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一个新的核酸序列比对算法及其在序列全局比对中的应用
被引量:
1
1
作者
李静
张宏
+2 位作者
薛毅
耿美英
张成岗
《生物信息学》
2003年第1期37-41,共5页
目前在序列比对中所广泛使用的动态规划算法,虽然能达到最优比对结果,但却由于具有高计算复杂度O(N_2)而极大地降低了计算效率。将多阶段动态规划决策算法用于两两序列比对并用Visual BASIC编程实现,结果发现该新算法在将计算复杂度减小...
目前在序列比对中所广泛使用的动态规划算法,虽然能达到最优比对结果,但却由于具有高计算复杂度O(N_2)而极大地降低了计算效率。将多阶段动态规划决策算法用于两两序列比对并用Visual BASIC编程实现,结果发现该新算法在将计算复杂度减小到O(N)的同时,也能够获得较为理想的计算精度,预期将在序列全局比对中起重要作用。
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关键词
核酸序列
序列全局比对
空位插入
计算复杂度
多阶段智能动态规划算法
下载PDF
职称材料
题名
一个新的核酸序列比对算法及其在序列全局比对中的应用
被引量:
1
1
作者
李静
张宏
薛毅
耿美英
张成岗
机构
军事医学科
学院
放射医学研究所
北京工业大学应用敷理学院
出处
《生物信息学》
2003年第1期37-41,共5页
基金
国家重点基础研究发展计划(973计划)(200CB715900)
国家高技术研究发展计划(863计划)(2002AA234021
+4 种基金
2002AAB32031)
国家海外青年学者合作研究基金(30128010)
国家自然科学基金重大专项(30393130)
国家自然科学基金重大研究计划(90208017)
国家自然科学基金面上
文摘
目前在序列比对中所广泛使用的动态规划算法,虽然能达到最优比对结果,但却由于具有高计算复杂度O(N_2)而极大地降低了计算效率。将多阶段动态规划决策算法用于两两序列比对并用Visual BASIC编程实现,结果发现该新算法在将计算复杂度减小到O(N)的同时,也能够获得较为理想的计算精度,预期将在序列全局比对中起重要作用。
关键词
核酸序列
序列全局比对
空位插入
计算复杂度
多阶段智能动态规划算法
Keywords
mucleotide sequence
global sequence alignment
gap insertion
computation complexity
multiple- stage intelligent dynamic programmng
分类号
Q754 [生物学—分子生物学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
一个新的核酸序列比对算法及其在序列全局比对中的应用
李静
张宏
薛毅
耿美英
张成岗
《生物信息学》
2003
1
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