目的:总结分析鼻咽癌易感性基因的研究文献,并通过生物信息学方法筛选获得关键基因,为鼻咽癌的诊断和治疗提供参考。方法:以NCBI Pubmed、中国知网(CNKI)、Web of science数据库为文献来源,对近12年鼻咽癌易感性基因相关的文献进行计量...目的:总结分析鼻咽癌易感性基因的研究文献,并通过生物信息学方法筛选获得关键基因,为鼻咽癌的诊断和治疗提供参考。方法:以NCBI Pubmed、中国知网(CNKI)、Web of science数据库为文献来源,对近12年鼻咽癌易感性基因相关的文献进行计量学分析,并利用STRING和Cytoscape软件对相关基因及其产物进行生物信息学分析。结果:348篇文献纳入研究,发文量前3位的国家/地区依次为中国、突尼斯、中国台湾,中国中山大学的曾益新以16篇的发文量居于首位。本研究共涉及483个基因,生物信息学分析提示TP53、JUN、PIK3CA、AKT1、VEGFA、IL6和TNF等多个基因在相互作用网络中有关键作用,可能会成为未来的研究热点。结论:通过对鼻咽癌易感性相关基因的生物信息学分析及文献计量学分析,可以了解目前该领域研究动态,为鼻咽癌的早期诊断和合理治疗提供理论依据,有助于寻找新的肿瘤标志物。展开更多
基金This study was supported by the grants from the Natural Science Foundations of Fujian Province(2020J01903)the Talents Research Project of Putian University(2019013),China.
文摘目的:单纯性脑梗死(cerebral infarction,CI)和CI合并2型糖尿病(CI complicated with Type 2 diabetes mellitus,CI-T2DM)患者的肠道微生物特征尚不清楚。本研究旨在分析单纯CI患者和CI-T2DM患者肠道菌群的变化特征。方法:回顾性纳入2021年9月至2022年9月在莆田学院附属医院住院的患者,分为CI组(n=12)和CI-T2DM组(n=12),同时选择12名健康人作为对照组。从受试人群粪便标本中提取总DNA。通过Illumina Novaseq平台进行宏基因组测序。使用Knead Data、Kraken2和Bracken软件对测序结果进行分析。结果:在门水平,CI-T2DM组厚壁菌、拟杆菌和变形杆菌的平均比例分别为33.07%、54.80%和7.00%,CI组的分别为14.03%、69.62%和11.13%,对照组的分别为50.99%、37.67%和5.24%,其中厚壁菌在3组间的分布差异有统计学意义(F=6.130,P=0.011)。在科水平,与CI组相比,CI-T2DM组中真/优杆菌科的相对丰度(t=8.062,P<0.001)显著增加,而棒状杆菌科(t=4.471,P<0.001)、甲烷杆菌科(t=3.406,P=0.003)和假单胞菌科(t=2.352,P=0.028)的相对丰度显著减少。在属水平,与CI组相比,CIT2DM组中痤疮丙酸杆菌属(t=6.242,P<0.001)、真/优杆菌属(t=8.448,P<0.01)和黏液真杆菌属(t=3.442,P=0.002)的相对丰度显著增加;甲烷短杆菌属(t=3.466,P=0.002)、锥体杆菌属(t=2.846,P=0.009)和假单胞菌属(t=2.352,P=0.028)的分布显著减少。在种水平,与CI组相比,CI-T2DM组痤疮丙酸杆菌的相对丰度(t=6.242,P<0.001)显著增加,铜绿假单胞菌(t=2.352,P=0.028)显著减少。线性判别分析(linear discriminant analysis effect size,LEfSe)法表明:在属水平,CI-T2DM组和CI组之间的假单胞菌和黏液真杆菌属的分布差异最大。在种水平上,3组的操作分类单元(operational taxonomic units,OTU)总数为1491;CI-T2DM组、CI组和对照组分别有169、221和192种独特的OTU。结论:从门水平到种水平,CI-T2DM患者的肠道菌群组成均与单纯CI患者不同;与健康人群相比,厚壁菌门、拟杆菌门和变形菌门数量比例发生改变是CI与CI-T2DM患者肠道菌群失调的一个重要特征;单形拟杆菌、产丁酸盐菌差异分布需要引起重视。
文摘目的:总结分析鼻咽癌易感性基因的研究文献,并通过生物信息学方法筛选获得关键基因,为鼻咽癌的诊断和治疗提供参考。方法:以NCBI Pubmed、中国知网(CNKI)、Web of science数据库为文献来源,对近12年鼻咽癌易感性基因相关的文献进行计量学分析,并利用STRING和Cytoscape软件对相关基因及其产物进行生物信息学分析。结果:348篇文献纳入研究,发文量前3位的国家/地区依次为中国、突尼斯、中国台湾,中国中山大学的曾益新以16篇的发文量居于首位。本研究共涉及483个基因,生物信息学分析提示TP53、JUN、PIK3CA、AKT1、VEGFA、IL6和TNF等多个基因在相互作用网络中有关键作用,可能会成为未来的研究热点。结论:通过对鼻咽癌易感性相关基因的生物信息学分析及文献计量学分析,可以了解目前该领域研究动态,为鼻咽癌的早期诊断和合理治疗提供理论依据,有助于寻找新的肿瘤标志物。
