基因组检测技术在肉鸡遗传育种中的应用

优质品种构成了肉鸡产业进步的关键支柱。随着测序成本的降低,基因组检测技术已经广泛的应用于畜禽育种,尤其对于单体价值相对较低的个体具有重要意义。该文主要概述了基因组检测的类型和原理,以及基因组检测在肉鸡遗传机制挖掘和育种实践中的应用,旨在为肉鸡遗传育种提供一定的参考和借鉴。

利用高密度SNP芯片分析杭猪的群体遗传结构

旨在更好地了解杭猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系和家系结构,有效保护和利用杭猪遗传资源。本研究使用50KSNP芯片对30头杭猪(4头公猪,26头母猪)保种个体进行了单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)测定,通过Plink软件对获得的基因型数据进行质控,用于最小等位基因频率、观察杂合度、期望杂合度和多态信息含量的计算,分析杭猪保种群的遗传多样性;使用Plink计算连续性纯合片段(runs of homozygosity,ROH)、构建状态同源(identity by state,IBS)距离矩阵,并计算得到基于连续性纯合片段的近交系数;采用Gmatrix软件构建G矩阵,分析杭猪保种群的亲缘关系;使用Mega X软件构建公猪进化树,分析保种群体的家系结构。结果表明,30头杭猪共得到57466个SNPs标记,平均检出率为0.9883±0.0004,通过质检SNPs数为34156;平均最小等位基因频率为0.228±0.137,平均多态信息含量为0.255±0.098;平均观察杂合度为0.359±0.181,平均期望杂合度为0.314±0.140。杭猪保种群体平均IBS遗传距离为0.2417±0.0336,公猪平均IBS遗传距离为0.1783±0.0255;G矩阵分析结果与IBS距离矩阵一致,两个结果均表明杭猪保种群部分个体之间亲缘关系较近。30头杭猪个体共检测到828个ROHs,83.33%的ROH长度在10Mb以内,平均长度为(6.96±9.62)Mb,个体ROH平均总长度为(191.95±201.56)Mb。基于ROH的平均近交系数为0.078±0.082,其中公猪平均近交系数为0.219±0.082,说明杭猪保种群整体的近交程度不严重,但公猪存在近交。进化树结果表明,杭猪保种群体目前只有2个家系,其中1个家系包含4头公猪,另一个家系不含公猪。综上所述,杭猪保种场的保种群公猪的血缘数量少,母猪近交程度低,公猪存在近交,需要引入新血统或创建新血统来维持家系结构的平衡以利于杭猪遗传资源的长期保存,防止杭猪遗传多样性的丢失。

全基因组SNP分型技术在畜禽遗传育种研究中的应用

随着畜禽资源分子鉴定、物种进化、全基因组育种等热点领域的逐渐兴起,准确的全基因组SNP分型成为了畜禽基因组研究的关键。基因芯片、重测序、简化基因组测序及靶向捕获测序等全基因组SNP分型技术已广泛应用于畜禽基因组研究中。本文概述了全基因组SNP分型技术的原理及其在全基因组关联分析、选择信号分析和畜禽遗传资源背景分析等方面的应用,以期为畜禽基因组研究和育种应用提供借鉴和参考。

全基因组选择育种技术在我国黄羽肉鸡产业中的初步实践

全基因组选择育种技术是当前在畜牧领域刚刚兴起的一种先进的育种手段,相较于传统的常规育种,基因组育种在利用系谱和表型数据的基础上增加了个体基因型数据,这大大增加了选种的准确性。国际家禽育种领域的领军企业,如:海兰、科宝、安伟杰等知名家禽育种公司现已全部应用该项技术。而在我国,基因组育种尚处于起步、尝试阶段,本文主要通过实际的企业案例来向大家展示基因组育种技术在黄羽肉鸡产业中的初步应用效果以及对该项先进技术在家禽育种领域广阔应用空间的展望。