利用RNA转录组数据库挖掘肿瘤细胞EZH2基因候选转录因子

转录因子的筛选是基因转录调控研究的重要环节。通常人们通过候选转录因子基序(motif)结构域的DNA结合序列是否存在于靶基因启动子而进行筛选。基因表达相关性是发现基因间相互作用的一种有效手段。利用已有的多种人类基因组转录组公共数据库,通过对已知转录因子与靶基因共转录关系分析,本研究发现,肿瘤细胞系大百科全书(CCLE)基因共转录相关系数可作为筛选候选转录(抑制和激活)因子的新方法。对所挖掘出的7个与EZH2基因转录高度相关的候选转录因子(TCF7L2、PML、TBP、PHF8、RBBP5、MYBL2、NRF1)进行实验验证,发现PHF8和NRF1过表达(或敲降)确实促进(或抑制)EZH2基因转录;染色质免疫共沉淀实验和荧光素酶报告基因结果亦证实,PHF8和NRF1能够结合EZH2基因启动子DNA,提示PHF8和NRF1可能是EZH2基因的转录因子。

鉴定肿瘤驱动基因的实验模型

人体肿瘤的形成是一个复杂的过程。在这个过程中会发生许多基因突变,这些突变中只有较少一部分具有驱动肿瘤发生的作用,大部分突变作为伴随性变化对肿瘤的发生并无明确的贡献。要确定哪些变异具有驱动肿瘤发生的作用及其作用机制,需要通过实验验证。伴随着新的研究技术的出现,鉴定肿瘤驱动基因的手段也不断演变。从早期主要是从动物诱癌实验、离体培养细胞恶性转化实验、免疫缺陷小鼠的人体细胞/组织/器官,以及免疫缺陷小鼠异种移植物恶性转化实验中筛选肿瘤相关基因变异,发展到以目的基因转染/敲除技术为基础的细胞恶性转化/动物致癌实验。近年来,上皮细胞条件重编程二维(2D)/三维(3D)培养技术和以组织干细胞/祖细胞为对象的类器官培养技术的出现,又为研究肿瘤驱动基因提供了新的手段。本文总结了现有鉴定肿瘤驱动基因模型的优缺点,以期为今后确定肿瘤驱动基因研究者提供参考。

《世界癌症报告》2020版问世——调整癌症预防对策,适应癌症流行新趋势

《世界癌症报告》2020版在介绍全球癌症最新发病和死亡趋势变化的基础上,重点总结了过去5年中,不同社会经济发展水平地区人群通过减少已知环境致癌因素暴露来预防肺癌、肝癌、胃癌、宫颈癌等的效果和尚存问题,并提出了改进建议。同时,依据癌症病因学研究进展,提出了通过癌前病变筛查、使用分子标志物、激素阻断干预等手段,对环境致癌因素不明确的乳腺癌、结肠癌、胰腺癌等进行预防的可能性进行了展望。