利用闪烁直观观察生物大分子三维结构片段

为了克服Rasmol和Jmol等传统工具在局部片段观察方面的缺陷,开发了基于Web利用闪烁直观观察生物大分子三维结构片段的可视化系统.该系统基于Jmol,利用HTML,Javascript,PHP和MySQL等Web相关技术,拓展了闪烁片段设置与观察相关功能.拓展功能主要包括:几乎所有的操作通过用户熟悉、使用方便的网页控件而不是传统工具主要采用的文本命令或顶层(或弹出)菜单来完成;同时显示分子序列文本以及单体编号信息,以便对局部片段定位;通过外观状态在隐藏与显示之间来回循环地切换实现片断闪烁效果;与Word或Phoposhop类似,历史操作状态可以通过列表进行撤销或重做,当前状态可以保存到服务器以便后续研究.该系统在实际应用中对专家和新用户都表现出较好效果.

用序列文本动态参照协助生物分子3D结构观察

为了克服Jmol等传统工具在序列信息参照方式方面存在的缺陷,提出并实现了一种利用序列文本动态参照协助生物分子3D结构观察的方法.该方法利用Javascript,Frame,DIV,CSS,PHP和MySQL等Web相关技术,在Jmol基础上进行功能拓展.首先,分子序列文本与3D结构同时显示,且随着各种针对局部片段的操作同步发生变化.通过对序列文本特定编排以方便对局部片段的查看和定位,且利用下划线、删除线、上划线等多种文本样式及其配色来直观地表示多种局部操作结果状态.此外,还提供了多个序列片段的集中显示、历史操作状态的切换、当前状态的服务器保存等辅助功能.该方法在实际应用中取得了较好效果,有助于提升生物分子序列和结构相关生物信息的整合、模拟和可视化水平.