Otterlace软件在猪全基因组序列人工注释分析中的应用

2009年11月,美、英等国科学家宣布首次绘制出家猪的基因组草图。近两年,随着全基因组序列陆续释放,越来越多的测序片段得到正确拼接组装,从全基因组水平上对猪功能基因进行注释分析显得尤为迫切。文章以丝切蛋白1(Cofilin 1,CFL1)基因的注释过程为例,介绍了运用Sanger研究所开发的Otterlace软件对猪全基因组的免疫基因序列进行人工分析与注释。通过详细说明Zmap、Blixem和Dotter 3个注释工具的使用方法,并给出了注释过程的主要步骤,以期对Otterlace的应用起一个抛砖引玉的作用。运用Otterlace软件对243个免疫相关基因进行分析,其中180个基因得到完整或部分注释,这为后续深入开展这些基因的功能研究奠定了基础。

α-HNP-1转基因细胞系的建立

目的构建稳定表达人α-HNP-1的转基因细胞系,为稳定生产α-HNP-1并将其应用于医药开发提供生产细胞源。方法真核表达载体pcDNA3.1(-)/HNP-1经酶切和测序鉴定后,用脂质体转染法转染昆明白小鼠胚胎干细胞来源的上皮细胞,通过不同浓度的G418加压筛选,建立稳定转染的胚胎干细胞来源的上皮细胞系,用RT-PCR及抑菌试验检测α-HNP-1的表达。结果建立了稳定转染的ES来源的上皮细胞系,成功地表达目的基因,其培养上清液及细胞冻融液具有抑菌作用,结论真核表达载体稳定转染胚胎干细胞来源的上皮细胞系,为进一步研究α-HNP-1的功能奠定了基础。