状地霉2株,挪威念珠菌1株,链状念珠菌1株,乳酒念珠菌1株,希木龙念珠菌1株,解脂念珠菌3株,皱褶念珠菌1株,菌膜念珠菌3株,共计120株。借助PhoenixTM100全自动微生物鉴定仪,使用BD PhoenixTM酵母菌鉴定板鉴定上述菌株。用真菌通用引物ITS1与ITS4对所有受试菌株的rDNA进行PCR扩增,对PCR产物进行序列测定、分析并作为金标准与BD PhoenixTM酵母菌鉴定板的结果比较,同时使用MALDI-TOF MS质谱分析对试验菌株进行菌种鉴定。结果 BD PhoenixTM酵母菌鉴定板除了对1株挪威念珠菌、1株平常念珠菌、1株解脂念珠菌、1株皱褶念珠菌未能鉴定以及1株链状念珠菌、1株克柔念珠菌、2株菌膜念珠菌、1株解脂念珠菌鉴定错误外其余试验菌株鉴定均正确,鉴定准确率为92.5%。所有鉴定结果均在17 h内获得,而白念珠菌、热带念珠菌、近平滑念珠菌的鉴定时间均小于6 h,并且不受推荐培养基的限制。所有菌株MALDI-TOF MS的鉴定结果与其rDNA ITS序列分析的结果完全一致。结论 BD PhoenixTM酵母菌鉴定板对多数酵母菌能够快速准确地鉴定到种,但对某些少见酵母菌的鉴定能力有待进一步考证。

利用蛋白质组学筛选肾透明细胞癌肿瘤标志物

目的:通过蛋白质组学筛选和验证肾透明细胞癌中潜在肿瘤标志物。方法:采用比较蛋白质组学方法筛选正常肾组织和肾细胞癌(renal cell carcinoma,RCC)组织中的差异表达蛋白,通过二维差异凝胶电泳(two-dimensional difference gel electrophoresis,2D-DIGE)和傅里叶变换离子回旋共振质谱(Q-Fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometry,FT-ICR MS)分离并鉴定16例RCC组织及其相应的正常组织中差异显著的蛋白,并进一步通过实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR,qRT-PCR)、Western印迹和免疫组织化学在RNA和蛋白水平进行验证。结果:通过2D-DIGE共筛选出1 873个蛋白质点,选取68个表达差异大于1.5倍的蛋白质点进行鉴定,成功鉴定出51个蛋白质(P<0.05),其中16个蛋白表达上调,35个表达下调。采用qRT-PCR和Western印迹验证16例肿瘤和对照组织,结果表明在肿瘤组织中NNMT和Annexin IV表达显著升高,而ACY1和Calbindin显著下调(P<0.01)。同时针对ACY1和Annexin IV蛋白分别在53例和47例样本中进行免疫组织化学,结果显示相较于对照组织,ACY1在肾透明细胞癌中表达显著降低(P<0.001),而Annexin IV显著升高(P<0.001)。结论:ACY1和Annexin IV可作为肾透明细胞癌的肿瘤标志物。

浅谈生物样本的质量保证与质量控制

随着转化医学的快速发展,临床生物样本库的建设和应用得到日益发展与重视,而生物样本的质量保证和质量控制是样本库建设的核心目标。影响生物样本质量的主要因素可分为分析前和分析中两大因素,涉及捐赠者的生物学和环境因素、样本的采集、处理、运输、储存、分发、分析等各环节。这些环节同时与人员、仪器、材料、方法、环境等要素相互作用共同影响着生物样本的质量。因此,单一因素控制和质量分析是无法保证高质量的样本以及相应的产出和临床转化应用,需要通过建立完善的质量管理体系给予多因素、全流程控制,并在生物样本库领域建立国际标准化的认证和认可,才能促进生物样本质量和研究水平快速提升,为疾病标志物检测、个体化医疗、药物研发等转化医学研究提供支持。