蛋白质与极性配体复合物的绝对结合自由能计算

介绍了用分子动力学模拟与热力学积分法相结合 ,模拟蛋白质与配体的绝对结合自由能的方法 .通过分子转换法 ,使蛋白质分子 (包括水分子 )与配体小分子之间的相互作用逐渐减弱 (或增强 )至完全消失 (或完全出现 ) .运用体约束方法 ,计算了配体与受体结合后平动、转动自由度的丧失即熵效应所引起的自由能变化 .以胰蛋白酶双突变体 (D189G/G2 2 6D)与极性配体苯甲脒为例 ,研究了蛋白质活性部位与极性配体的相互作用对结合自由能的影响 ,该复合物绝对结合自由能的模拟结果 (- 15 5kJ/mol)与实验值 (- 10 5kJ/mol)相近 .

四种结构类型的蛋白质设计方法

给出了以疏水-亲水模型为基础的蛋白质设计方法,该方法以物理学原理为基础,以相对熵作为优化的目标函数。对四种不同结构类型的天然结构的真实蛋白质进行了检测,分析了影响检测成功率的主要因素,结果表明,该方法是普适的,可用于对不同结构类型的蛋白质设计序列。