EFhd1/2在AD患者及模型小鼠中的表达对比研究

目的研究螺旋-环-螺旋手型结构域蛋白家族成员D 1/2(EFhd1/2)在阿尔茨海默病(AD)患者和模型小鼠中的表达差异。方法引用AD数据库(AlzData)中的数据信息,比较AD患者中EFhd1/2的表达变化;通过荧光定量PCR及Western blot检测AD患者与健康对照者脑组织中EFhd1/2的mRNA水平及蛋白水平变化;检测3月龄及6月龄AD模型小鼠及野生型小鼠脑组织中mRNA及蛋白表达变化;分离AD模型小鼠的小胶质细胞,通过RNA高通量测序(RNA-seq)检测小胶质细胞中EFhd1/2的变化。结果AD数据库数据分析显示,在转录水平上,AD患者EFhd1表达上升,而EFhd2则下降。AD患者脑组织样品检测显示,与健康对照者相比,AD患者不同脑区中EFhd1的表达均有上升趋势,而EFhd2则无差异。在AD小鼠模型中,与野生型小鼠相比,在3月龄及6月龄的AD模型小鼠中EFhd1的转录水平均无改变,但其蛋白水平上升;在3月龄AD模型小鼠中EFhd2的转录水平上升,在3月龄及6月龄的AD模型小鼠脑组织中EFhd2蛋白水平均无改变,但EFhd2在6月龄的AD模型小鼠的小胶质细胞中水平上升。结论在AD模型小鼠及AD患者脑组织中EFhd1水平均上升,提示EFhd1可能在AD发生发展中起到重要作用;而在AD模型小鼠的小胶质细胞中EFhd2水平上升,提示EFhd2在AD病理相关的小胶质细胞激活和神经炎症中可能发挥重要作用。

多模态组学数据整合方法的性能评测

多模态组学数据的联合运用在揭示细胞异质性和解析细胞命运调控机制方面具有重要意义,目前已有多种方法被开发,用于处理不同组学模态数据的整合。本研究通过对应用于不同整合任务的多种数据整合方法进行性能评测,为相关领域的研究提供有益参考。使用6个联合测序数据集对16种单细胞多模态配对数据整合方法在2类整合任务上的性能进行测试,再通过4个模拟数据集和1个真实数据集对6种空间转录组反卷积方法的性能进行评估。在RNA和ATAC配对数据整合任务中,MOFA+、 SCOIT、 Cobolt分别在PBMC、 BMMC、 SNARE数据集上取得最优表现,SCOIT在3个数据集的汇总得分中均排名前3, MMDVAE、 DAE在基于AE的融合算法中表现突出。在RNA和蛋白质配对数据整合任务中,Cobolt、 MOFA+、 Seurat分别在P5_CITE、 BM_CITE、 COVID中取得最优表现,totalVI在3个数据集的汇总得分中排名靠前,基于AE的融合算法中以efMMDVAE、 lfMMDVAE的表现最好。在空间转录组反卷积方法评测中,Cell2location和SPACEL在模拟数据和真实数据中的性能表现均优于其他方法的,其中Cell2location在真实数据集中表现最佳,正确地推断了两类心肌细胞在心室的比例。此外,本研究发现在配对数据整合任务中,不同方法对数据的适应性不同。SCOIT和totalVI分别是RNA与ATAC、 RNA与蛋白质数据整合中表现稳定优异的方法。Seurat、 MOFA+易受数据影响。