北京大学生物信息资源系统 提供数据和软件服务

生物产业发展现状与挑战 21世纪是生命科学的卅纪，人类丛因组计划的实施使我们对于人类自身的研究进入了一个新阶段。在探索遥远的月球、火星、太阳系乃至整个宇宙奥秘的同时，

顾孝诚教授与北京大学生物信息中心

顾孝诚(1930~2012年),北京大学生命科学学院教授.曾任北京大学生物学系主任,国家高技术研究发展计划(简称863计划)蛋白质工程评审专家组组长,蛋白质工程和植物基因工程国家重点实验室主任、学术委员会主任,国际遗传工程及生物技术中心学术委员会委员、主任.顾孝诚教授一生致力于生命科学研究和国际学术交流,对生命科学和技术的发展前沿具有敏锐的洞察力. 20世纪80年代,正值现代生物技术快速发展时期,她参与筹建了蛋白质工程及植物基因工程国家重点实验室,为重点实验室发展奠定了很好的基础.1987~1988年,顾孝诚教授积极推动中国科学院动物研究所、清华大学和北京大学联合申请并最终建立了“生物膜与膜生物工程国家重点实验室”. 20世纪90年代,当生物信息学刚刚兴起时,她及时筹建了北京大学生物信息中心,并成为欧洲分子生物学网络组织的中国国家节点. 2004年,顾孝诚教授积极参与筹建北京大学分子医学研究所,全身心地投入讨论设计分子医学研究所的方向、结构、规模、运行机制、人员引进、经费预算等方面问题.她还十分关心我国药品质量安全的教学、研究及国际交流,积极推动北京大学药物信息与工程研究中心的建立.顾孝诚教授十分重视人才培养和引进. 20世纪80年代,顾孝诚教授作为“中美生物与生物化学考试及申请项目”(CUSBEA项目)中方协调人,与美方协调人吴瑞教授共同组织学生的选拔,受到CUSBEA学生高度尊敬和爱戴,并被由该项目学生发起成立的吴瑞基金会授予终身成就奖. 20世纪80年代末~90年代初,国内生命科学领域人才奇缺,顾孝诚教授竭尽全力,为北京大学生命科学学院引进了陈章良、朱玉贤等一批年轻学者. CUSBEA项目设立的“顾孝诚讲座奖”,每年对生命科学领域取得创新性成果的年轻学者,尤其是在中国工作的年轻学者,予以表彰和鼓励.顾孝诚教授对科学出版和传播事业表现出极大的热情.她曾担任《中国科学:生命科学》英文版顾问编辑,为提升期刊语言质量和学术质量做了大量工作,在期刊发展规划上提出了许多宝贵意见,为期刊的发展和进步作出了突出贡献.斯人已逝,精神长存!今年是顾孝诚教授去世10周年,我们特发表北京大学罗静初教授的文章,以深切缅怀顾孝诚教授.相信顾孝诚教授严肃认真的工作态度和可敬可亲的优秀品质一定会引导和激励广大科研工作者奋勇前行,不断攀登科技创新高峰.

北京三所三甲医院循环系统住院病人DRGs分组及质量评价

选择北京市某三所三级甲等医院2003年度所有住院病例(共67610例),按照美国3M公司的AP-DRGsv18.0(AllPatientDiagnosisRelatedGroupsVersion18.0)分组,主要诊断属于MDC5(即循环系统疾病)的共11133例,并针对其进行分组,分入52个DRG组中。并对其死亡率、住院费用及住院日长短等影响因素进行分析,同时对医疗质量的评价提出建议。

caCORE——美国癌症研究的生物信息核心框架

近十年来基因组学和蛋白质组学的快速发展为医学生物学的研究提供了前所未有的机遇。一方面，大规模、高通量的基因和蛋白质的测定工作产生了大量有价值的各类数据；而另一方面，因数据标准的缺乏、数据兼容和整合的艰难而妨碍了人们去充分有效地共享数据，进而更好地促进各自领域的发展。生物信息学也因此成为当今生物医学研究发展必不可少的一个手段。本文就美国国家癌症研究所（National Cancer Institute，NCI）以癌症研究为试点所建立的一个生物信息核心框架caCORE（cancer Common Ontologic Reference Environment）作一简短介绍。

