大鼠颅脑损伤后3种神经保护药物干预下海马区共同差异基因分析

目的寻找创伤性颅脑损伤后,大鼠脑内海马区在3种不同神经保护药物作用下,共同出现差异表达的基因。方法从公开的GEO数据库中下载编号为GSE59645的数据集,在R语言中使用limma包进行差异表达基因分析,找出与创伤性脑损伤(trauma brain injury,TBI)大鼠比较,PMI、JM6及E33治疗组大鼠各自海马区的差异表达基因;通过在线网站Venny 2.1绘制韦恩图寻找共同差异表达基因;利用DAVID网站进行共同差异表达基因的功能富集及信号通路分析,并于STRING数据库中寻找共同差异表达基因的蛋白互作网络,将所寻得的蛋白互作网络数据通过Cytoscape软件进行可视化作图。结果与TBI组大鼠比较,PMI、JM6及E33治疗组大鼠海马区一共出现94个共同差异表达基因,其中包括40个表达上调基因,54个表达下调基因。对共同差异基因进行GO和KEGG分析发现,它们主要参与调控基因的转录、翻译及蛋白质翻译后修饰,通过PPI网络构建后找到在神经保护中起重要作用的12个模块基因。结论该研究中的共同差异基因主要集中于调控基因的转录、翻译及蛋白质翻译后的修饰,这些生物学过程可作为TBI后神经保护药物研究的切入点。