放射科应急隔离信息管理系统等隔离措施的应用与医务人员SARS感染率的相关分析

目的 :分析SARS疫区综合性医院中包括放射科应急隔离信息管理系统在内的各种应急隔离措施的应用与院内医务人员感染趋势的关系。方法 :按时间段分组研究 ,宣布为疫区前的时间段为A组 ,采取普通防护措施 ;建立隔离区前的时间段为B组 (可疑或者肯定诊断的患者仍然在放射科拍摄胸片 ) ;建立完善的应急隔离系统 ,包括放射科影像传输与报告系统的时间段为C组。记录每日各组医务人员感染 (确诊 )人数、院接触人数。结果 :A组感染率呈明显上升趋势 ,回归系数为 0 .0 0 0 5 4 5 ,P =0 .0 4。B组上升趋势较A组稍微下降 ,回归系数为0 .0 0 0 16 4 ,P =0 .14。C组上升趋势明显下降 ,回归系数为 0 .0 0 0 0 37,P =0 .0 2。结论 :在不同防护措施情况下 ,医务人员感染率具有不同的发展趋势。当采取普通的防护措施后 ,院内医务人员的感染率上升的趋势与A组相比明显下降 ;而当进一步实行SARS隔离区措施后 。

实用生物信息技术课程教学实例

介绍"实用生物信息技术"研究生课程的5个教学实例。以血红蛋白序列和结构为例,介绍常用生物信息技术和分析方法,包括蛋白质和核酸序列相似性比对、蛋白质和核酸序列数据库检索、Blast数据库相似性搜索、分子系统发生树构建,以及蛋白质结构比较分析等。

综合性医院SARS流行阶段放射科应急隔离影像信息管理系统的建设与实践

目的 :结合SARS流行阶段综合性医院放射科应急隔离影像信息管理系统的建设 ,阐明本系统的软硬件环境特点 ,总结本系统建设与使用的经验与实践效果 ,探讨应急信息系统优点与存在的问题。方法 :采用双机热备服务器 ,院内设立独立的网段 ,文本信息采用TCP/IP协议传输 ,胸片图像采用DICOM图像传输与浏览技术 ,分别在被隔离的SARS门诊、摄片区以及放射科诊断区放置工作站。记录系统安装前后的全院医务人员感染情况。结果 :应急隔离放射科影像信息管理系统的应用使疑似SARS的病例诊断过程远离非SARS隔离区 ,启用系统前后 ,院内医务人员的感染率有明显下降的趋势。结论 :应急隔离系统的建设有效地控制了SARS在医院内的传播途径 ;网络基础建设 ,软环境准备 (包括科室人员前期计算机使用培训 ) 。

信息化条件下医院发展的现状与对策

医院信息化是计算机技术、网络技术、管理学、医学在社会发展进程中交互融合的产物,大大改变了医院的管理模式和工作流程,成为现代医院发展的必要条件。本文重点论述了信息化建设解决的实际问题,并对如何做好信息化建设进行了探讨。

BDCGrid:基于Globus的生物信息高性能计算网格系统

随着分子生物信息数据量高速增长,生物信息学面临着大规模、高通量、密集型计算的巨大挑战。为有效利用计算机资源,缩短高通量生物信息计算程序执行时间,我们基于Globus Toolkit网格中间件,实现了一个支持高通量生物数据计算的网格系统(Biological Data Computing Grid,简称BDCGrid)。BDCGrid计算网格系统模型可以有效整合中小型生物信息学实验室计算机资源,大大缩短高通量生物信息计算程序执行时间,为相关研究人员利用现有计算机资源处理大规模、高通量生物信息计算任务提供一种新的途径。

为医保信息化开药方

面对医保信息化这个巨大的工程,无论是提供IT产品的厂商,还是实施具体建设的医院,都进行了大量的工作。这是介绍的是一个全新的医保信息化建设理念和一个好的医院建设模式,希望能够给所有参与医保信息化建设的人员一些启迪。

双序列比对基础和应用实例

首先介绍序列比对的分子生物学基础,即核酸序列基本单元核苷酸和蛋白质序列基本单元氨基酸。文中以精心设计的图表列出四种核苷酸和二十种氨基酸的名称、性质和分类。第2节简述序列比对基础,包括相似性和同源性基本概念、整体比对和局部比对、点阵图方法、动态规划和启发式算法、计分矩阵和空位罚分,以及常用软件和分析平台。第3节介绍核酸序列比对中常用计分矩阵DNAfull,蛋白质序列比对中常用计分矩阵BLOSUM62和PAM250。第4-8节则以血红蛋白、多肽毒素、植物转录因子、癌胚抗原和唾液酸酶为例,介绍双序列比对的具体应用。通过这些实例,说明如何选择分析平台和比对程序、如何设置计分矩阵和空位罚分,如何分析比对结果及其生物学意义。文末进行简要总结。

激光扫描在面部畸形三维重建及测量中的初步应用

目的开发建立一套面部三维结构重建、测量及诊断分析系统。方法应用系统建立标准石膏立方体试件以及石膏头像三维计算机模型并进行定点、测量,测量值与标准值比较获得系统建模误差以及定点误差范围;2例面部畸形患者进行了面部三维扫描建模,应用系统对患者面部计算机模型进行了定点、线距、角度测量以及初步对称性分析。结果三维计算机模型的建模误差在0.2 mm以内,定点误差在0.5 mm以内。应用本系统可以完成三维计算机模型的定点、线距、角度测量及对称性分析工作,基本能够达到临床要求。结论三维激光扫描技术为颌面部畸形患者面部软组织三维结构重建和非接触式测量提供了一种简便、精确、高效的方法。

融合PACS的远程影像教学系统在影像科室间的应用

目的充分利用三甲医院专家资源优势,通过高清会议视频技术及PACS系统对基层医院影像科室的医师进行同步远程影像教学,以探讨远程影像教学模式在医学影像科的应用价值。方法将PACS影像、视频、语音等信息综合在一起,通过20M公网宽带远距离实时传输到基层医院影像科室会场中心,实现医学影像的远程实时同步教学与会诊。结果远程影像会诊和教学模式提升了基层医师的专业诊断水平,节省了专家资源,降低了人才培养成本。结论未来远程影像教学模式将是集医疗、教学、科研为一体的医学交流平台,具有一定的应用价值。

基于GIS的黄土高原水土流失监测站点布设方法研究

在GIS空间分析的基础上,借助领域专家知识归一化各侵蚀因子,对归一化的各侵蚀因子团进行叠加再分类和定量分析计算,为黄土高原地区水土流失监测网络布设的复杂空间决策过程提供辅助决策信息。在充分考虑黄土高原地区已有水土流失监测站、点的基础上,遵循国家有关水土流失监测站、点布设的相关规程规则,采用一级控制性监测点与二级局部监测点相结合的办法共布设监测站点138个。

酵母基因上游与内含子可能存在的转录协同作用

前期研究表明,酵母高转录基因内含子与低转录基因内含子的序列结构有较大差异,高转录基因内含子中存在一些潜在的正调控位点,而且这些内含子非常靠近基因上游区,有的内含子甚至位于5'-UTR区. 这些结果提示,高转录基因内含子可能参与转录调控,并可能与上游转录调控有协同作用. 为探索内含子与上游区的协同作用,将基因上游序列(翻译起始点上游800 bp或两个相邻基因之间部分)取出,仍使用寡核苷酸频率比较方法,抽提出高转录基因上游区可能的转录正调控元件,这些元件与实验所得结果吻合得较好. 然后定义“寡核苷酸对”,其中一个位于上游区,另一个位于内含子,对“最近距离”在一定范围内(84 bp)的寡核苷酸对进行分析,抽提出匹配基因数显著高于随机匹配数的寡核苷酸对(主要是四核苷酸对和五核苷酸对),分析这些寡核苷酸对的相互作用模式(位置分布及可能的作用因子,如RAP1,ABF1和TAF等),获得了酵母基因上游与内含子之间可能存在的一些转录协同作用模式. 这些结果有助于对基因转录调控机制的认识.

基于因子分析法和证据推理法的住院患者满意度综合评估

目的采用因子分析法和证据推理法评价北京市某三级甲等医院住院患者满意度。方法通过自研问卷对北京市某三级甲等医院213名住院患者进行面对面访谈调查,使用因子分析法确定评估框架维度和指标权重,并基于数据使用证据推理法对患者满意度进行综合评估。结果被调查医院住院患者"非常满意"的综合确信度为54.22%、"满意"的综合确信度为40.02%、"一般满意"的综合确信度为4.64%、"不满意"的综合确信度为0.80%、"非常不满意"的综合确信度为0.32%。结论将因子分析法和证据推理法两者结合进行患者满意度的综合评估能够得到比较客观和全面的结果。

DNA芯片技术简介

1990年，著名的人类基因组测序计划（Human Genome Project，HGP）正式启动，从此揭开了基因组时代的序幕。截至2006年8月，美国国立生物技术信息中心（NCBI，National Centerfor Biotechnology Information）收录的已完成基因组测序的物种数目为389个，正在进行序列拼接且测序完成的有341个，另外还有463个物种正在进行测序。

疼痛电子记录系统在肿瘤科的应用

在我院移动护理信息系统基础上,研发并设计出肿瘤科疼痛电子记录系统,包括疼痛评估、标准化语言疼痛模板的录入、疼痛分值的动态曲线展示等一系列疼痛评估和记录的功能,实现不同模块之间的数据转化。疼痛电子记录系统的应用,适应我院对于疼痛管理要求,节省了护士对患者疼痛的评估和记录时间,促进了护士对疼痛的评估和记录的规范性和系统性。

新常态下如何加强三甲医院科研管理

近年来,我国三甲医院建设取得了长足的进步,但科研管理发展远远落后于医院发展。三甲医院如果想要持续、快速发展,必须依靠科研创新来提高医院的综合竞争力,而科研的创新和发展离不开医院科研管理工作。本研究从当前三甲医院科研管理的弊端出发,深入讨论了新常态下三甲医院科研管理的发展方向。